单细胞转录组图谱构建
解析OSF口腔黏膜组织的细胞组成和异质性
对健康对照和OSF患者口腔黏膜组织进行scRNA-seq,鉴定主要细胞类型并分析细胞比例变化。
DPSCs regulate epithelial-T cell interactions in oral submucous fibrosis.
包含scRNA-seq、体外细胞共培养、临床样本验证和动物模型等多层次实验,并进行了功能验证和机制研究。
OSF患者口腔黏膜组织 HOK细胞系(Epi1.2细胞模型) 人原代CD3+T细胞 Sprague-Dawley大鼠OSF模型
scRNA-seq样本:1例对照组和1例OSF组新鲜组织 Epi1.2细胞模型:60 µg/mL槟榔碱处理HOK细胞24小时 T细胞共培养:Epi1.2细胞与CD3+T细胞共培养24小时 MIF抑制剂ISO-1浓度:1 µM 动物实验分组:Control, OSF, OSF+PBS, OSF+GC, OSF+DPSC,每组6只
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
解析OSF口腔黏膜组织的细胞组成和异质性
对健康对照和OSF患者口腔黏膜组织进行scRNA-seq,鉴定主要细胞类型并分析细胞比例变化。
探索OSF中上皮细胞的异质性,寻找关键亚群
对上皮细胞进行重聚类,鉴定出Epi1.2亚群,并通过免疫组化验证其标记物KRT19在临床样本中的表达。
预测Epi1.2细胞与T细胞之间的相互作用配体-受体对
使用CellChat分析scRNA-seq数据,预测Epi1.2细胞与T细胞之间的受体-配体相互作用,并鉴定出MIF-CD74/CXCR4对。
验证Epi1.2细胞与T细胞的相互作用及其对炎症和纤维化的影响
用槟榔碱处理HOK细胞建立Epi1.2细胞模型,与T细胞共培养,检测细胞因子分泌、T细胞活化标志物和成纤维细胞活化情况,并用MIF抑制剂ISO-1进行干预。
在体内验证Epi1.2细胞在OSF中的作用,并评估DPSCs治疗的效果和机制
用槟榔碱局部涂抹建立OSF大鼠模型,分成5组:Control、OSF、OSF+PBS、OSF+GC、OSF+DPSC,每周注射治疗,4周和8周后取材检测。
验证DPSCs是否通过下调Epi1.2细胞和T细胞受体表达来缓解OSF
通过免疫组化和免疫荧光检测各组大鼠中KRT19+MIF+上皮细胞和CD74+/CXCR4+T细胞的表达,并在体外用DPSC条件培养基处理共培养细胞进行验证。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 单细胞测序文库制备 | 10x Genomics Chromium | 10x Genomics | -- |
| 单细胞测序 | NovaSeq6000 | Illumina | -- |
| 组织消化 | 胰蛋白酶 | Thermo Fisher Scientific | 25200-072 |
| 脱氧核糖核酸酶I | Sigma | 11284932001 | |
| 细胞培养 | 杜氏磷酸盐缓冲液 | Thermo Fisher Scientific | 14190144 |
| 胎牛血清 | Thermo Fisher Scientific | A3161001C | |
| 细胞分离 | 红细胞裂解液 | Thermo Fisher Scientific | 00-4333-57 |
| 细胞计数 | 台盼蓝 | Thermo Fisher Scientific | 15250061 |
| Countess II自动细胞计数器 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| T细胞分选 | MojoSort人CD3 T细胞分离试剂盒 | BioLegend | 480022 |
| T细胞培养 | X-VIVO15培养基 | -- | -- |
| T细胞活化 | Dynabeads人T细胞活化磁珠CD3/CD28 | Life Technologies | 11131D |
| 细胞培养 | HOK-16B | ZLZT | zl-040906 |
| 人牙龈成纤维细胞 | Procell | CP-H205 | |
| DMEM培养基 | Gibco | -- | |
| 药物处理 | 槟榔碱 | -- | -- |
| ISO-1 | Med Chem Express | HY-16692 | |
| 细胞增殖检测 | 细胞计数试剂盒-8 | Elabscience | E-CK-A362 |
| 流式细胞术 | Cytofix/Cytoperm固定/破膜试剂盒 | BD Biosciences | 554714 |
| CytoTell红650 | AAT Bioquest | 22255 | |
| PE抗人CD25 | Biolegend | 302606 | |
| APC抗人CD69 | Biolegend | 310910 | |
| FITC抗人/小鼠颗粒酶B | Biolegend | 396404 | |
| PE抗人CD73 | BioLegend | 344003 | |
| PE抗人CD90 | BioLegend | 328109 | |
| PE抗人CD105 | BioLegend | 323205 | |
| PE抗人CD11b | BioLegend | 982606 | |
| PE抗人CD34 | BioLegend | 343505 | |
| PE抗人CD45 | BioLegend | 304007 | |
| FITC抗人CD19 | BioLegend | 302205 | |
| FITC抗人CD3 | BioLegend | 300306 | |
| Transwell实验 | Transwell板 | NEST | 724101 |
| ELISA | IL-6 ELISA试剂盒 | Servicebio | GEH0001 |
| IL-1β ELISA试剂盒 | Servicebio | GEH0002 | |
| IL-17 ELISA试剂盒 | MultiSciences | EK117/2-96 | |
| TGF-β ELISA试剂盒 | MultiSciences | EK981-96 | |
| TNF-α ELISA试剂盒 | Servicebio | GEH0004 | |
| IFN-γ ELISA试剂盒 | Servicebio | GEH0006 | |
| qRT-PCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| PrimeScript逆转录试剂盒 | Takara Bio | -- | |
| 7500实时荧光定量PCR仪 | Applied Biosystems | -- | |
| 多能分化 | 成骨分化试剂盒 | ScienCell | 7531 |
| 成脂分化试剂盒 | ScienCell | 7541 | |
| 茜素红S | Sigma-Aldrich | -- | |
| 油红O | Sigma-Aldrich | -- | |
| 动物模型 | 异氟烷 | RWD | -- |
| 槟榔碱 | Solarbio | SA9640 | |
| 免疫组化 | KRT19抗体 | Proteintech | 60187-1-lg |
| α-SMA抗体 | GeneTex | GTX100034 | |
| CD31抗体 | Servicebio | GB113151 | |
| CD3抗体 | Proteintech | 17617-1-AP | |
| 免疫荧光 | DAPI | Invitrogen | -- |
| MIF抗体 | Proteintech | 20415-1-AP | |
| CD74抗体 | Proteintech | GTX110477 | |
| CXCR4抗体 | Proteintech | 60042-1-Ig | |
| 显微镜 | Nikon A1R共聚焦显微镜 | Nikon | -- |
| 流式细胞术 | Coulter-XL流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- |
| 扫描电镜 | 场发射扫描电子显微镜S-4800 | Hitachi | -- |
| 原子力显微镜 | Keysight 5500原子力显微镜 | Keysight Technologies | -- |
| AFM探针 | PPP-NCLR-20 | Nanosensors | -- |
| SD-Sphere-CONT-m-10 | Nanosensors | -- | |
| 条件培养基制备 | 0.22微米滤器 | Millex-GP | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 单细胞测序 | 样本量:对照组1例、OSF组1例;组织消化条件:0.25%胰蛋白酶和10 µg/mL DNase I,37°C,50 rpm,约40分钟 阅读提示:见Methods 'Preparation of samples for scRNA-seq' |
| Epi1.2细胞模型建立 | 细胞系:HOK;槟榔碱浓度:60 µg/mL;处理时间:24小时 阅读提示:见Methods 'Cell culture' 和 Results 'Epi1.2 cells promoted...' |
| T细胞共培养 | T细胞来源:健康志愿者外周血PBMCs;共培养比例:Epi1.2细胞2×10^6,T细胞1×10^6;共培养时间:24小时 阅读提示:见Methods 'Isolation and activation of T cells' 和 'Transwell assay' |
| MIF抑制实验 | 抑制剂:ISO-1;浓度:1 µM;处理时间:24小时 阅读提示:见Methods 'In vitro suppression assays' |
| 动物实验 | 动物:8周龄雄性SD大鼠;模型诱导:15 mg/mL槟榔碱涂抹颊黏膜,每天40次,持续12周;分组:Control, OSF, OSF+PBS, OSF+GC, OSF+DPSC,每组6只;治疗:OSF+GC组注射20 mg/mL GC,OSF+DPSC组注射1×10^6 cells/mL DPSC悬液50 μL,每周一次;观察时间:4周和8周 阅读提示:见Methods 'Establishment of animal models, interventions, and measurements' |
| DPSC条件培养基 | DPSCs接种密度:3×10^6/ml;血清饥饿时长:48小时;收集后离心2500 rpm 3分钟,0.22 µm过滤 阅读提示:见Methods 'Preparation of conditioned media' |