建立MCAO大鼠模型和OGD/R细胞模型
模拟脑缺血/再灌注损伤,评估模型特征
采用线栓法建立右侧大脑中动脉闭塞/再灌注模型;SH-SY5Y细胞经氧糖剥夺/复氧处理。
METTL3 mediates m6A modification of lncRNA CRNDE to promote ATG10 expression and improve brain ischemia/reperfusion injury through YTHDC1.
包含MCAO大鼠模型和SH-SY5Y细胞OGD/R模型,进行了功能验证(凋亡、炎症、自噬)、机制验证(RIP、MeRIP、RNA稳定性)及体内外一致性验证。
MCAO大鼠模型 SH-SY5Y细胞OGD/R模型
MCAO大鼠:SD大鼠,24只,随机分为Sham、MCAO、sh-NC、sh-lncRNA CRNDE组,每组6只 SH-SY5Y细胞OGD/R:缺氧阶段DPBS处理,37°C,0% O2,5% CO2,5小时;复氧阶段DMEM正常培养37°C,5% CO2,95%空气,24小时 慢病毒处理:尾静脉注射1×10^8 TU/mL慢病毒颗粒,术前一周 质粒转染:使用Lipofectamine™ 2000试剂盒,按照制造商说明 统计:双组比较采用非配对Student's t检验,多组比较采用单因素方差分析及Tukey事后检验,P<0.05为显著
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
模拟脑缺血/再灌注损伤,评估模型特征
采用线栓法建立右侧大脑中动脉闭塞/再灌注模型;SH-SY5Y细胞经氧糖剥夺/复氧处理。
评估MCAO和OGD/R条件下m6A修饰水平及关键因子变化
通过MeRIP检测m6A水平及lncRNA CRNDE的m6A修饰;通过qRT-PCR和Western blot检测lncRNA CRNDE、自噬相关基因和METTL3表达;行为学、TTC、HE、TUNEL评估损伤。
探究lncRNA CRNDE对OGD/R诱导的细胞凋亡、炎症和自噬的影响
在OGD/R处理的SH-SY5Y细胞中转染sh-lncRNA CRNDE,检测凋亡率、炎症因子水平和自噬标志物。
确定lncRNA CRNDE与YTHDC1结合并调控ATG10表达
RNA pull-down、RIP、qRT-PCR、Western blot及放线菌素D处理检测ATG10 mRNA稳定性。
验证METTL3介导lncRNA CRNDE的m6A修饰及其对凋亡、炎症和自噬的作用
在OGD/R处理的SH-SY5Y细胞中转染oe-METTL3或联合oe-CRNDE,检测m6A水平、lncRNA CRNDE表达、凋亡、炎症和自噬。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | SH-SY5Y细胞 | Pricella | CM-0208 |
| 细胞转染 | Lipofectamine™ 2000 | ThermoFisher | 11668500 |
| TTC染色 | 2,3,5-三苯基氯化四氮唑 | Sigma | -- |
| HE染色 | 苏木素 | Abiowell | AWI0009a |
| 伊红 | Abiowell | AWI0029a | |
| 磷酸盐缓冲液 | Abiowell | AWC0217 | |
| TUNEL | 蛋白酶K | aladdin | 39450-01-6 |
| DAPI | Abiowell | AWC0292 | |
| TEM | 环氧丙烷 | Meryer | M25514 |
| 透射电子显微镜 | JEOL | JEM1400 | |
| qRT-PCR | UltraSYBR Mixture | CWBIO | CW2601 |
| QuantStudio1 | ABI | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液试剂盒 | Solarbio | r0010 |
| 抗ATG10抗体 | Abcam | ab124711 | |
| 抗LC3抗体 | Proteintech | 14600-1-AP | |
| 抗Beclin1抗体 | Proteintech | 11306-1-AP | |
| 抗p62抗体 | Proteintech | 66184-1-Ig | |
| 抗Bax抗体 | Proteintech | 60178-1-Ig | |
| 抗Caspase-3抗体 | CST | 9664 | |
| 抗Bcl-2抗体 | Abcam | ab13867 | |
| 抗METTL3抗体 | Abcam | ab195352 | |
| 抗YTHDC1抗体 | Abcam | ab259990 | |
| ECL化学发光液 | Advansta | K-12045-D50 | |
| ChemiScope 6100 | Qinxiang | -- | |
| 流式细胞术 | Annexin V-FITC | KeyGen | KGA108 |
| 结合缓冲液 | Aladdin | A377916 | |
| 碘化丙啶 | -- | -- | |
| 流式细胞仪 | Beckman | A00-1-1102 | |
| ELISA | TNF-α ELISA试剂盒 | Wuhan Huamei Biotechnology | CSB-E04740h |
| IL-1β ELISA试剂盒 | Wuhan Huamei Biotechnology | CSB-E08053h | |
| IL-6 ELISA试剂盒 | Wuhan Huamei Biotechnology | CSB-E04638h | |
| IL-10 ELISA试剂盒 | Wuhan Huamei Biotechnology | CSB-E04593h | |
| 酶标仪 | HEALES | MB-530 | |
| RIP | 正常IgG | Proteintech | 30000-0-AP |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| MCAO模型 | 大鼠品系、性别、年龄、体重、分组和样本量;线栓法细节;神经功能评分时间 阅读提示:Materials and methods:Middle cerebral artery occlusion (MCAO) modeling |
| 细胞培养与OGD/R | 细胞系、来源和货号;OGD/R条件(缺氧时间、复氧时间、培养基);转染质粒和转染试剂 阅读提示:Materials and methods:Cell culture |
| 分子表达检测 | qRT-PCR引物序列;Western blot抗体信息(稀释度、货号);内参基因 阅读提示:Materials and methods:qRT-PCR和Western blot;Table 1 |
| 机制验证 | RIP和MeRIP实验的具体步骤;RNA稳定性实验的放线菌素D浓度和时间点 阅读提示:Materials and methods:RNA binding protein immunoprecipitation (RIP-qPCR)和Methylated RNA immunoprecipitation (MeRIP);Results:lncRNA CRNDE interacts with YTHDC1 to promote ATG10 expression |
| 体内功能验证 | 慢病毒注射时间、剂量和途径;行为学测试条件;TTC、HE、TUNEL染色步骤 阅读提示:Materials and methods:MCAO建模、Morris water maze、TTC staining assay、HE staining和TUNEL |