验证KDM1A在HCC细胞生长中的作用
确定KDM1A是否影响HCC细胞增殖。
在HLF细胞中敲低KDM1A,检测细胞增殖和克隆形成;表达KDM1A野生型或胞质定位突变体进行回补;使用KDM1A抑制剂处理。
Lysine demethylase KDM1A promotes cell growth via FKBP8-BCL2 axis in hepatocellular carcinoma.
包含细胞增殖与克隆形成、蛋白互作与修饰鉴定、质谱分析、患者样本验证、耐药细胞模型及异种移植瘤体内实验等多个独立证据层级,并进行功能与机制验证。
HLF人肝癌细胞系 293T/AD293细胞 HCC患者组织样本 BALB/c裸鼠异种移植瘤模型
KDM1A-KD和FKBP8-KD HLF细胞的增殖和克隆形成 KDM1A与FKBP8的相互作用及FKBP8-K377甲基化状态 KDM1A-K117乙酰化对胞质定位和蛋白稳定性的影响 索拉非尼耐药细胞模型的建立与KDM1A抑制的恢复 HCC患者样本中KDM1A、FKBP8、BCL2蛋白表达及相关性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定KDM1A是否影响HCC细胞增殖。
在HLF细胞中敲低KDM1A,检测细胞增殖和克隆形成;表达KDM1A野生型或胞质定位突变体进行回补;使用KDM1A抑制剂处理。
寻找KDM1A在胞质中的功能效应因子。
通过质谱分析KDM1A相互作用组,发现FKBP8;通过免疫共沉淀验证外源和内源相互作用;通过结构域缺失定位结合区域;敲低FKBP8检测细胞增殖和凋亡。
确定KDM1A是否通过去甲基化FKBP8发挥作用。
筛选甲基转移酶,发现SMYD3甲基化FKBP8;通过突变和质谱确定甲基化位点K377;通过共表达和抑制剂处理验证KDM1A去甲基化FKBP8。
确定KDM1A对BCL2的调控是否依赖FKBP8及其去甲基化。
检测KDM1A敲低或抑制对BCL2蛋白水平的影响;在KDM1A-KD和FKBP8-KD细胞中回补FKBP8-WT或K377R突变体,检测BCL2水平;分析患者样本中KDM1A和BCL2的相关性;检测FKBP8突变对细胞增殖和异种移植瘤生长的影响。
寻找调节KDM1A胞质定位的乙酰转移酶和乙酰化位点。
筛选乙酰转移酶,发现KAT8乙酰化KDM1A;通过缺失突变和质谱鉴定K117为乙酰化位点;验证KAT8活性和剂量依赖性。
确定K117乙酰化对KDM1A亚细胞定位和蛋白稳定性的作用。
在KDM1A-KD细胞中回补K117Q或K117R突变体,通过免疫荧光和亚细胞分级检测定位;检测蛋白水平变化;通过放线菌酮追踪实验比较稳定性;敲低JADE2验证其作用。
确定该轴是否调节索拉非尼敏感性和耐药。
在HLF细胞中抑制KDM1A检测索拉非尼疗效变化;建立索拉非尼耐药细胞,检测KDM1A和BCL2表达;敲低KDM1A恢复敏感性;在原发性HCC细胞培养中检测KDM1A抑制效果及协同作用。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | Procell, Inc | GM150210 |
| 胎牛血清 | Gibco | 141-044 | |
| 药物处理 | GSK2879552 | TargetMol | T4418 |
| ORY1001 | TargetMol | T6922 | |
| 索拉非尼 | Alladin | S125098 | |
| 曲古抑菌素A | MCE | HY-15144 | |
| 烟酰胺 | Sigma | 72340 | |
| 多西环素盐酸盐 | MCE | HY-N0565B | |
| WB | 抗KDM1A抗体 | CST | 2184 |
| 抗组蛋白H3抗体 | Abcam | 1791 | |
| 抗GAPDH抗体 | Abclonal | AC033 | |
| 抗FKBP8抗体 | Proteintech | 11173-1-AP | |
| 抗甲基赖氨酸抗体 | Abcam | ab9045 | |
| 抗BCL2抗体 | CST | 15071 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Abclonal | AC026 | |
| 抗乙酰赖氨酸抗体 | CST | 9441 | |
| 抗GFP抗体 | Proteintech | 50430-2-AP | |
| 抗KAT8抗体 | CST | 46862 | |
| 抗JADE2抗体 | Proteintech | 11513-1-AP | |
| 抗Myc标签抗体 | Proteintech | 16286-1-AP | |
| 抗Myc标签抗体 | Santa Cruz | sc-40 | |
| 抗HA标签抗体 | Covance | MMS-101P | |
| 辣根过氧化物酶偶联抗GST标签抗体 | Proteintech | HRP-66001 | |
| 抗GST标签抗体 | Origene | TA150101 | |
| 辣根过氧化物酶偶联抗FLAG标签抗体 | Sigma | A8592 | |
| 免疫荧光 | 抗HA标签抗体 | CST | 3724 |
| 抗Myc标签抗体 | Santa Cruz | sc-40 | |
| Alexa Fluor偶联二抗 | Invitrogen | 715-545-150 | |
| 4',6-二脒基-2-苯基吲哚 | -- | -- | |
| 封片剂 | Abcam | AB104135 | |
| RNA提取和逆转录 | Trizol试剂 | Invitrogen | 15596018 |
| 脱氧核糖核酸酶I | Sigma | AMPD1-1KT | |
| Improm-II逆转录试剂盒 | Promega | A3800 | |
| 实时定量PCR | SYBR Green预混液 | Bio-Rad | 1725124 |
| 原代培养 | IV型胶原酶 | Sigma | V900893 |
| 细胞过滤器 | Corning | 352360 | |
| 表皮生长因子 | Peprotech | AF-100-15 | |
| 胰岛素-转铁蛋白-硒 | Gibco | 41400045 | |
| Y-27632 | MCE | HY-10583 | |
| A83-01 | MCE | HY-10432A | |
| 细胞增殖检测 | 细胞计数试剂盒-8 | Beyotime | C0038 |
| 慢病毒包装 | PES过滤器 | Millipore | SLHP033RB |
| 嘌呤霉素 | InvivoGen | ANT-PR-1 | |
| 新霉素 | InvivoGen | ant-hg-5 | |
| 杀稻瘟菌素 | InvivoGen | ANT-BL-1 | |
| 质谱分析 | M2琼脂糖珠 | Sigma | A2220 |
| 免疫沉淀 | 谷胱甘肽琼脂糖珠 | Sigma | G4510 |
| 蛋白A/G偶联琼脂糖珠 | Transgen | DP501-01 | |
| 体外甲基化 | S-腺苷甲硫氨酸 | Sigma | A7007 |
| 异种移植 | 基质胶 | BD Biosciences | 354248 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与处理 | 细胞系来源;培养基及血清品牌和货号;处理浓度和时间:环己酰亚胺25 μg/ml、GSK2879552 10 μM、ORY1001 10 μM、索拉非尼5 μM、TSA 3.3 μM、NIM 20 mM、多西环素1 μg/ml。 阅读提示:Methods: Cell culture |
| 敲低与回补实验 | shRNA序列及靶点;慢病毒感染和筛选条件(嘌呤霉素4天、新霉素7天、杀稻瘟菌素7天);回补构建的突变体(KDM1A-WT、K114A/R115A、K117Q、K117R;FKBP8-WT、K377R)。 阅读提示:Methods: Lentivirus-mediated gene overexpression or KD; Reconstitution assay |
| 蛋白互作与修饰检测 | 抗体及货号;免疫沉淀缓冲液成分;转染量;去乙酰化酶抑制剂处理条件(TSA 3.3 μM、NIM 20 mM,4小时);甲基化/去甲基化实验条件(SAM 1.2 mM、30°C 1小时;去甲基化缓冲液、30°C 2小时)。 阅读提示:Methods: Transfection-acetylation/methylation assay; In vitro methylation; In vitro demethylation |
| 细胞增殖与克隆形成 | CCK-8实验细胞数(2000/孔)、测量时间(1小时);克隆形成细胞数(500/孔)、培养时间(14天);生物学重复数(细胞计数4次、CCK-8 6次)。 阅读提示:Methods: Cell Counting Kit-8 assay; Colony-formation assay |
| 体内异种移植实验 | 细胞注射量(5×10^6)、注射体积(100 μl,PBS:Matrigel 1:1)、小鼠品系(BALB/c裸鼠)、周龄(5-6周)、性别(雄性)、肿瘤测量时间(每周)、肿瘤体积计算方式。 阅读提示:Methods: Xenograft experiment |
| 索拉非尼耐药细胞建立 | 诱导方法:递增索拉非尼浓度至7 μM,维持浓度5 μM;处理时间:2个月;KDM1A敲低恢复敏感性的实验条件(5 μM索拉非尼,4天)。 阅读提示:Methods: Establishment of sorafenib-resistant cells |