基于[U-13C5]-谷氨酰胺代谢流分析,丹参酮IIA通过调节谷氨酰胺代谢重编程减轻肺纤维化

Tanshinone IIA alleviates pulmonary fibrosis by modulating glutamine metabolic reprogramming based on [U-13C5]-glutamine metabolic flux analysis.

作者信息Baixi Shan, Congying Guo, Haoyan Zhou, Jun Chen
PMID38697470
期刊J Adv Res
发布时间2025-04
DOI10.1016/j.jare.2024.04.029

实验完整度

包含细胞实验(NIH-3T3、MRC-5)及13C-MFA代谢通量分析、分子对接等功能和机制验证,但缺乏体内动物模型验证。

主要模型

NIH-3T3小鼠胚胎成纤维细胞 MRC-5人胚肺成纤维细胞

重点核对

TGF-β1诱导浓度10 ng/mL,干预时间12 h Tan IIA使用浓度5 μM和10 μM CB-839使用浓度2.5 μM [U-13C5]-谷氨酰胺标记浓度2 mM,标记时间12 h Western blotting分析中内参蛋白GAPDH

摘要

引言:由谷氨酰胺酶(GLS)介导的谷氨酰胺代谢重编程是肺纤维化(PF)进展过程中的重要信号。丹参酮IIA(Tan IIA)是一种具有抗氧化和抗纤维化特性的天然亲脂性二萜类化合物。然而,Tan IIA调节谷氨酰胺代谢重编程的潜在机制尚不清楚。目的:本研究旨在评估Tan IIA通过干预谷氨酰胺代谢重编程发挥抗PF作用,并探讨代谢调节的潜在新机制。方法:通过免疫荧光和Western blotting检测纤维化特征。使用EdU实验检测细胞增殖。使用稳定同位素[U-13C5]-谷氨酰胺标记细胞代谢物。通过利用100% 13C谷氨酰胺示踪剂,并采用网络分析研究成纤维细胞中代谢途径的激活,以及评估Tan IIA对这些途径的影响,我们使用同位素异构体网络分区分析(INCA)准确量化了谷氨酰胺分解、脯氨酸合成和三羧酸循环途径的绝对通量,INCA是一种用户友好的13C代谢通量分析(13C-MFA)软件工具。分子对接用于鉴定Tan IIA与靶蛋白的结合。结果:Tan IIA改善了TGF-β1诱导的肌成纤维细胞增殖,降低了MRC-5和NIH-3T3细胞中I型和III型胶原以及α-SMA蛋白的表达。此外,Tan IIA通过调节NIH-3T3细胞中TGF-β1刺激的谷氨酰胺代谢重编程并抑制GLS1表达来调节线粒体能量代谢,这降低了肌成纤维细胞中谷氨酰胺进入线粒体的代谢通量,并且还靶向抑制了Δ1-吡咯啉-5-羧酸合酶(P5CS)、P5C还原酶1(PYCR1)和磷酸丝氨酸氨基转移酶1(PSAT1)的表达,减少了脯氨酸羟基化并阻断了胶原合成途径。结论:Tan IIA通过调节谷氨酰胺代谢中的潜在靶点,逆转谷氨酰胺代谢重编程,减少线粒体能量消耗,抑制胶原基质合成。这一新视角揭示了谷氨酰胺代谢重编程在PF中的重要作用。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
Tan IIA是否通过调节谷氨酰胺代谢重编程来发挥抗肺纤维化作用?
核心机制
Tan IIA通过抑制GLS1表达,减少谷氨酰胺进入线粒体的代谢通量,并抑制P5CS、PYCR1和PSAT1表达,减少脯氨酸合成和羟基化,从而阻断胶原合成途径。
主要证据
在TGF-β1诱导的NIH-3T3和MRC-5细胞中,Western blotting和免疫荧光显示Tan IIA降低GLS1、P5CS、PYCR1和PSAT1表达,减少了胶原I和III;13C-MFA显示Tan IIA降低了谷氨酰胺分解和TCA循环通量。
研究意义
本研究从谷氨酰胺代谢重编程的角度揭示了Tan IIA抗肺纤维化的新机制,为中药作用机制研究提供了基于13C-MFA的示范。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

验证谷氨酰胺在TGF-β1诱导的成纤维细胞增殖和胶原产生中的作用

确认谷氨酰胺对TGF-β1诱导的成纤维细胞增殖和胶原蛋白表达的必要性

在不同谷氨酰胺浓度(0、2、4 mM)下用TGF-β1(10 ng/mL)处理NIH-3T3细胞,通过显微镜观察细胞增殖,EdU实验检测增殖比率,Western blotting检测GLS1、纤连蛋白、弹性蛋白、胶原I、胶原III和α-SMA的表达,并用GLS1抑制剂CB-839处理检测其对胶原表达的影响。

2

验证Tan IIA对TGF-β1诱导的胶原产生和GLS1表达的抑制作用

评估Tan IIA能否抑制TGF-β1诱导的胶原合成并下调GLS1表达

用TGF-β1(10 ng/mL)诱导NIH-3T3和MRC-5细胞,同时给予Tan IIA(10 μM)或SFN(5 μM)处理,Western blotting检测胶原I和III;用免疫荧光检测GLS1表达;并与CB-839比较对GLS1、纤连蛋白、弹性蛋白、胶原I/III和α-SMA的影响。

3

基于[U-13C5]-谷氨酰胺的代谢物丰度和同位素示踪分析

检测Tan IIA对谷氨酰胺代谢途径中间产物丰度及其同位素标记的影响

使用GC-MS检测TGF-β1诱导的NIH-3T3细胞中糖酵解和TCA循环代谢物的相对丰度;用2 mM [U-13C5]-谷氨酰胺标记培养,通过GC-MS分析各代谢物的质量同位素分布(MID),包括谷氨酸、α-KG、富马酸、苹果酸、天冬氨酸、脯氨酸和柠檬酸。

4

测定细胞外谷氨酰胺消耗速率和谷氨酸分泌速率

定量Tan IIA对谷氨酰胺分解代谢的影响

在0 h和12 h收集培养基,用谷氨酰胺和谷氨酸检测试剂盒测定浓度,并计算消耗和分泌速率。

5

基于13C代谢通量分析(13C-MFA)的细胞内通量量化

定量Tan IIA对谷氨酰胺代谢网络通量的影响

将细胞外速率和质量同位素分布数据拟合到区室化代谢网络模型(INCA软件),确定谷氨酰胺分解、脯氨酸合成和TCA循环的绝对代谢通量。

6

验证Tan IIA对脯氨酸合成关键酶表达的抑制作用

确认Tan IIA是否下调脯氨酸合成途径关键酶的表达

用Western blotting和免疫荧光检测NIH-3T3和MRC-5细胞中P5CS、PYCR1和PSAT1的蛋白水平,并补充外源α-KG观察其对胶原表达的影响,以验证α-KG在胶原合成中的作用。

7

分子对接分析Tan IIA与关键酶的相互作用

预测Tan IIA与GLS1、PSAT1、P5CS、PYCR1的结合模式

从PDB数据库下载蛋白质晶体结构,使用CB-DOCK2软件进行分子对接,计算结合能,并可视化结合模式。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

细胞功能检测
蛋白表达检测
分子相互作用分析

产品清单

实验环节名称品牌货号
[U-13C5]-谷氨酰胺Shanghai Zhenzhun Biotechnology Co., Ltd.184161-19-1
丹参酮IIAShanghai Yuanye Biotechnology Co., Ltd568-72-9
L-苹果酸Shanghai Yuanye Biotechnology Co., Ltd--
富马酸Shanghai Yuanye Biotechnology Co., Ltd--
L-谷氨酸Shanghai Yuanye Biotechnology Co., Ltd--
柠檬酸Shanghai Yuanye Biotechnology Co., Ltd--
α-酮戊二酸Shanghai Yuanye Biotechnology Co., Ltd--
L-天冬氨酸Shanghai Yuanye Biotechnology Co., Ltd--
L-脯氨酸Shanghai Yuanye Biotechnology Co., Ltd--
转化生长因子-β1Shanghai Yisheng Biotechnology Co., Ltd--
胎牛血清Shanghai Yisheng Biotechnology Co., Ltd--
EdU成像试剂盒YEASEN--
CB-839MedChemExpress--
谷氨酰胺检测试剂盒Elabscience--
谷氨酸检测试剂盒Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute--
甲氧胺盐酸盐Sigma-Aldrich--
萝卜硫素Sigma-Aldrich--
MTBSTFA + 1% TBDMSACMEC--
DMEM培养基Thermo Fisher Scientific Inc.--
MEM培养基Thermo Fisher Scientific Inc.--
GlutaMAX™添加剂Thermo Fisher Scientific Inc.--
0.25%胰蛋白酶Thermo Fisher Scientific Inc.--
青霉素-链霉素溶液Beyotime Biotechnology--
RIPA裂解液Beyotime Biotechnology--
DAPIBeyotime Biotechnology--
Triton X-100Beyotime Biotechnology--
抗淬灭封片剂Beyotime Biotechnology--
磷酸盐缓冲液Wuhan Procell Life Technology Co., Ltd--
I型胶原抗体Proteintech14695-1-AP
III型胶原抗体Proteintech22734-1-AP
α-平滑肌肌动蛋白抗体Cell Signaling Technology#19245
PSAT1抗体Proteintech10501-1-AP
PYCR1抗体Proteintech13108-1-AP
P5CS抗体Proteintech17719-1-AP
GLS1抗体AbwaysCY5719
纤连蛋白抗体AbwaysCY9537
弹性蛋白抗体AbwaysCY8717
GAPDH抗体AbwaysAB0037
山羊抗兔IgG (H+L) HRPAbwaysAB0101
化学发光试剂盒----
Tanon-5200成像仪Tanon--
奥林巴斯IX53倒置荧光显微镜Olympus--
尼康Ts2R倒置荧光显微镜Nikon--
安捷伦8890气相色谱系统Agilent--
HP-5MS毛细管柱(30 m × 250 μm × 0.25 μm)Agilent J&W Scientific--
安捷伦7000D质谱仪Agilent--
GraphPad Prism 8.0GraphPad Software--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
细胞培养与处理
细胞系(NIH-3T3、MRC-5)来源和培养条件;TGF-β1浓度10 ng/mL;Tan IIA浓度5、10 μM;CB-839浓度2.5 μM;处理时间(如12、24 h);血清饥饿处理
阅读提示:Methods: Cell culture
Western blotting
抗体稀释比例、品牌和货号;蛋白上样量;内参蛋白(GAPDH)
阅读提示:Methods: Western blotting analysis; Figure legends
GC-MS代谢物分析
样品衍生化步骤(甲氧胺、MTBSTFA);GC-MS仪器参数(柱温程序、分流比、离子源温度);[U-13C5]-谷氨酰胺标记浓度2 mM和标记时间12 h
阅读提示:Methods: Labeled 13C-glutamine assay; Cell sample collection and preparation; GC–MS detection
代谢通量分析
细胞外速率测定方法;代谢网络模型和INCA软件参数;同位素标记数据获取与校正确认
阅读提示:Methods: Determination of external rates; Results: 13C-MFA部分; Supplementary Tables 1 and 2
分子对接
蛋白质结构PDB ID:GLS1 (8BSK)、PSAT1 (8A5V)、P5CS (2H5G)、PYCR1 (5UAU);软件CB-DOCK2;结合能阈值
阅读提示:Methods: Molecular docking; Supplementary Table 3