临床和生物信息学分析
评估NRF3在TNBC中的表达、预后相关性、富集通路和免疫浸润。
使用TCGA数据库进行表达和预后分析,进行GO/KEGG/GSEA富集分析,CIBERSORT免疫浸润分析,以及GSE176078单细胞数据分析。
NRF3 suppresses the malignant progression of TNBC by promoting M1 polarization of macrophages via ROS/HMGB1 axis.
包含体外细胞功能实验、分子机制验证(ChIP、双荧光素酶、ELISA)、体内异种移植模型及免疫组化等,且具有功能获得和功能丧失验证。
MDA-MB-468细胞系 Hs578t细胞系 裸鼠异种移植瘤模型 TCGA TNBC样本 GSE176078单细胞数据
NRF3过表达和HMGB1敲低的慢病毒构建及效率验证 ROS抑制剂NAC处理条件 M1巨噬细胞极化检测(CD86) 异种移植模型中细胞注射数量(8×10^6) 统计显著性阈值(p<0.05)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估NRF3在TNBC中的表达、预后相关性、富集通路和免疫浸润。
使用TCGA数据库进行表达和预后分析,进行GO/KEGG/GSEA富集分析,CIBERSORT免疫浸润分析,以及GSE176078单细胞数据分析。
验证NRF3对TNBC细胞恶性表型的影响。
在MDA-MB-468和Hs578t细胞中过表达NRF3,检测增殖、迁移、侵袭、克隆形成和凋亡。
探究NRF3是否通过调控ROS和MAPK/ERK通路抑制TNBC进展。
检测NRF3过表达后ROS水平、MAPK/ERK通路蛋白表达及抗氧化应激基因表达,并使用NAC(ROS抑制剂)进行拯救实验,以及验证NRF3对NQO1的调控。
验证NRF3通过HMGB1促进巨噬细胞M1极化。
收集NRF3过表达TNBC细胞的条件培养基处理巨噬细胞,检测M1极化标志物CD86,并用ROS抑制剂或HMGB1敲低进行拯救实验。
验证NRF3通过HMGB1抑制TNBC肿瘤生长。
构建NRF3过表达、HMGB1敲低的稳定Hs578t细胞系,注射到裸鼠皮下,监测肿瘤生长和重量,并通过IHC、TUNEL和IF检测p-ERK、Ki67、凋亡和CD86。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | Leibovitz's L-15培养基 | Pricella | PM151010 |
| DMEM培养基 | Pricella | PM150210 | |
| 胎牛血清 | Invitrogen | 15070063 | |
| 青霉素-链霉素 | Procell | PB180120 | |
| 培养箱 | Thermo | 311 | |
| Western blotting | BCA蛋白定量试剂盒 | Takara | T9300A |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| 牛血清白蛋白 | Solarbio | A8020 | |
| 增强化学发光试剂 | Thermo | 20148 | |
| NRF3抗体 | Proteintech | 17745-1-AP | |
| E-钙黏蛋白抗体 | Santa Cruz | sc-8426 | |
| N-钙黏蛋白抗体 | Santa Cruz | sc-5987 | |
| 波形蛋白抗体 | Abclonal | A19607 | |
| MMP2抗体 | CST | 4022 | |
| MMP9抗体 | Proteintech | 10375-2-AP | |
| ERK抗体 | Proteintech | 51068-1-AP | |
| MEK抗体 | Proteintech | 11049-1-AP | |
| HMGB1抗体 | Proteintech | 10829-1-AP | |
| β-肌动蛋白抗体 | CST | 4970 | |
| 免疫组织化学 | Ki67抗体 | Santa Cruz | sc-376764 |
| qRT-PCR | Trizol试剂 | Ambion | 15596018 |
| cDNA合成试剂盒 | Takara | 6210A | |
| ABI-7500实时荧光定量PCR仪 | Thermo Fisher | 4351106 | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | 11668019 |
| 嘌呤霉素 | Thermo Fisher | A1113802 | |
| Opti-MEM培养基 | Gibco | 31985070 | |
| MTT实验 | MTT试剂 | Beyotime | C0009S |
| 二甲基亚砜 | -- | -- | |
| 酶标仪 | Molecular Device | -- | |
| Transwell实验 | Transwell小室 | Millipore | CLS3396 |
| 结晶紫 | -- | -- | |
| 基质胶 | Corning | 354234 | |
| 显微镜 | Olympus | IX73 | |
| 流式细胞术 | Annexin V-FITC/7-AAD凋亡检测试剂盒 | Procell | p-CA-202 |
| 流式细胞仪 | Invitrogen | Attune NxT | |
| ROS检测 | ROS检测试剂盒 | Beyotime | S0033S |
| 免疫荧光 | 倒置荧光显微镜 | OLYMPUS | CKX53 |
| CD86抗体 | CST | 91882T | |
| F4/80抗体 | Thermo Fisher | 14-4801-82 | |
| 抗小鼠IgG(HRP连接)抗体 | CST | 7076V | |
| DAPI染色液 | Servicebio | G1012 | |
| 自发荧光淬灭剂 | Servicebio | G1221 | |
| 抗荧光淬灭剂 | Servicebio | G1401 | |
| ELISA | ELISA检测试剂盒 | MEIMIAN | 12907 |
| 双荧光素酶报告 | 双荧光素酶报告实验试剂盒 | Promega | E1910 |
| 染色质免疫沉淀 | CHIP-Seq高灵敏度试剂盒 | Abcam | ab185908 |
| DNA纯化试剂盒 | Omega | D6296-01 | |
| 动物实验 | 裸鼠 | Slaccas | -- |
| 卡尺 | SYNTEK | SY-119-200 | |
| TUNEL实验 | TUNEL细胞凋亡检测试剂盒 | Abcam | ab66110 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养条件 | MDA-MB-468使用L-15培养基,Hs578t使用DMEM,均含10%FBS和1%双抗;培养条件为37°C、5%CO2。 阅读提示:参见Materials and Methods 2.2节 |
| 基因过表达和敲低 | 使用慢病毒或瞬时转染;NRF3过表达和HMGB1敲低的序列和载体信息需核对。 阅读提示:参见Materials and Methods 2.5节 |
| 体外功能实验 | MTT实验中细胞密度、Transwell中细胞数和时间、集落形成中细胞数和培养时间。 阅读提示:参见Materials and Methods 2.6-2.9节 |
| ROS和HMGB1检测 | ROS检测使用DCFH-DA探针;HMGB1释放用ELISA;IF检测细胞内HMGB1。 阅读提示:参见Materials and Methods 2.9-2.11节 |
| 巨噬细胞极化实验 | 使用CD86和F4/80抗体共染,检测M1极化;需确认巨噬细胞培养和处理条件。 阅读提示:参见Materials and Methods 2.10节和结果3.4节 |
| 体内异种移植模型 | 使用4周龄裸鼠,皮下注射8×10^6细胞;肿瘤体积达1500mm^3时处死;每组动物数量n=6(肿瘤体积和重量)和n=3(分子检测)。 阅读提示:参见Materials and Methods 2.14节 |