鉴定CD8+T细胞标记基因
利用scRNA-seq数据识别CD8+T细胞特异性标记基因。
对GSE176078数据集进行质量控制,保留76,292个细胞,通过聚类和注释鉴定细胞类型,并重聚类T细胞以识别CD8+T细胞标记基因。
Advanced machine learning unveils CD8 + T cell genetic markers enhancing prognosis and immunotherapy efficacy in breast cancer.
包括生物信息学分析(scRNA-seq、WGCNA、机器学习建模)和体外细胞实验(siRNA敲低、CCK-8、划痕实验),但没有动物模型或临床样本验证。
MDA-MB-231乳腺癌细胞系 GSE176078单细胞RNA测序数据集 GSE7390和GSE42568合并的主队列
CTRGPS模型基于CoxBoost和Enet (alpha=0.2)组合,平均C-index为0.669 CD8+T细胞标记基因通过scRNA-seq数据GSE176078鉴定,共20个样本 siRNA转染使用jetPRIME试剂,浓度未明确说明 CCK-8实验细胞接种密度为2×10^3细胞/孔 划痕实验在0小时和48小时成像
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
利用scRNA-seq数据识别CD8+T细胞特异性标记基因。
对GSE176078数据集进行质量控制,保留76,292个细胞,通过聚类和注释鉴定细胞类型,并重聚类T细胞以识别CD8+T细胞标记基因。
通过共识聚类和WGCNA确定与CD8+T细胞浸润相关的基因模块。
对主队列样本进行共识聚类(K=2),利用WGCNA(软阈值β=6)识别与CD8+T细胞浸润高度相关的模块,最终筛选出71个CTRGs。
利用10种机器学习算法构建预后签名并评估其性能。
对71个CTRGs进行单变量Cox回归筛选36个预后CTRGs,整合10种机器学习算法构建101个模型,选择平均C-index最高的模型(CoxBoost+Enet alpha=0.2)作为最优模型,并评估其预后价值。
分析CTRGPS的风险评分与临床特征的关系,并建立列线图模型。
通过Kaplan-Meier曲线、ROC曲线、单因素和多因素Cox回归分析验证CTRGPS的预后价值,并构建列线图模型,使用校准曲线和决策曲线分析评估其临床效用。
探索CTRGPS与肿瘤免疫微环境及药物敏感性的关联。
使用多种免疫浸润算法评估高低风险组的免疫细胞浸润差异,比较免疫调节分子表达,并通过GDSC数据库分析药物敏感性。
实验验证TTK对乳腺癌细胞增殖和迁移的影响。
在MDA-MB-231细胞中转染siRNA敲低TTK,通过Western blot验证敲低效率,然后进行CCK-8和划痕实验检测细胞活力和迁移能力。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Procell | -- |
| 胎牛血清 | Procell | -- | |
| 转染 | jetPRIME转染试剂 | Polyplus | -- |
| Western blot | 抗TTK抗体 | Proteintech | 10381-1-AP |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Proteintech | 66009-1-Ig | |
| HRP标记的山羊抗小鼠IgG | Diyibio | DY60203 | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG | Diyibio | DY60202 | |
| CCK-8实验 | CCK-8试剂盒 | Seven | -- |
| 酶标仪 | Bio-Rad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与转染 | MDA-MB-231细胞系来源(Procell);DMEM培养基含10% FBS和1%青霉素-链霉素;培养条件37°C,5% CO2;siRNA序列(补充表1);转染试剂jetPRIME;转染浓度和时间(48小时) 阅读提示:细胞培养和转染部分(Materials and methods) |
| Western blot | 一抗anti-TTK (1:1000)和anti-β-actin (1:5000);二抗HRP goat anti-mouse IgG (1:5000)和HRP goat anti-rabbit IgG (1:5000);蛋白上样量、SDS-PAGE浓度、封闭条件等 阅读提示:Western blot部分(Materials and methods) |
| CCK-8实验 | 细胞接种密度2×10^3细胞/孔;检测时间点(未明确,需确认) 阅读提示:CCK-8实验部分(Materials and methods) |
| 划痕实验 | 细胞接种密度(未明确);划痕后继续培养,0h和48h成像;培养基含2% FBS 阅读提示:划痕实验部分(Materials and methods) |