蛋白相互作用验证
验证ABHD16A与IFITM蛋白在不同物种间的相互作用。
采用酵母双杂交(Y2H)、免疫共沉淀(co-IP)和双分子荧光互补(BiFC)实验检测猪、人和小鼠的ABHD16A与对应IFITMs的相互作用。
ABHD16A Negatively Regulates the Palmitoylation and Antiviral Function of IFITM Proteins.
包含酵母双杂交、免疫共沉淀、APEGS实验、亚细胞定位分析、功能验证(JEV/SFTSV/VSV感染)及突变体分析等多个独立证据层级,均涉及功能验证和机制验证。
HEK293细胞 PK15细胞 HEK293T细胞 abhd16a基因敲除HEK293细胞
ABHD16A与IFITM蛋白的相互作用(Y2H、co-IP) ABHD16A对IFITM棕榈酰化水平的影响(APEGS) ABHD16A调节IFITM亚细胞定位(共聚焦显微镜) ABHD16A对病毒复制的影响(JEV、SFTSV、VSV) ABHD16A突变体对去棕榈酰化活性和定位的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证ABHD16A与IFITM蛋白在不同物种间的相互作用。
采用酵母双杂交(Y2H)、免疫共沉淀(co-IP)和双分子荧光互补(BiFC)实验检测猪、人和小鼠的ABHD16A与对应IFITMs的相互作用。
检测ABHD16A对IFITM蛋白亚细胞定位的影响。
通过共聚焦显微镜观察ABHD16A和IFITMs共表达时的定位;使用shRNA敲低sABHD16A或过表达ABHD16A,以及CRISPR/Cas9敲除hABHD16A,观察IFITM在质膜或胞质的分布。
验证ABHD16A是否作为去棕榈酰酶影响IFITMs的S-棕榈酰化。
使用酰基-PEG交换凝胶迁移(APEGS)实验检测过表达ABHD16A、敲除ABHD16A或使用ABHD16A抑制剂KC01时IFITMs的棕榈酰化水平。
确定ABHD16A去棕榈酰酶活性的关键氨基酸或基序。
构建ABHD16A N末端截短突变体(ΔN1/ΔN2/ΔN3)、基序突变体(Δmotif1 GXSXXG、Δmotif2 HXXXXD)和S355A点突变体,通过APEGS实验检测其对sIFITM1棕榈酰化的影响;并通过共聚焦显微镜评估突变体对sIFITM1定位的影响。
评估ABHD16A对IFITM抗病毒活性的影响。
在过表达或敲除ABHD16A的细胞中感染JEV、SFTSV和VSVΔG伪病毒,检测病毒mRNA或蛋白水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系(PK15, HEK293, HEK293T)及培养条件(DMEM、10% FCS、100 U/mL青霉素、100 μg/mL链霉素、4 mM L-谷氨酰胺,37°C、5% CO2) 阅读提示:Materials and Methods, Cell culture and transfection |
| 质粒构建 | IFITM1/2/3和ABHD16A的cDNA从特定细胞系合成并克隆至载体(pcDNA3.1(+), pEYFP-N1, pDsRed-monomer-N1, pEGFP-N1),酶切位点EcoRI和BamHI 阅读提示:Materials and Methods, Plasmid construction |
| 相互作用验证 | Y2H(酵母菌株AH109,培养基SD/−Leu/−Trp/−Ade/−His,X-α-Gal显色)和co-IP(细胞类型,转染质粒,抗Flag或抗S-tag抗体) 阅读提示:Materials and Methods, Yeast two-hybrid assay and Coimmunoprecipitation; Figure 1 |
| 亚细胞定位分析 | 共聚焦显微镜(Leica TCS SP8),PEARS相关分析,DiO(5 μM)和Hoechst 33342染色条件 阅读提示:Materials and Methods, Confocal microscopy; Figure 2 |
| 棕榈酰化检测 | APEGS实验步骤(TCEP、NEM、NH2OH、mPEG-Mal处理),过表达或敲除ABHD16A条件 阅读提示:Materials and Methods, Acyl-PEGyl exchange gel shift assay; Figure 3 |
| 病毒实验 | JEV SA14-14-2、SFTSV和VSVΔG伪病毒,MOI=0.1,感染时间(4, 24, 48 h),KC01处理(5 μM, 24 h),2-BP处理(100 μM, 6 h) 阅读提示:Materials and Methods, Infection and antiviral assay; Figure 6 |