生物信息学分析
初步评估GREB1L在乳腺癌中的表达水平及预后价值。
利用TCGA数据库比较GREB1L在肿瘤与正常组织中的表达,并利用Kaplan-Meier Plotter分析其与生存的关系。
GREB1L overexpression is associated with good clinical outcomes in breast cancer.
包含生物信息学分析、临床样本验证、细胞功能实验(迁移、侵袭、增殖)以及体内异种移植模型等多层级证据,并进行了机制探讨。
乳腺癌细胞系MCF7和MDA-MB-231 乳腺癌组织样本 BALB/c裸鼠皮下异种移植模型
TCGA数据库中GREB1L在乳腺癌与正常组织中的表达差异 Kaplan-Meier分析中高/低GREB1L表达与OS和RFS的相关性 GREB1L敲低后MCF7和MDA-MB-231细胞迁移和侵袭能力的变化 体内实验中GREB1L敲低对肿瘤生长和EMT标志物表达的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
初步评估GREB1L在乳腺癌中的表达水平及预后价值。
利用TCGA数据库比较GREB1L在肿瘤与正常组织中的表达,并利用Kaplan-Meier Plotter分析其与生存的关系。
验证GREB1L在乳腺癌组织中的蛋白表达水平。
利用免疫组化检测乳腺癌及癌旁组织中GREB1L的表达。
检测GREB1L在乳腺癌细胞系中的表达水平。
利用Western blot和qPCR检测MCF10A及乳腺癌细胞系中GREB1L的表达。
探究GREB1L对乳腺癌细胞迁移、侵袭、增殖及集落形成能力的影响。
在MCF7和MDA-MB-231细胞中敲低GREB1L,进行Transwell迁移和侵袭实验、CCK-8增殖实验和集落形成实验。
验证GREB1L在体内对肿瘤生长和转移相关基因表达的影响。
将敲低GREB1L的MDA-MB-231细胞皮下注射到裸鼠,测量肿瘤大小和重量,并通过Western blot检测肿瘤中EMT标志物的表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | BI | C3113 |
| DMEM/F12培养基 | Procell | CM-0525 | |
| RPMI-1640培养基 | Procell | PM150110 | |
| L-15培养基 | Procell | PM151010 | |
| 胎牛血清 | BI | C04001 | |
| 青霉素-链霉素溶液 | Procell | PB180120 | |
| 细胞转染 | HitransG P | -- | -- |
| Transwell实验 | Transwell小室 | Corning | #3422 |
| Matrigel基质胶 | ABW | 082704 | |
| 细胞增殖实验 | CCK-8试剂盒 | Dojindo | CK04 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | TIANGEN Biotech | -- |
| 逆转录 | All-In-One 5X RT MasterMix | abm | -- |
| qPCR | BlasTaq 2X qPCR MasterMix | Abm | -- |
| GAPDH引物 | Sangon Biotech | -- | |
| Western blotting | RIPA裂解液 | Solarbio | #R0010 |
| PVDF膜 | Immobilon-P | IPVH00010 | |
| 封闭液 | Boster | AR0041 | |
| GREB1L抗体 | ATLAS ANTIBODIES | HPA041647 | |
| β-微管蛋白抗体 | absin | abs830032 | |
| E-钙黏蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 14472S | |
| N-钙黏蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 13116S | |
| 波形蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 5471S | |
| HRP标记的山羊抗小鼠IgG | Earthox | E030110 | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG | Earthox | E030120 | |
| 动物实验 | BALB/c裸鼠 | Charles River | -- |
| 细胞培养 | 胰岛素 | -- | -- |
| 马血清 | -- | -- | |
| 表皮生长因子 | -- | -- | |
| 氢化可的松 | -- | -- | |
| 非必需氨基酸 | -- | -- | |
| 嘌呤霉素 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 生物信息学分析 | TCGA数据版本及样本量(1083例肿瘤,111例正常),分组方法(中位数),统计方法(Wilcoxon秩和检验、log-rank检验、Cox回归) 阅读提示:Methods中'Data source and online analysis tool'和'Prognostic value'部分 |
| 细胞培养 | 细胞系来源和培养条件(培养基、血清浓度、添加因子) 阅读提示:Methods中'Specimens and cells'部分 |
| 基因敲低 | shRNA序列、转染试剂及步骤 阅读提示:Methods中'Lentiviral construction and transfection'部分 |
| 迁移和侵袭实验 | 细胞接种数、孵育时间、基质胶浓度、染色方法 阅读提示:Methods中'Transwell migration and invasion assays'部分 |
| 体内实验 | 动物品系、周龄、性别、细胞接种数、测量频率、实验周期 阅读提示:Methods中'Subcutaneous xenograft models in vivo'部分 |