体外药物筛选及药效评估
比较多种局部麻醉剂对黑色素瘤细胞活性的抑制效果,确证TTC的抗增殖能力。
用CCK-8法检测不同浓度的丁卡因、普鲁卡因、利多卡因、布比卡因、罗哌卡因处理B16和A375细胞24小时后的细胞活力,并用克隆形成实验评估。
Neddylation signaling inactivation by tetracaine hydrochloride suppresses cell proliferation and alleviates vemurafenib-resistance of melanoma.
包含体外细胞实验(CCK-8、克隆形成、Western blot、Co-IP、RNA-seq)、体内小鼠皮下瘤模型(药效评估)及耐药细胞模型和质谱分析,涉及功能与机制验证。
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较多种局部麻醉剂对黑色素瘤细胞活性的抑制效果,确证TTC的抗增殖能力。
用CCK-8法检测不同浓度的丁卡因、普鲁卡因、利多卡因、布比卡因、罗哌卡因处理B16和A375细胞24小时后的细胞活力,并用克隆形成实验评估。
探究TTC处理对黑色素瘤细胞基因表达的影响及富集通路。
A375细胞用400 μM TTC处理24小时后提取RNA进行RNA测序,分析差异表达基因并进行KEGG和GSEA富集分析,发现溶酶体、cullin结合及蛋白酶体通路富集。
明确类泛素化信号在黑色素瘤组织及细胞中是否异常激活。
通过免疫组化检测黑色素瘤组织芯片中NEDD8表达,并用Western blot检测黑色素瘤细胞系与正常黑素细胞中NEDD8偶联蛋白水平。
验证TTC是否抑制类泛素化信号通路及其关键酶的变化。
用不同浓度TTC处理黑色素瘤细胞,检测NEDD8偶联蛋白、cullin1类泛素化水平及NAE1、UBA3、UBC12表达;同时体内实验中给予TTC或MLN4924评估肿瘤生长。
通过激活类泛素化通路验证TTC的作用是否依赖于类泛素化抑制。
构建稳定过表达NEDD8的B16细胞系,比较其与对照细胞在TTC处理下的细胞活力、克隆形成能力及体内肿瘤生长,并检测相关蛋白表达。
阐明TTC调控Survivin的机制,即是否通过影响其类泛素化降低其稳定性。
用TTC处理细胞检测Survivin蛋白和mRNA表达,用CHX追踪蛋白降解,用MG132抑制蛋白酶体,并用Co-IP验证Survivin与NEDD8的相互作用。
验证TTC在体内抑制黑色素瘤生长的效果及机制。
建立B16细胞皮下移植瘤模型,给予TTC或MLN4924处理,记录肿瘤重量,并通过Western blot检测肿瘤组织中NEDD8偶联蛋白和Survivin水平。
探究类泛素化激活与维莫非尼耐药的关系,并评估TTC单独或联合维莫非尼的疗效。
建立A375R细胞,检测其类泛素化水平,通过免疫沉淀和质谱鉴定潜在底物;用CCK-8检测TTC、维莫非尼及联合处理的细胞活力,并用Western blot检测通路蛋白变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Hyclone | -- |
| DMEM培养基 | Hyclone | -- | |
| 抗生素 | Beyotime | -- | |
| 胎牛血清 | PEAK SERUM | -- | |
| 药物处理 | 维莫非尼 | MCE | -- |
| 免疫组化 | 抗原修复液 | Beyotime | -- |
| NEDD8抗体 | Cell Signaling Technology | 2754 | |
| Western blot | β-actin抗体 | Cell Signaling Technology | 4967 |
| NEDD8抗体 | Cell Signaling Technology | 2754 | |
| NAE1抗体 | Cell Signaling Technology | 14321 | |
| UBA3抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-377272 | |
| UBC12抗体 | proteintech | 14520-1-AP | |
| cullin1抗体 | Zen-Bioscience | R24008 | |
| Survivin抗体 | Zen-Bioscience | R381056 | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| 免疫沉淀 | pcDNA3.1-Flag载体 | -- | -- |
| 蛋白A/G磁珠 | Beyotime | P2108 | |
| 慢病毒包装 | pLVX-DsRed-Monomer-N1质粒 | -- | -- |
| pCMV-VSV-G包装质粒 | Addgene | 8454 | |
| pCMV-dR8.2 dvpr包装质粒 | Addgene | 8455 | |
| Effectene转染试剂 | Qiagen | 301427 | |
| 慢病毒筛选 | 嘌呤霉素 | Beyotime | ST551 |
| 质谱分析 | 银染试剂盒 | Beyotime | P0017S |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与耐药株建立 | 细胞系来源(B16, A375, A2058, SK-MEL-28, NHEM);A375R建立时维莫非尼浓度递增方案(0.1-2.0 μM)及处理时间(超过3个月);培养基(RPMI-1640/DMEM)及添加物(10%FBS、1%抗生素)。 阅读提示:Materials and methods - Cell culture;Fig. 8B注释 |
| 药物处理 | TTC浓度(200或400 μM)及处理时间(24小时);MLN4924浓度(0.1 μM)及处理时间(24小时);体内给药剂量(TTC 10 mg/kg, MLN4924 30 mg/kg)及给药方式(腹腔注射)和频率(每日一次,共7天)。 阅读提示:Materials and methods - Western blot and qRT-PCR;Materials and methods - Establishment of melanoma subcutaneous tumor model |
| NEDD8过表达 | 慢病毒包装质粒(pLVX-NEDD8, pCMV-VSV-G, pCMV-dR8.2 dvpr)及转染试剂;嘌呤霉素筛选浓度(2 µg/mL)和筛选时间(7天)。 阅读提示:Materials and methods - Lentiviral-mediated NEDD8 overexpression |
| 蛋白稳定性检测 | CHX和MG132的浓度及处理时间;TTC处理浓度(200或400 μM);蛋白提取和Western blot条件。 阅读提示:Materials and methods - Western blot and qRT-PCR;Fig. 6D-H |
| 免疫共沉淀/质谱 | 转染质粒(pcDNA3.1-survivin-Flag)及转染时间(48小时);抗体(NEDD8)和磁珠(protein A/G magnetic beads);质谱分析的具体步骤。 阅读提示:Materials and methods - Immunoprecipitation;Materials and methods - Mass spectrometry |