临床样本分析PLK1表达与预后关联
评估PLK1在骨肉瘤组织中的表达及其与患者预后的关系
使用GEPIA数据库分析PLK1在骨肉瘤组织中的表达水平,并通过Kaplan-Meier分析评估其与总体生存和无复发生存的关系。
Targeted PLK1 suppression through RNA interference mediated by high-fidelity Cas13d mitigates osteosarcoma progression via TGF-β/Smad3 signalling.
包含体外细胞实验(增殖、凋亡、周期、侵袭)和体内异种移植瘤模型,并进行机制验证(Co-IP、TurboID-MS)及蛋白表达检测。
MG-63人骨肉瘤细胞系 U2OS人骨肉瘤细胞系 MG-63皮下异种移植瘤裸鼠模型
hfCas13d和sgRNA的序列及转染效率 PLK1敲低效率(sgRNA3>70% mRNA敲低) 细胞增殖、凋亡、周期和侵袭的检测方法及条件 体内实验:1×10^6 MG-63细胞皮下注射,7天后瘤内注射1×10^8 TU/mL的慢病毒载体,每组4只
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估PLK1在骨肉瘤组织中的表达及其与患者预后的关系
使用GEPIA数据库分析PLK1在骨肉瘤组织中的表达水平,并通过Kaplan-Meier分析评估其与总体生存和无复发生存的关系。
在骨肉瘤细胞系中实现PLK1的特异性敲低
设计并合成靶向PLK1的sgRNA,克隆至慢病毒载体,包装慢病毒并感染MG-63和U2OS细胞,通过嘌呤霉素筛选稳定细胞系,并通过qRT-PCR和Western blot验证敲低效率。
评估PLK1敲低对骨肉瘤细胞增殖、凋亡和侵袭的影响
通过CCK-8检测细胞活力,集落形成实验评估增殖;通过Annexin V/PI染色分析凋亡,Western blot检测Bax/Bcl-2;通过Transwell实验检测侵袭,并通过Western blot和qRT-PCR检测MMP2和E-cadherin的表达。
探究PLK1敲低对细胞周期和DNA复制的影响
通过PI染色流式细胞术分析细胞周期分布,通过EdU掺入实验评估DNA复制,并通过荧光显微镜观察染色质状态。
鉴定PLK1的相互作用蛋白,并验证PLK1对TGF-β/Smad3通路的影响
使用TurboID邻近标记结合质谱分析鉴定PLK1潜在相互作用蛋白,并通过Co-IP验证PLK1与Smad3的相互作用;通过Western blot检测PLK1敲低后Smad2/3磷酸化水平。
在体内评估hfCas13d介导的PLK1敲低对骨肉瘤生长的抑制作用
皮下注射MG-63细胞建立裸鼠异种移植瘤模型,7天后瘤内注射表达hfCas13d和靶向PLK1 sgRNA的慢病毒载体,定期测量肿瘤体积,收集肿瘤组织进行免疫组化检测PLK1和p-Smad3的表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 质粒构建 | hfCas13d质粒 | Addgene | 190034 |
| PCR聚合酶 | Vazyme | P505 | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | SH30243.01 |
| 胎牛血清 | Lonsera | A511-001 | |
| MEM培养基 | Procell | -- | |
| McCoy's 5A培养基 | Procell | -- | |
| 慢病毒包装 | PEI 40000转染试剂 | Yeasen | 40816ES02 |
| 稳定细胞筛选 | 嘌呤霉素 | Beyotime | ST551 |
| RNA提取 | TRNzol试剂 | Tiangen | -- |
| NanoDrop 3000分光光度计 | -- | -- | |
| RT-qPCR | GoScript逆转录酶 | Promega | A2791 |
| iTaq Universal SYBR Green预混液 | Bio-Rad | 1725121 | |
| LightCycler 480实时荧光定量PCR仪 | Roche | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| ChemiScope 600 EXp成像系统 | ClinX | -- | |
| Co-IP | 抗HA抗体 | Proteintech | 51064-2-AP |
| 抗Flag抗体 | Proteintech | 20543-1-AP | |
| Protein A/G磁珠 | MCE | HY-K0202 | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂 | MCE | HY-K0301 |
| 流式细胞术 | Annexin-V FITC/PI凋亡检测试剂盒 | Beyotime | C1062 |
| Canto II流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| EdU检测 | EdU检测试剂盒 | RiboBio | C10310-1 |
| A1R-PLUS倒置荧光显微镜 | Nikon | -- | |
| TurboID邻近标记 | 链霉亲和素磁珠 | Beyotime | P2151 |
| 动物实验 | BALB/c裸鼠 | Dashuo Biotech | -- |
| 免疫组化 | 抗磷酸化Smad3抗体 | Rockland | 600-401-919 |
| 抗PLK1抗体 | Proteintech | 10305-1-AP | |
| VS120虚拟玻片扫描仪 | Olympus | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基和血清配方、培养条件和传代密度 阅读提示:参见Materials and Methods 2.2 Cell culturing |
| 慢病毒包装与转染 | 包装质粒比例、PEI浓度、病毒收获时间、筛选浓度 阅读提示:参见Materials and Methods 2.3 Lentivirus packaging and transfection |
| PLK1敲低效率验证 | sgRNA序列,转染方法,敲低效率的具体数值(mRNA和蛋白水平) 阅读提示:参见Results 3.1和Figure 1D, 1E |
| 细胞增殖与活力检测 | CCK-8实验的细胞数量、孵育时间;EdU标记浓度和时间 阅读提示:参见Materials and Methods 2.7和2.9,以及Figure 2A,B |
| 细胞周期分析 | PI染色固定方法、染色时间、细胞周期分布的具体改变 阅读提示:参见Materials and Methods 2.8和Figure 3A, 4A |
| 凋亡检测 | Annexin V/PI染色方法、凋亡细胞比例的变化;Bax/Bcl-2蛋白表达变化 阅读提示:参见Materials and Methods 2.8和Figure 5A,B |
| 侵袭实验 | Transwell小室类型、基质胶配置、细胞接种数量、侵袭时间;MMP2和E-cadherin表达变化 阅读提示:参见Materials and Methods 2.5和Figure 6A-D |
| Co-IP | 裂解液成分、抗体使用、磁珠类型、洗涤条件 阅读提示:参见Materials and Methods 2.5和Figure 7C |
| 体内异种移植实验 | 小鼠品系及来源、细胞注射数量、肿瘤体积计算方法、给药方式及时间 阅读提示:参见Materials and Methods 2.11和Figure 8A-C |
| 免疫组化 | 一抗稀释度、抗原修复方法、染色强度定量方法 阅读提示:参见Materials and Methods 2.12和Figure 8D |