验证谷氨酰胺在TGF-β1诱导的成纤维细胞增殖和胶原产生中的作用
确认谷氨酰胺对TGF-β1诱导的成纤维细胞增殖和胶原蛋白表达的必要性
在不同谷氨酰胺浓度(0、2、4 mM)下用TGF-β1(10 ng/mL)处理NIH-3T3细胞,通过显微镜观察细胞增殖,EdU实验检测增殖比率,Western blotting检测GLS1、纤连蛋白、弹性蛋白、胶原I、胶原III和α-SMA的表达,并用GLS1抑制剂CB-839处理检测其对胶原表达的影响。
Tanshinone IIA alleviates pulmonary fibrosis by modulating glutamine metabolic reprogramming based on [U-13C5]-glutamine metabolic flux analysis.
包含细胞实验(NIH-3T3、MRC-5)及13C-MFA代谢通量分析、分子对接等功能和机制验证,但缺乏体内动物模型验证。
NIH-3T3小鼠胚胎成纤维细胞 MRC-5人胚肺成纤维细胞
TGF-β1诱导浓度10 ng/mL,干预时间12 h Tan IIA使用浓度5 μM和10 μM CB-839使用浓度2.5 μM [U-13C5]-谷氨酰胺标记浓度2 mM,标记时间12 h Western blotting分析中内参蛋白GAPDH
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确认谷氨酰胺对TGF-β1诱导的成纤维细胞增殖和胶原蛋白表达的必要性
在不同谷氨酰胺浓度(0、2、4 mM)下用TGF-β1(10 ng/mL)处理NIH-3T3细胞,通过显微镜观察细胞增殖,EdU实验检测增殖比率,Western blotting检测GLS1、纤连蛋白、弹性蛋白、胶原I、胶原III和α-SMA的表达,并用GLS1抑制剂CB-839处理检测其对胶原表达的影响。
评估Tan IIA能否抑制TGF-β1诱导的胶原合成并下调GLS1表达
用TGF-β1(10 ng/mL)诱导NIH-3T3和MRC-5细胞,同时给予Tan IIA(10 μM)或SFN(5 μM)处理,Western blotting检测胶原I和III;用免疫荧光检测GLS1表达;并与CB-839比较对GLS1、纤连蛋白、弹性蛋白、胶原I/III和α-SMA的影响。
检测Tan IIA对谷氨酰胺代谢途径中间产物丰度及其同位素标记的影响
使用GC-MS检测TGF-β1诱导的NIH-3T3细胞中糖酵解和TCA循环代谢物的相对丰度;用2 mM [U-13C5]-谷氨酰胺标记培养,通过GC-MS分析各代谢物的质量同位素分布(MID),包括谷氨酸、α-KG、富马酸、苹果酸、天冬氨酸、脯氨酸和柠檬酸。
定量Tan IIA对谷氨酰胺分解代谢的影响
在0 h和12 h收集培养基,用谷氨酰胺和谷氨酸检测试剂盒测定浓度,并计算消耗和分泌速率。
定量Tan IIA对谷氨酰胺代谢网络通量的影响
将细胞外速率和质量同位素分布数据拟合到区室化代谢网络模型(INCA软件),确定谷氨酰胺分解、脯氨酸合成和TCA循环的绝对代谢通量。
确认Tan IIA是否下调脯氨酸合成途径关键酶的表达
用Western blotting和免疫荧光检测NIH-3T3和MRC-5细胞中P5CS、PYCR1和PSAT1的蛋白水平,并补充外源α-KG观察其对胶原表达的影响,以验证α-KG在胶原合成中的作用。
预测Tan IIA与GLS1、PSAT1、P5CS、PYCR1的结合模式
从PDB数据库下载蛋白质晶体结构,使用CB-DOCK2软件进行分子对接,计算结合能,并可视化结合模式。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 试剂与化学 | [U-13C5]-谷氨酰胺 | Shanghai Zhenzhun Biotechnology Co., Ltd. | 184161-19-1 |
| 丹参酮IIA | Shanghai Yuanye Biotechnology Co., Ltd | 568-72-9 | |
| L-苹果酸 | Shanghai Yuanye Biotechnology Co., Ltd | -- | |
| 富马酸 | Shanghai Yuanye Biotechnology Co., Ltd | -- | |
| L-谷氨酸 | Shanghai Yuanye Biotechnology Co., Ltd | -- | |
| 柠檬酸 | Shanghai Yuanye Biotechnology Co., Ltd | -- | |
| α-酮戊二酸 | Shanghai Yuanye Biotechnology Co., Ltd | -- | |
| L-天冬氨酸 | Shanghai Yuanye Biotechnology Co., Ltd | -- | |
| L-脯氨酸 | Shanghai Yuanye Biotechnology Co., Ltd | -- | |
| 细胞培养与处理 | 转化生长因子-β1 | Shanghai Yisheng Biotechnology Co., Ltd | -- |
| 细胞培养 | 胎牛血清 | Shanghai Yisheng Biotechnology Co., Ltd | -- |
| 细胞增殖检测 | EdU成像试剂盒 | YEASEN | -- |
| 药物处理 | CB-839 | MedChemExpress | -- |
| 代谢物检测 | 谷氨酰胺检测试剂盒 | Elabscience | -- |
| 谷氨酸检测试剂盒 | Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute | -- | |
| 衍生化 | 甲氧胺盐酸盐 | Sigma-Aldrich | -- |
| 萝卜硫素 | Sigma-Aldrich | -- | |
| MTBSTFA + 1% TBDMS | ACMEC | -- | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Thermo Fisher Scientific Inc. | -- |
| MEM培养基 | Thermo Fisher Scientific Inc. | -- | |
| GlutaMAX™添加剂 | Thermo Fisher Scientific Inc. | -- | |
| 0.25%胰蛋白酶 | Thermo Fisher Scientific Inc. | -- | |
| 青霉素-链霉素溶液 | Beyotime Biotechnology | -- | |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Beyotime Biotechnology | -- |
| 免疫荧光 | DAPI | Beyotime Biotechnology | -- |
| Triton X-100 | Beyotime Biotechnology | -- | |
| 抗淬灭封片剂 | Beyotime Biotechnology | -- | |
| 细胞培养 | 磷酸盐缓冲液 | Wuhan Procell Life Technology Co., Ltd | -- |
| Western blotting | I型胶原抗体 | Proteintech | 14695-1-AP |
| III型胶原抗体 | Proteintech | 22734-1-AP | |
| α-平滑肌肌动蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | #19245 | |
| PSAT1抗体 | Proteintech | 10501-1-AP | |
| PYCR1抗体 | Proteintech | 13108-1-AP | |
| P5CS抗体 | Proteintech | 17719-1-AP | |
| GLS1抗体 | Abways | CY5719 | |
| 纤连蛋白抗体 | Abways | CY9537 | |
| 弹性蛋白抗体 | Abways | CY8717 | |
| GAPDH抗体 | Abways | AB0037 | |
| 山羊抗兔IgG (H+L) HRP | Abways | AB0101 | |
| 化学发光试剂盒 | -- | -- | |
| Tanon-5200成像仪 | Tanon | -- | |
| 显微镜 | 奥林巴斯IX53倒置荧光显微镜 | Olympus | -- |
| 免疫荧光 | 尼康Ts2R倒置荧光显微镜 | Nikon | -- |
| GC-MS分析 | 安捷伦8890气相色谱系统 | Agilent | -- |
| HP-5MS毛细管柱(30 m × 250 μm × 0.25 μm) | Agilent J&W Scientific | -- | |
| 安捷伦7000D质谱仪 | Agilent | -- | |
| 统计与分析 | GraphPad Prism 8.0 | GraphPad Software | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与处理 | 细胞系(NIH-3T3、MRC-5)来源和培养条件;TGF-β1浓度10 ng/mL;Tan IIA浓度5、10 μM;CB-839浓度2.5 μM;处理时间(如12、24 h);血清饥饿处理 阅读提示:Methods: Cell culture |
| Western blotting | 抗体稀释比例、品牌和货号;蛋白上样量;内参蛋白(GAPDH) 阅读提示:Methods: Western blotting analysis; Figure legends |
| GC-MS代谢物分析 | 样品衍生化步骤(甲氧胺、MTBSTFA);GC-MS仪器参数(柱温程序、分流比、离子源温度);[U-13C5]-谷氨酰胺标记浓度2 mM和标记时间12 h 阅读提示:Methods: Labeled 13C-glutamine assay; Cell sample collection and preparation; GC–MS detection |
| 代谢通量分析 | 细胞外速率测定方法;代谢网络模型和INCA软件参数;同位素标记数据获取与校正确认 阅读提示:Methods: Determination of external rates; Results: 13C-MFA部分; Supplementary Tables 1 and 2 |
| 分子对接 | 蛋白质结构PDB ID:GLS1 (8BSK)、PSAT1 (8A5V)、P5CS (2H5G)、PYCR1 (5UAU);软件CB-DOCK2;结合能阈值 阅读提示:Methods: Molecular docking; Supplementary Table 3 |