临床样本分析与模型建立
评估TCL1A在OSCC组织和正常组织中的表达差异及其与临床预后的关系
使用单细胞RNA测序数据(13个OSCC组织和8个癌旁正常组织)和临床样本(29例OSCC组织用于TLS分析,146例OSCC组织样本用于TMA)进行分析。
TCL1A-expressing B cells are critical for tertiary lymphoid structure formation and the prognosis of oral squamous cell carcinoma.
包含临床样本分析、单细胞测序、体外细胞实验和过表达验证,但缺乏动物模型,整体实验层级不够全面。
口腔鳞状细胞癌患者组织样本 B淋巴母细胞系(GM12878) 健康供体外周血来源的B细胞和树突状细胞
TCL1A在OSCC组织与癌旁正常组织中的表达差异(基于单细胞RNA测序) TCL1A表达与OSCC患者5年总生存率的相关性(TCGA和TMA队列) TCL1A表达与TLS形成及TLS阳性/阴性分组的关系 雌二醇处理或慢病毒过表达TCL1A对B细胞中CR2、KI67表达及增殖的影响 TCL1A过表达对B细胞吞噬树突状细胞膜碎片(CD11c和HLA-DR转移)的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估TCL1A在OSCC组织和正常组织中的表达差异及其与临床预后的关系
使用单细胞RNA测序数据(13个OSCC组织和8个癌旁正常组织)和临床样本(29例OSCC组织用于TLS分析,146例OSCC组织样本用于TMA)进行分析。
验证TCL1A表达水平与TLS形成及OSCC患者预后的相关性
利用TCGA数据(359例OSCC)和TMA数据进行生存分析和相关性分析,并通过病理染色和mIHC评估TLS状态及TCL1A在组织中的空间分布。
探究TCL1A表达上调对B细胞增殖和吞噬作用的影响
使用雌二醇处理或慢病毒转导在B细胞系(GM12878)和原代B细胞中上调TCL1A表达,通过流式细胞术检测CR2、KI67表达、细胞增殖和吞噬作用。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI培养基 | Gibco | C11875500BT |
| 胎牛血清 | AUSGENEX | FBS500-S | |
| 慢病毒转染 | Opti-MEM培养基 | Thermo Fisher | 3198070 |
| 聚凝胺 | Tocris | 7711/10 | |
| 嘌呤霉素 | InvivoGen | ant-pr-1 | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596018 |
| 逆转录试剂盒 | TAKARA | RR036A | |
| LightCycler 480实时荧光定量PCR仪 | Roche | -- | |
| 免疫组织化学 | TCL1A抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-393436 |
| 辣根过氧化物酶标记二抗 | Gene Tech | GK500710 | |
| 玻片扫描仪 | Leica | Aperio | |
| 免疫荧光 | CD19抗体 | CST | 3574 |
| CR2抗体 | Affinity | DF7770 | |
| KI67抗体 | CST | 9129 | |
| 二抗 | Earthox | E032210, | |
| 多重免疫组织化学 | Opal荧光免疫组化试剂盒 | PerkinElmer | NEL811001KT |
| CD4抗体 | CST | 25229 | |
| CD8抗体 | CST | 98941 | |
| PNAD抗体 | Abcam | ab111710 | |
| 免疫细胞分离 | Ficoll-Paque Plus淋巴细胞分离液 | GE Healthcare | 17144003 |
| MojoSort™人CD19分选试剂盒 | BioLegend | 480105 | |
| 树突状细胞富集试剂盒 | Miltenyi Biotec | 130-100-777 | |
| 药物处理 | 雌二醇 | Sigma | E2758 |
| 流式细胞术 | Ghost Dye Red 780活力染料 | -- | -- |
| 破膜试剂盒 | Tonbo Biosciences | TNB-0607-KIT | |
| DxFLEX流式细胞仪 | Beckman | -- | |
| TCL1A抗体 | eBioscience | 12-6699-42 | |
| KI67抗体 | BioLegend | 350513 | |
| 吞噬作用检测 | CD11c抗体 | BioLegend | 980604 |
| HLA-DR抗体 | BioLegend | 980420 | |
| CD19抗体 | BioLegend | 982402 | |
| 细胞周期检测 | 细胞周期检测试剂盒 | MCE | HY-K1071 |
| 慢病毒转染 | TCL1A过表达慢病毒载体 | Tsingke Biotechnology | -- |
| 免疫荧光 | 荧光显微镜 | Olympus | FV3000 |
| 多重免疫组织化学 | TissueFAXS Imaging软件 | TissueGnostics | v7.134 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本收集 | 组织样本:29例OSCC组织;TMA:146例OSCC样本;收集医院:中山大学附属口腔医院;时间范围:2008年1月至2009年12月;随访截止:2014年4月 阅读提示:Materials and methods, 'Patients and sample processing' |
| 细胞培养 | B淋巴母细胞系(GM12878):Procell Life Science & Technology Co., Ltd.;培养基:RPMI(Gibco #C11875500BT)+10%FBS(AUSGENEX #FBS500-S);培养条件:37°C,5%CO2 阅读提示:Materials and methods, 'Cell lines' |
| TCL1A过表达 | 慢病毒载体:Tsingke Biotechnology;转染条件:MOI=100,8 µg/ml polybrene(Tocris #7711/10),1000×g离心1小时,转染后1天换液,3天后观察GFP,嘌呤霉素(InvivoGen #ant-pr-1)筛选浓度2 µg/ml 阅读提示:Materials and methods, 'Transfection' |
| 药物处理 | 雌二醇(Sigma #E2758)处理浓度:0.1 nM,处理时间:1天;处理前细胞在含5%FBS培养基中培养1天,再在无血清培养基中培养1天 阅读提示:Materials and methods, 'Drug treatment' |
| 吞噬作用检测 | B细胞和树突状细胞分离方法:Ficoll-Paque Plus,CD19分选试剂盒(BioLegend #480105),树突状细胞富集试剂盒(Miltenyi Biotec #130-100-777);共培养条件:B细胞2×10^5与树突状细胞3×10^5,96孔U底板,RPMI+10%FBS,37°C,2小时,离心150g 1分钟促进接触 阅读提示:Materials and methods, 'Isolation of human blood B cells and dendritic cells' 和 'Trogocytosis assay' |