circRNA表达谱分析
鉴定胶质瘤中差异表达的circRNA,并筛选关键候选分子circSOBP。
对3例胶质瘤组织和3例正常脑组织进行RNA-seq,分析circRNA表达差异;通过RT-qPCR在临床组织、血清和细胞系中验证circSOBP表达。
CircSOBP suppresses the progression of glioma by disrupting glycolysis and promoting the MDA5-mediated immune response.
该研究包含临床样本分析、体外细胞功能实验、代谢分析、RNA pulldown、免疫共沉淀、动物模型(BALB/c裸鼠和C57BL/6小鼠)以及体内药效实验,多个独立证据层级验证功能和机制。
U87和U251胶质瘤细胞系 GBM-Y2原代胶质瘤细胞 BALB/c裸鼠原位移植瘤模型 C57BL/6小鼠GL261胶质瘤模型
circSOBP过表达载体(pEGFP-C1-circSOBP)和siRNA敲低效率 TKFC过表达和敲低效率(TKFC-KO2) 体外实验中细胞系(U87, U251, 293T)和转染条件 Seahorse分析中OCR和ECAR检测的试剂浓度和注射顺序 动物实验中AAV和Poly(I:C)的给药剂量和方式
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定胶质瘤中差异表达的circRNA,并筛选关键候选分子circSOBP。
对3例胶质瘤组织和3例正常脑组织进行RNA-seq,分析circRNA表达差异;通过RT-qPCR在临床组织、血清和细胞系中验证circSOBP表达。
验证circSOBP对细胞增殖、凋亡、迁移和侵袭等功能的影响。
在U87和U251细胞中过表达或敲低circSOBP,通过CCK-8、EdU、TUNEL、Transwell和伤口愈合实验检测细胞功能。
评估circSOBP对糖酵解和线粒体呼吸的影响。
通过代谢组学分析、细胞内丙酮酸/乳酸浓度检测、Seahorse分析OCR和ECAR。
寻找circSOBP的相互作用蛋白。
RNA pulldown结合质谱鉴定候选蛋白,并通过RIP、FISH和共定位验证TKFC和ALDOC。
证实circSOBP与TKFC的特异性结合并影响TKFC表达。
通过RNA免疫沉淀、截短体实验、Western blotting检测TKFC表达变化。
测试circSOBP对RIG-I样受体信号通路的影响。
使用双荧光素酶报告基因检测ISRE和IFNβ启动子活性,Western blot检测IRF3、IKKε、TBK1磷酸化水平。
在动物模型中验证circSOBP的抗肿瘤和免疫调节作用。
使用BALB/c裸鼠和C57BL/6小鼠建立原位胶质瘤模型,通过AAV和Poly(I:C)处理,检测肿瘤生长、存活率和免疫细胞浸润。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | C11995500BT |
| 胎牛血清 | Clark Bioscience | FB25015 | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596026 |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂 | Dojindo | CK04 |
| 细胞凋亡检测 | 一步法TUNEL凋亡检测试剂盒 | RiboBio | C11012-2 |
| 迁移侵袭实验 | 基质胶 | BD | 356234 |
| RNA pulldown | M-280链霉亲和素磁珠 | Thermo | 11206D |
| 免疫沉淀 | 蛋白G琼脂糖 | Thermo | 88848 |
| Western blot | ECL化学发光试剂 | Tanon | 180-501 |
| RNA-seq | TruSeq核糖体谱文库制备试剂盒 | Illumina | -- |
| Illumina Nextseq 500系统 | Novogene | -- | |
| 细胞培养 | Lipo8000转染试剂 | Beyotime | C0533 |
| 细胞增殖检测 | EdU细胞增殖检测试剂盒 | Beyotime | C0078S |
| 代谢检测 | 乳酸含量检测试剂盒 | Sangon | D799099 |
| ATP检测试剂盒 | Beyotime | S0026 | |
| Seahorse分析 | Seahorse XF细胞线粒体压力测试试剂盒 | Agilent | 103015-100 |
| Seahorse XF糖酵解压力测试试剂盒 | Agilent | 103020-100 | |
| 动物实验 | D-荧光素钾盐 | Beyotime | ST196 |
| 聚肌胞苷酸 | InvivoGen | tlrl-pic | |
| ELISA | 小鼠IFN-β ELISA试剂盒 | ElabScience | E-EL-M0033c |
| 小鼠IFN-γ ELISA试剂盒 | ElabScience | E-EL-M0048c | |
| 病毒包装 | AAVpro纯化试剂盒 | Takara | 6675 |
| AAVpro滴定试剂盒 | Takara | 6233 | |
| 免疫荧光 | DAPI染色液 | Sangon | E607303 |
| Western blot | 抗TKFC抗体 | Proteintech | 12224-1-AP |
| 抗TBK1抗体 | Santa Cruz | A-6 | |
| 抗磷酸化TBK1抗体 | CST | D52C2 | |
| 抗IKKε抗体 | CST | 2690 | |
| 抗磷酸化IKKε抗体 | CST | 8766 | |
| 抗IRF3抗体 | Abclonal | A11373 | |
| 抗磷酸化IRF3抗体 | Abclonal | AP0623 | |
| 抗NF-κB抗体 | CST | 8242 | |
| 抗磷酸化NF-κB抗体 | CST | 3031 | |
| 抗ALDOC抗体 | Proteintech | 14884-1-AP | |
| 免疫组化/免疫荧光 | 抗Ki67抗体 | CST | 9449 |
| 免疫荧光 | 抗CD8α抗体 | CST | 98941 |
| 抗颗粒酶K抗体 | Proteintech | 27894-1-AP | |
| 抗NCR1抗体 | CST | 23732 | |
| Western blot | 抗Lamin B1抗体 | Santa Cruz | sc-377000 |
| 抗GAPDH抗体 | Sangon | D110016 | |
| 抗β-actin抗体 | Sangon | D110001 | |
| RNA提取 | GoScript逆转录系统 | Promega | -- |
| RT-qPCR | TransStart Green qPCR SuperMix试剂盒 | TransGen | AQ101-01 |
| 细胞分级分离 | 细胞质和细胞核分离试剂盒 | Invent | SC-003 |
| FISH | RNAmax-T7生物素标记转录试剂盒 | Ribobio | C11002-1 |
| Northern blot | DIG-RNA标记试剂盒 | Roche | 11175033910 |
| DIG Northern Starter试剂盒 | Roche | 12039672910 | |
| 载体构建 | Primerstar Max DNA聚合酶混合物 | Takara | R045B |
| 细胞活力检测 | CellTiter-Lumi发光细胞活力检测试剂盒 | Beyotime | C0056S |
| 银染 | 快速银染试剂盒 | Beyotime | P0017S |
| 双荧光素酶报告基因 | 双荧光素酶报告基因检测试剂盒 | Beyotime | RG088S |
| 细胞裂解 | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| 封闭 | 牛血清白蛋白 | Beyotime | ST025 |
| 酵母RNA | Beyotime | R0038 | |
| 动物麻醉 | 1.25%三溴乙醇 | Lab Anim Tech | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系(U87, U251, 293T等),培养基(DMEM含10% FBS),培养条件(37°C,5% CO2) 阅读提示:STAR Methods - Cell culture |
| circSOBP过表达/敲低 | 过表达载体(pEGFP-C1-circSOBP)和siRNA序列 阅读提示:STAR Methods - Vector construction, Cell transfection |
| 代谢检测 | Seahorse分析中OCR和ECAR检测的细胞密度、试剂浓度和注射顺序 阅读提示:STAR Methods - Seahorse analysis |
| RNA pulldown/免疫沉淀 | 探针序列、抗体(anti-TKFC, anti-Flag, anti-HA) 阅读提示:STAR Methods - RNA pulldown assays, Immunoprecipitation |
| 动物实验 | 小鼠品系(BALB/c裸鼠和C57BL/6),细胞接种数(3×10^5),AAV和Poly(I:C)剂量(5 μg/g/d) 阅读提示:STAR Methods - Animal experiments |