临床数据分析
探究INHBA在多种癌症中的表达及其与预后的关系。
利用TCGA数据库和GEPIA软件分析33种癌症类型中INHBA表达差异及生存相关性,并利用TIMER 2.0分析免疫细胞浸润相关性。
INHBA promotes tumor growth and induces resistance to PD-L1 blockade by suppressing IFN-γ signaling.
高
小鼠结肠癌CT26细胞皮下移植瘤模型 小鼠黑色素瘤B16细胞皮下移植瘤模型 小鼠乳腺癌4T1细胞皮下移植瘤模型 小鼠结直肠癌MC38细胞皮下移植瘤模型
肿瘤细胞中INHBA过表达或敲低对肿瘤生长的影响(CT26、MC38、B16、4T1模型) 抗PD-L1抗体(atezolizumab)治疗对肿瘤生长和T细胞浸润的影响(剂量150 μg/dose,每3天一次) IFN-γ信号通路关键分子(p-STAT1、PD-L1、CXCL9、CXCL10)的表达变化 IFNGR1表达在INHBA过表达或敲低时的变化 garetosmab(抗激活素A抗体)单独或联合atezolizumab对肿瘤生长的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究INHBA在多种癌症中的表达及其与预后的关系。
利用TCGA数据库和GEPIA软件分析33种癌症类型中INHBA表达差异及生存相关性,并利用TIMER 2.0分析免疫细胞浸润相关性。
检测INHBA对肿瘤细胞体外生长的影响。
对CT26等细胞进行INHBA过表达或敲低,利用CCK-8试剂盒检测细胞增殖。
验证INHBA对肿瘤生长的影响是否依赖T细胞。
将INHBA过表达或敲低的CT26、MC38、B16、4T1细胞皮下注射至免疫正常小鼠或裸鼠,观察肿瘤生长并分析免疫细胞浸润。
确定CD4+和CD8+ T细胞在INHBA介导的肿瘤进展中的作用。
用抗CD4和抗CD8α抗体清除免疫细胞,观察对肿瘤生长的影响。
检测INHBA对PD-L1阻断治疗效果的影响。
对荷瘤小鼠给予atezolizumab(抗PD-L1抗体)治疗,评估肿瘤生长和T细胞浸润。
探索INHBA影响肿瘤免疫的分子通路。
对肿瘤组织和TIL进行RNA-seq,分析差异表达基因和信号通路富集,重点关注IFN-γ信号通路。
验证INHBA对IFN-γ信号通路的影响。
用IFN-γ刺激对照或INHBA过表达肿瘤细胞,检测STAT1磷酸化及下游基因表达(Cd274, Cxcl9, Cxcl10等)和细胞凋亡。
探究INHBA影响IFN-γ信号的机制。
通过RT-qPCR、流式细胞术检测IFNGR1、IFNGR2等表达。
验证INHBA对CXCL9和CXCL10分泌的影响。
用ELISA检测肿瘤细胞培养上清或肿瘤组织中的CXCL9和CXCL10含量。
验证INHBA抑制的趋化因子分泌对T细胞迁移的影响。
用肿瘤细胞条件培养基进行transwell迁移实验,检测活化T细胞的迁移率。
评估抗激活素A抗体对肿瘤生长和抗PD-L1疗效的影响。
给予荷瘤小鼠garetosmab(抗激活素A抗体)单独或联合atezolizumab治疗。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Meilunbio | MA0212 |
| RPMI-1640培养基 | Meilunbio | MA0215 | |
| 青霉素/链霉素 | Gibco | 15140122 | |
| 胎牛血清 | Life Technologies | 10100147 | |
| 嘌呤霉素 | Meilunbio | MA0318 | |
| 质粒转染 | pSPAX2质粒 | Youbio | VT1444 |
| pMD2.G质粒 | Youbio | VT1443 | |
| pLVX-puro载体 | Youbio | VT1465 | |
| pLVX-mINHBA-puro过表达载体 | Youbio | G132770 | |
| pLV-EGFP-Scramble_shRNA载体 | VectorBuilder | VB010000-0009mxc | |
| pLV-EGFP-shInhba载体 | VectorBuilder | VB900048-2616uaf | |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Thermo Fisher | L3000150 | |
| 慢病毒包装 | 慢病毒浓缩试剂盒 | Genomeditech | GM-040801 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Yeasen | 10606ES60 |
| RT-qPCR | 逆转录试剂盒 | ABclonal | RK20428 |
| 2×SYBR Green快速qPCR预混液 | ABclonal | RK21203 | |
| 动物实验 | 抗CTLA-4抗体 | BioXcell | BE0032 |
| 阿替利珠单抗 | Sanyou Bio | CHA083 | |
| 加雷妥单抗 | Sanyou Bio | CHA401 | |
| 人IgG4 | Sanyou Bio | COA001 | |
| 抗CXCR3抗体 | BioXcell | BE0249 | |
| 抗IFN-γ抗体 | BioXcell | BE0055 | |
| 抗CD4抗体 | BioXcell | BE0119 | |
| 抗CD8α抗体 | BioXcell | BE0061 | |
| 流式分析 | IV型胶原酶 | Yeasen | 40510ES60 |
| 透明质酸酶 | Yeasen | 20426ES60 | |
| 75微米尼龙网 | Dakewe | 7061011 | |
| 淋巴细胞分离液 | Dakewe | 7211011 | |
| 红细胞裂解液 | Yeasen | 40401ES60 | |
| 抗CD16/CD32抗体 | BD Biosciences | 553141 | |
| BD Cytofix/Cytoperm固定破膜缓冲液 | BD Biosciences | 554714 | |
| 白细胞活化混合物 | BD Biosciences | 550583 | |
| ACEA NovoCyte流式细胞仪 | -- | -- | |
| NovoExpress软件 | -- | 1.6.1 | |
| Western blot | 干扰素γ | Genscript | Z02916 |
| RIPA裂解液 | Beyotime | P0013C | |
| PVDF膜 | Merck Millipore | IPVH00010 | |
| 抗STAT1抗体 | ABclonal | A19563 | |
| 抗磷酸化STAT1-Y701抗体 | ABclonal | AP0054 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | ABclonal | A12289 | |
| 辣根过氧化物酶标记的山羊抗兔IgG | ABclonal | AS014 | |
| ECL化学发光试剂 | Yeasen | 36208ES60 | |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂盒 | Yeasen | 40203ES60 |
| SpectraMax酶标仪 | Molecular Devices | -- | |
| 凋亡检测 | 膜联蛋白V-FITC和PI凋亡检测试剂盒 | Yeasen | 40302ES20 |
| T细胞分离 | 小鼠T细胞分离试剂盒 | Stemcell | 19851 |
| T细胞活化 | 抗CD3单克隆抗体 | BD Biosciences | 553057 |
| 小鼠IL-2 | Genscript | Z02764 | |
| T细胞迁移 | 带3微米PET膜的Transwell装置 | LABSELECT | 14322 |
| 细胞计数分析仪 | BodBoge | -- | |
| ELISA | 小鼠INHBA ELISA试剂盒 | Jianglaibio | JL34309 |
| 小鼠CXCL9 ELISA试剂盒 | Jianglaibio | JL20226 | |
| 小鼠CXCL10 ELISA试剂盒 | Jianglaibio | JL13372 | |
| 流式分析 | BV650标记的大鼠抗小鼠CD274抗体 | BD Biosciences | 740614 |
| BV421标记的大鼠抗小鼠CD119抗体 | BD Biosciences | 740032 | |
| 仓鼠抗小鼠IFNGR2单克隆抗体 | R&D Systems | MAB773 | |
| AF488标记的抗仓鼠IgG | Thermo Fisher | A78963 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | CT26、MC38、B16、4T1、HEK-293T细胞来源;培养条件(DMEM或RPMI-1640,10% FBS,1% P/S,37°C,5% CO2);细胞传代次数(不超过15代) 阅读提示:Materials and methods: Cell lines |
| 质粒构建与病毒包装 | 慢病毒包装质粒(pSPAX2, pMD2.G)及载体(pLVX-puro, pLVX-mINHBA-puro, pLV-EGFP-Scramble_shRNA, pLV-EGFP-shInhba);shRNA靶序列;转染试剂Lipofectamine 3000及用量 阅读提示:Materials and methods: Plasmids and viruses; Construction of stable cell lines |
| 体内肿瘤模型 | 小鼠品系(BALB/c, C57BL/6, BALB/c裸鼠)和年龄(6-8周);皮下接种细胞数(5×10^5-1×10^6);肿瘤体积计算公式;安乐死终点 阅读提示:Materials and methods: Mice; Tumor models using transgenic tumor cells; Figure legends for Fig. 1 |
| 药物处理 | 各药物剂量(如atezolizumab 150 μg/剂量,garetosmab 100 μg/剂量,anti-IFN-γ 400 μg/剂量起始等);给药途径(腹腔或瘤周);给药时间点(肿瘤体积达到200 mm³后开始,每2-3天一次) 阅读提示:Materials and methods: In vivo treatment studies; Figure 2b, 7a |
| 免疫细胞清除 | 抗CD4和抗CD8α抗体的剂量(150 μg/只)及注射时间(注射肿瘤前第-2天,第0天,第4天,第8天) 阅读提示:Materials and methods: Immune cell depletion study |
| 流式表型分析 | 肿瘤消化酶(collagenase IV, hyaluronidase)浓度;孵育时间(表面标记20分钟,细胞内标记30分钟);细胞刺激条件(1×10^6细胞用2 μL白细胞活化混合物刺激4小时) 阅读提示:Materials and methods: Immunophenotype analysis |
| 体外IFN-γ刺激实验 | IFN-γ浓度(100 ng/mL用于Western blot和RT-qPCR;200 ng/mL用于凋亡实验);刺激时间(0,1,2小时用于Western blot;24小时用于PD-L1和ELISA;48小时用于迁移实验) 阅读提示:Materials and methods: Western blot analysis; Apoptosis assays; Other in vitro cell assays; ELISAs; In vitro T cell migration assays |
| RNA-seq分析 | 肿瘤组织量(约30 mg);测序平台(BGI);差异表达阈值(fold-change≥2, FDR≤0.05) 阅读提示:Materials and methods: RNA-Seq |
| 统计分析 | 统计检验方法(Student's t test, one-way/two-way ANOVA, Tukey's multiple comparisons test, Kaplan-Meier survival analysis);样本量(n值在图例中注明);随机化但非盲法 阅读提示:Materials and methods: Statistical analysis |