临床样本和组织芯片分析NAT10表达与临床病理相关性
评估NAT10在ICC组织中的表达水平及其与临床病理特征的关系。
使用包含90例CCA和31例小叶间胆管组织的组织微阵列进行免疫组化染色,分析NAT10表达与临床病理参数的相关性。
N-acetyltransferase 10 affects the proliferation of intrahepatic cholangiocarcinoma and M2-type polarization of macrophages by regulating C-C motif chemokine ligand 2.
包含体外细胞功能实验、体内异种移植瘤模型、临床组织芯片分析、转录组测序、RIP-qPCR、共免疫沉淀、共培养、分子对接及SPR等多层级验证。
ICC细胞系RBE和HuCCT1 小鼠巨噬细胞RAW264.7 BALB/c裸鼠皮下异种移植瘤模型 包含90例CCA和31例小叶间胆管组织的组织微阵列
NAT10敲低/过表达慢病毒构建及验证 CCL2敲低/过表达慢病毒构建及验证 BBR处理浓度(RBE 80和160 µM,HuCCT1 10和20 µM)及时间48小时 体内实验小鼠品系、年龄、性别及每组数量(雄性BALB/c裸鼠,4-5周龄,每组6只)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估NAT10在ICC组织中的表达水平及其与临床病理特征的关系。
使用包含90例CCA和31例小叶间胆管组织的组织微阵列进行免疫组化染色,分析NAT10表达与临床病理参数的相关性。
检测NAT10敲低或过表达对ICC细胞增殖能力的影响。
构建NAT10敲低和过表达的RBE和HuCCT1细胞系,通过CCK-8、实时细胞成像和集落形成实验检测细胞增殖。
评估NAT10敲低对ICC皮下肿瘤生长的影响。
将HuCCT1-shNC、HuCCT1-shNAT10#1和HuCCT1-shCCL2细胞皮下注射到裸鼠侧腹,定期测量肿瘤体积,实验结束后称重并进行组织学分析。
鉴定NAT10的下游靶分子并验证NAT10与CCL2 mRNA的结合。
对NAT10敲低的RBE细胞进行ONT全长转录组测序,筛选差异表达基因;并通过RIP-qPCR和共免疫沉淀验证NAT10与CCL2 mRNA的相互作用。
验证CCL2是否为NAT10促进ICC增殖所必需。
构建CCL2敲低细胞系,进行CCK-8、实时细胞成像和集落形成实验;同时通过在NAT10敲低细胞中过表达CCL2进行回复实验。
研究ICC细胞是否通过NAT10/CCL2轴诱导巨噬细胞M2型极化。
将RAW264.7细胞与ICC细胞共培养(或使用ICC细胞条件培养基),通过qRT-PCR检测iNOS和Arg-1,通过流式细胞术检测CD86和CD206表达;并在体内肿瘤组织中进行免疫荧光检测。
验证BBR是否能结合并抑制CCL2,从而抑制ICC细胞增殖。
通过分子对接预测BBR与CCL2的结合,RNA测序分析BBR处理后基因表达变化,SPR验证BBR与CCL2的特异性结合,并通过CCK-8、实时细胞成像、流式细胞术检测BBR对ICC细胞增殖、周期和凋亡的影响。
评估BBR在体内对ICC肿瘤生长和巨噬细胞极化的影响。
将HuCCT1细胞皮下注射到裸鼠,待肿瘤约5 mm³后随机分为两组(n=6),口服给予BBR(50 mg/kg/天)或含DMSO的无菌水,持续18天,测量肿瘤体积和重量,并进行免疫组化和免疫荧光分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Hyclone | -- |
| 胎牛血清 | Biosharp | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Biosharp | -- | |
| RAW264.7专用培养基 | Procell | CM-0190 | |
| 慢病毒构建及筛选 | 嘌呤霉素 | MCE | HY-B1743A |
| RNA提取与qRT-PCR | Trizol试剂 | Invitrogen | 15596026CN |
| 逆转录 | PrimeScript RT预混液 | Takara | RR036A |
| qRT-PCR | TB Green Premix Ex Taq II | Takara | RR820A |
| Western blot | RIPA裂解液 | Cell Signaling Technology | 9806 |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Absin | abs9232 |
| Western blot | SDS-PAGE凝胶 | CWBIO | CW0022M |
| PVDF膜 | Boster | AR1152-10 | |
| 含0.1% Tween 20的Tris缓冲盐溶液 | Boster | AR0195-10 | |
| 增强化学发光检测试剂 | Boster | AR1197 | |
| 细胞增殖检测 | 细胞增殖检测试剂盒 | APExBIO | K1018 |
| 实时细胞成像 | Cytation 1成像系统 | BioTek | -- |
| 集落形成实验 | 结晶紫 | Solarbio | G1063 |
| 免疫组化 | 抗NAT10抗体 | Abcam | ab194297 |
| 抗CCL2抗体 | Proteintech | 25542-1-AP | |
| 免疫荧光 | 抗F4/80抗体 | Proteintech | 28463-1-AP |
| 抗CD86抗体 | Proteintech | 13395-1-AP | |
| 抗CD163抗体 | Abcam | ab182422 | |
| RIP-qPCR | Imprint® RNA免疫沉淀试剂盒 | Merck Millipore | SAB4200085 |
| ELISA | CCL2 ELISA试剂盒 | Elabscience | E-EL-H6005 |
| 酶标仪 | BioTek | synergy | |
| 分子对接 | AutoDock Vina | -- | -- |
| PyMOL | -- | -- | |
| RNA测序 | Illumina Novaseq 6000 | Illumina | -- |
| SPR | Biacore T20 | GE Healthcare | -- |
| CM5芯片 | GE Healthcare | -- | |
| 药物处理 | 小檗碱 | MCE | HY-17577 |
| 流式细胞术 | 细胞周期试剂盒 | Beyotime | C1052 |
| 凋亡试剂盒 | Elabscience | E-CK-A211 | |
| Agilent流式细胞仪 | Agilent | -- | |
| CD86抗体 | Invitrogen | 12-0862-82 | |
| CD206抗体 | Invitrogen | 17-2061-80 | |
| 动物实验 | 二甲亚砜 | Solarbio | D8371 |
| Western blot | 抗NAT10抗体(WB) | Abcam | ab194297 |
| 抗CCL2抗体(WB) | Abcam | ab214819 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基成分、培养条件(37°C,5% CO2) 阅读提示:Materials and methods - Cholangiocarcinoma (CCA) specimens and cell lines |
| 慢病毒构建及筛选 | 慢病毒载体、嘌呤霉素浓度(2 µg/mL)及筛选时间(至少1周) 阅读提示:Materials and methods - Construction of stable knockdown and overexpressing cell lines |
| 体外增殖实验 | 细胞接种密度、检测时间点、CCK-8试剂盒、实时成像参数 阅读提示:Materials and methods - Cell proliferation, live-cell imaging, and colony formation assays |
| 动物实验(NAT10/CCL2) | 小鼠品系、年龄、性别、细胞注射数量、每组数量、肿瘤体积测量频率 阅读提示:Materials and methods - Animal studies |
| 转录组测序(ONT) | 测序平台、差异表达筛选阈值(fold change≥1.5,P<0.05) 阅读提示:Materials and methods - Oxford Nanopore Technologies full-length transcriptome sequencing |
| RIP-qPCR | 抗体用量、裂解液、洗涤步骤 阅读提示:Materials and methods - RNA immunoprecipitation-quantitative polymerase chain reaction |
| COIP | 抗体、裂解条件、洗涤次数 阅读提示:Materials and methods - Coimmunoprecipitation assay |
| 巨噬细胞极化实验 | 共培养时间(24h)、细胞比例、检测指标(CD86/CD206) 阅读提示:Materials and methods - Flow cytometry; Results - NAT10 polarizes macrophages... |
| BBR体外处理 | BBR浓度(RBE 80/160 µM,HuCCT1 10/20 µM)、处理时间(48h)、对照(DMSO) 阅读提示:Materials and methods - Toxicity testing; Results - Antitumor effects of BBR on ICC in vitro |
| 动物实验(BBR) | BBR给药剂量(50 mg/kg/天)、给药方式(口服)、给药时间(18天)、肿瘤起始体积(约5 mm³) 阅读提示:Materials and methods - Antitumor effect of BBR in vivo |