HADHB表达及预后分析
评估HADHB在STAD组织和细胞中的表达水平及其与患者预后的关系。
使用TCGA、GEPIA数据库分析HADHB表达,Kaplan-Meier Plotter和Cox回归分析生存;收集STAD组织和细胞系,通过western blot、qRT-PCR和IHC检测表达。
Hydroxyacyl-CoA dehydrogenase trifunctional multienzyme complex subunit beta gene as a tumour suppressor in stomach adenocarcinoma.
包含临床组织样本、细胞系体外功能实验、裸鼠体内成瘤实验、双荧光素酶报告基因及通路救援实验等多层级验证,并明确机制。
STAD临床组织样本 人胃黏膜上皮细胞GES-1及STAD细胞系HGC27、SNU-216、MKN-45、AGS、FU97 BALB/c裸鼠异种移植瘤模型
HADHB在STAD组织和细胞中表达下调(GEPIA、TCGA、qRT-PCR、western blot、IHC) HGC27和AGS细胞中HADHB过表达和敲低后细胞活力、增殖、迁移、侵袭、细胞周期变化 裸鼠皮下移植HGC27细胞(对照组和pcDNA3.1-HADHB组)后肿瘤体积、重量、Ki67和TUNEL染色 KLF4与HADHB启动子结合(双荧光素酶报告基因)及KLF4过表达对HADHB敲低效应的逆转 HADHB对Hippo-YAP通路蛋白YAP和TEAD4表达的影响及YAP过表达救援实验
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估HADHB在STAD组织和细胞中的表达水平及其与患者预后的关系。
使用TCGA、GEPIA数据库分析HADHB表达,Kaplan-Meier Plotter和Cox回归分析生存;收集STAD组织和细胞系,通过western blot、qRT-PCR和IHC检测表达。
验证HADHB对STAD细胞增殖、迁移、侵袭和细胞周期的影响。
在HGC27细胞过表达HADHB,在AGS细胞敲低HADHB,通过CCK-8、EdU、集落形成、流式细胞术、transwell和划痕实验检测细胞功能。
验证HADHB上调对体内肿瘤生长、增殖和凋亡的影响。
将转染空载体或pcDNA3.1-HADHB的HGC27细胞皮下接种裸鼠,测量肿瘤体积和重量,并通过H&E、IHC和TUNEL染色分析。
确定HADHB的上游转录因子及其调控关系。
通过Venn图筛选候选转录因子KLF4,使用Jaspar预测结合位点,双荧光素酶报告基因验证结合,并在细胞中过表达KLF4检测HADHB表达。
探索HADHB调控的下游信号通路。
使用GSEA富集分析,发现Hippo-YAP通路,通过western blot检测相关蛋白,并进行救援实验。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | BBI LIFE SCIENCES CORPORATION | E600028 |
| Ham's F12培养基 | BBI LIFE SCIENCES CORPORATION | E600014 | |
| DMEM培养基 | BBI LIFE SCIENCES CORPORATION | E600009 | |
| 胎牛血清 | BBI LIFE SCIENCES CORPORATION | E600001 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Sangon Biotech | C500005 |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Beyotime | P1005 | |
| BCA试剂盒 | Solarbio | PC0020 | |
| ECL化学发光试剂 | Beyotime | P0018S | |
| 抗HADHB抗体 | Proteintech | 29091-1-AP | |
| 抗E-钙粘蛋白抗体 | Proteintech | 20874-1-AP | |
| 抗波形蛋白抗体 | Proteintech | 10366-1-AP | |
| 抗N-钙粘蛋白抗体 | Proteintech | 22018-1-AP | |
| 山羊抗兔IgG二抗 | Proteintech | SA00001-15 | |
| 抗TEAD4抗体 | Abclonal | A4151 | |
| 抗YAP抗体 | Abclonal | A1001 | |
| 抗GAPDH抗体 | Abclonal | AC001 | |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| 免疫组织化学 | 抗HADHB抗体 | Abcam | ab230667 |
| 抗Ki67抗体 | Abcam | ab15580 | |
| DAB显色液 | Beyotime | P0202 | |
| qRT-PCR | TRIZOL试剂 | BBI LIGE SCIENCES CORPORATION | B610409 |
| 第一链cDNA合成试剂盒 | Thermo Scientific | k1612 | |
| BeyoFast™ SYBR Green一步法qRT-PCR试剂盒 | Beyotime | D7277S | |
| 细胞转染 | 脂质体2000转染试剂 | Invitrogen | 52887 |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Beyotime | C0037 |
| 细胞增殖检测 | EdU掺入检测试剂盒 | RIBOBIO | C00003 |
| DAPI染色液 | Beyotime | C1002 | |
| 结晶紫 | Beyotime | C0121 | |
| 细胞周期分析 | 核糖核酸酶A | Beyotime | ST579 |
| 碘化丙啶 | Beyotime | ST511 | |
| 细胞迁移和侵袭 | 基质胶 | Corning | -- |
| 中性树脂 | Solarbio | G8590 | |
| 细胞凋亡分析 | 一步法TUNEL细胞凋亡检测试剂盒 | Beyotime | C1086 |
| 抗荧光淬灭封片剂 | Beyotime | P0126 | |
| 双荧光素酶报告基因 | 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | E1910 |
| pGL3载体 | Promega | E1761 | |
| Western blot | LAS-3000成像系统 | FUJIFILM | -- |
| 细胞培养 | 分光光度计 | HACH | -- |
| 细胞活力检测 | 酶标仪 | Bio-Rad | -- |
| 细胞周期分析 | FACScan流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
| CellQuest软件 | BD Biosciences | -- | |
| 显微镜观察 | 显微镜 | Olympus | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| HADHB表达分析 | 数据库样本量(GEPIA: 肿瘤408例,正常211例);临床组织样本配对数量(40对);细胞系种类和来源 阅读提示:Methods: HADHB expression and survival analysis; Cell lines and clinical tissue collection |
| 体外功能实验 | 转染载体和siRNA序列;细胞密度;检测时间点;CCK-8、EdU、集落形成、细胞周期、transwell和划痕实验的具体条件 阅读提示:Methods: Cell transfection, Cell viability analysis, Cell proliferation analysis, Cell cycle analysis, Cell migration and invasion assessment; Figure legends 2-3 |
| 体内异种移植瘤实验 | 小鼠品系、周龄、数量;细胞接种浓度和体积;肿瘤测量时间点;肿瘤体积计算公式 阅读提示:Methods: Construction of the xenograft STAD model in nude mice; Figure 4 |
| 上游调控机制实验 | 双荧光素酶报告基因载体构建(WT和MUT序列);结合位点位置;KLF4过表达对HADHB表达的影响 阅读提示:Methods: Motif analysis and promotor binding site analysis, Dual-luciferase reporter assay; Figure 5 |
| 下游通路验证 | GSEA分析参数;Hippo-YAP通路相关蛋白检测(YAP, TEAD4);救援实验共转染方案 阅读提示:Methods: Pathway enrichment analysis; Results: HADHB regulates the Hippo-YAP signalling pathway; Figure 6-7 |