生信筛选与临床样本验证
识别 HCC 中异常表达的转录因子及其靶基因,并验证其在临床样本中的表达。
利用 GEO 数据集(GSE87410、GSE105130)和 HumanTFDB 进行差异基因与转录因子交集分析,通过 KEGG 富集和热图筛选出 TLX1;在 31 对 HCC 及癌旁组织中通过 RT-qPCR 和免疫组化验证 TLX1、TRAPPC9、ZFP69B 的表达。
Overexpression of ZFP69B promotes hepatocellular carcinoma growth by upregulating the expression of TLX1 and TRAPPC9.
HCC 患者组织样本(31 对) Huh-7、MHCC97H、HepG2、SNU-398 人 HCC 细胞系 THLE-2 人正常肝细胞系 BALB/c 裸鼠皮下移植瘤模型
TLX1 敲低对 HCC 细胞增殖、迁移、侵袭的影响(CCK-8、伤口愈合、Transwell) TLX1 与 TRAPPC9 启动子结合及对 TRAPPC9 表达的调控(ChIP、EMSA、荧光素酶报告基因) ZFP69B 与 TLX1 启动子结合及对 TLX1 表达的调控(ChIP、荧光素酶报告基因) ZFP69B 敲低对 HCC 细胞增殖、迁移、侵袭及凋亡的影响(CCK-8、Transwell、流式) ZFP69B 敲低对裸鼠移植瘤生长的影响(肿瘤体积和重量)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别 HCC 中异常表达的转录因子及其靶基因,并验证其在临床样本中的表达。
利用 GEO 数据集(GSE87410、GSE105130)和 HumanTFDB 进行差异基因与转录因子交集分析,通过 KEGG 富集和热图筛选出 TLX1;在 31 对 HCC 及癌旁组织中通过 RT-qPCR 和免疫组化验证 TLX1、TRAPPC9、ZFP69B 的表达。
验证 TLX1 在 HCC 细胞恶性行为中的作用。
在 Huh-7、MHCC97H 细胞中敲低 TLX1(sh-TLX1),并通过 RT-qPCR 验证敲低效率,采用 CCK-8、伤口愈合、Transwell 实验检测增殖、迁移和侵袭能力。
验证 TLX1 是否直接结合并调控 TRAPPC9 的表达。
通过 hTFtarget 和 GEO 差异基因交集筛选出 TRAPPC9;在 HCC 细胞中进行 ChIP、EMSA、荧光素酶报告基因实验验证 TLX1 与 TRAPPC9 启动子的结合,并通过 RT-qPCR 检测 oe-TLX1 或敲低 TLX1 对 TRAPPC9 mRNA 表达的影响。
验证 TLX1 促进 HCC 恶性行为是否依赖于 TRAPPC9。
在 sh-TLX1 背景下过表达 TRAPPC9(oe-TRAPPC9),检测细胞增殖、克隆形成、凋亡及 NF-κB 通路蛋白表达。
验证 ZFP69B 是否作为转录因子直接调控 TLX1 表达。
通过 GeneCards 预测和 GEO 差异分析筛选出 ZFP69B;在 HCC 细胞中进行 ChIP 和荧光素酶报告基因实验验证 ZFP69B 与 TLX1 启动子结合,并通过 sh-ZFP69B 检测 TLX1 mRNA 表达变化。
验证 ZFP69B 促进 HCC 进展是否依赖于 TLX1/TRAPPC9 轴。
在 HCC 细胞中敲低 ZFP69B(sh-ZFP69B)并联合过表达 TLX1(oe-TLX1),检测细胞增殖、迁移、侵袭、凋亡及通路蛋白表达;并在裸鼠皮下移植瘤模型中观察肿瘤生长。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组织化学 | 抗 TLX1 抗体 | Abcam | ab191270 |
| 抗 TRAPPC9 抗体 | Thermo Fisher Scientific | PA5-106442 | |
| 抗 ZFP69B 抗体 | Thermo Fisher Scientific | PA5-60667 | |
| 山羊抗兔 IgG 二抗 | GeneTex | GTX213110-01 | |
| 细胞培养 | DMEM 培养基 | BeNa | BNCC338068 |
| RPMI-1640 培养基 | Sunncell | SNLM-517 | |
| 胎牛血清 | BeNa | BNCC338068 | |
| 嘌呤霉素 | Thermo Fisher Scientific | A1113803 | |
| 细胞活力检测 | CCK-8 试剂盒 | Beyotime | C0037 |
| Transwell 侵袭实验 | Transwell 板 | Merck Millipore | CLS3374-2EA |
| Matrigel 基质胶 | Beijing Solarbio | 356234 | |
| 流式细胞凋亡检测 | Annexin V-FITC 凋亡检测试剂盒 | Merck | -- |
| 染色质免疫沉淀 (ChIP) | ChIP 试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 26156 |
| 抗 ZFP69B 抗体 | Cusabio | -- | |
| 抗 TLX1 抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-12760X | |
| IgG 抗体 | Abcam | ab172730 | |
| 双荧光素酶报告基因实验 | pGL4.20 载体 | Promega | -- |
| 荧光素酶检测试剂盒 | Beyotime | RG005 | |
| 凝胶迁移实验 (EMSA) | LightShift 化学发光 EMSA 试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 20148 |
| RT-qPCR | TRIzol 试剂 | Thermo Fisher Scientific | 15596026 |
| RevertAid RT 试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | K1691 | |
| Fast SYBR | Thermo Fisher Scientific | 4385610 | |
| Western blot | p-P65 抗体 | Abcam | ab76302 |
| Bcl-2 抗体 | Abcam | ab182858 | |
| Cyclin D1 抗体 | Thermo Fisher Scientific | MA5-16356 | |
| β-actin 抗体 | GeneTex | GTX110564 | |
| HRP 偶联的山羊抗兔 IgG | GeneTex | GTX213110-01 | |
| 动物实验 | BALB/c 裸鼠 | Vital River | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 患者样本收集 | HCC 及配对癌旁组织共 31 对,患者年龄、性别、肿瘤大小、TNM 分期 阅读提示:Materials and methods 中的 Patients and specimens |
| 细胞培养与感染 | 细胞系(Huh-7, MHCC97H, HepG2, SNU-398, THLE-2),培养基(DMEM 或 RPMI-1640),FBS 浓度,感染时间(24 h),嘌呤霉素筛选浓度(2.5 µg/mL) 阅读提示:Materials and methods 中的 Cell culture and infection |
| TLX1 敲低实验 | sh-TLX1 序列,细胞系,对照(sh-NC),检测时间点(24、48、72、96 h) 阅读提示:Figure 2 legend 和 Materials and methods 中的 Cell viability assay 和 Wound healing assay |
| ChIP 实验 | 抗体(anti-TLX1, anti-ZFP69B, IgG),细胞系(MHCC97H, Huh-7),甲醛处理时间、超声片段大小 阅读提示:Materials and methods 中的 Chromatin immunoprecipitation (ChIP) assay |
| 荧光素酶报告实验 | 报告基因载体(pGL4.20),转染质粒(oe-TLX1 或 sh-ZFP69B),检测时间(24 h) 阅读提示:Materials and methods 中的 Dual-luciferase reporter assay |
| 体内移植瘤实验 | 小鼠品系(BALB/c 裸鼠),性别(雄性)、周龄(6 周),细胞系(Huh-7),注射细胞数(2×10^6),观察时间(15 天) 阅读提示:Materials and methods 中的 In vivo tumor model |