临床样本与细胞系中miR-181d表达分析
验证miR-181d在顺铂耐药卵巢癌组织和细胞中的表达情况。
通过原位杂交检测78例卵巢癌患者组织中miR-181d表达,通过RT-qPCR检测A2780/DDP、COC1/DDP、SKOV3/DDP、OVCAR3/DDP及各自亲本细胞中miR-181d表达。
Oncogenic microRNA-181d binding to OGT contributes to resistance of ovarian cancer cells to cisplatin.
包含临床样本原位杂交、体外细胞功能实验(CCK-8、流式)、机制验证(双荧光素酶、Co-IP、泛素化)及体内异种移植瘤模型。
A2780和A2780/DDP细胞系 COC1/DDP、SKOV3/DDP、OVCAR3/DDP细胞系 BALB/c裸鼠异种移植瘤模型 78例卵巢癌患者组织样本
DDP处理浓度50 μmol/L,处理时间48小时 细胞转染试剂Lipofectamine 3000 体内DDP给药剂量3 mg/kg,每两天一次 每组6只裸鼠
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证miR-181d在顺铂耐药卵巢癌组织和细胞中的表达情况。
通过原位杂交检测78例卵巢癌患者组织中miR-181d表达,通过RT-qPCR检测A2780/DDP、COC1/DDP、SKOV3/DDP、OVCAR3/DDP及各自亲本细胞中miR-181d表达。
明确miR-181d对卵巢癌细胞顺铂耐药性的影响。
在A2780/DDP细胞中转染miR-181d inhibitor,在A2780细胞中转染miR-181d mimic,通过CCK-8、流式细胞术和Western blot检测细胞活力、凋亡和凋亡/增殖相关蛋白表达。
验证OGT是否为miR-181d的直接靶基因。
通过starBase、microRNA.org和TargetScan预测靶基因,与TCGA数据交叉,通过双荧光素酶报告基因实验验证miR-181d与OGT 3'UTR结合,并通过Western blot和RT-qPCR检测OGT表达变化。
验证miR-181d是否通过下调OGT促进DDP耐药。
在A2780/DDP细胞中共转染miR-181d inhibitor和sh-OGT,或在A2780细胞中共转染miR-181d mimic和oe-OGT,检测细胞活力、凋亡及蛋白表达。
阐明OGT通过糖基化KEAP1调控NRF2的分子机制。
通过Western blot检测OGT过表达或敲低后KEAP1和NRF2表达,通过Co-IP检测OGT与KEAP1相互作用、KEAP1糖基化及NRF2泛素化,并使用KEAP1 S104突变体验证。
在细胞水平验证miR-181d通过OGT/KEAP1/NRF2轴影响DDP耐药。
在A2780/DDP细胞中共转染miR-181d inhibitor和oe-NRF2,或在A2780细胞中共转染miR-181d mimic和sh-NRF2,检测细胞活力、凋亡及蛋白表达。
验证miR-181d/OGT/KEAP1/NRF2轴在体内对DDP耐药的影响。
将稳定转染miR-181d mimic和/或sh-NRF2的A2780细胞皮下接种于裸鼠,DDP腹腔注射,测量肿瘤体积并检测肿瘤组织中相关蛋白表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 原位杂交 | 蛋白酶K | Roche | -- |
| miR-181d探针 | Sigma | -- | |
| BM Purple显色底物 | Roche | 1 442 074 001 | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Solarbio | -- |
| RPMI-1640培养基 | Hyclone | SH30809.01 | |
| 胎牛血清 | Zhejiang Tianhang Biotechnology Co., Ltd. | -- | |
| 青霉素/链霉素 | Sigma | -- | |
| 顺铂 | Qilu Pharmaceutical Co., Ltd. | -- | |
| 转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | L3000008 |
| miR-181d模拟物/抑制剂 | GenePharma | -- | |
| pGPU6载体 | GenePharma | C02001 | |
| pcDNA3.1载体 | Thermo Fisher Scientific | V79520 | |
| CCK-8实验 | CCK-8试剂盒 | Dojindo Laboratories | -- |
| 680酶标仪 | Bio-Rad | -- | |
| 流式细胞术 | Annexin V-FITC/PI试剂盒 | BD Biosciences Pharmingen | -- |
| Annexin V-FITC | Life Technologies | V13241 | |
| 双荧光素酶报告基因实验 | pGL3-control载体 | Promega | -- |
| 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | -- | |
| TD-20/20发光检测仪 | Promega | E5311 | |
| 免疫共沉淀 | Pierce免疫沉淀缓冲液 | Pierce | -- |
| 蛋白G磁珠 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 抗KEAP1抗体 | Cell Signaling Technology | 4678 | |
| 抗NRF2抗体 | Abcam | ab137550 | |
| 正常IgG | Abcam | ab7099 | |
| 泛素化实验 | MG132 | MedChemExpress | HY-13259 |
| 糖基化检测 | 5SGlcNAc | -- | -- |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | 16096020 |
| 逆转录试剂盒 | Promega | M1701 | |
| miRNA第一链cDNA合成(加尾反应)试剂盒 | Shanghai Sangon Biotechnology Co., Ltd. | B532451 | |
| TaqMan microRNA检测 | -- | -- | |
| TaqMan通用PCR预混液 | -- | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Solarbio | R0010 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Guangzhou Jiebeisi Biotechnology Co., Ltd. | -- | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| 抗OGT抗体 | Abcam | ab177941 | |
| 抗KEAP1抗体 | Abcam | ab196346 | |
| 抗NRF2抗体 | Abcam | ab137550 | |
| 抗泛素抗体 | Abcam | ab7780 | |
| 抗O-GlcNAc抗体 | Abcam | ab2739 | |
| 抗裂解caspase-3抗体 | Abcam | ab2302 | |
| 抗caspase-3抗体 | Abcam | ab13847 | |
| 抗PCNA抗体 | Abcam | ab32552 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Abcam | ab179467 | |
| 山羊抗兔IgG抗体 | Abcam | ab97051 | |
| 山羊抗小鼠IgG抗体 | Abcam | ab205719 | |
| Image Quant LAS 4000 C凝胶成像仪 | GE Healthcare | -- | |
| 动物实验 | BALB/c裸鼠 | Vital River Laboratory Animal Technology Co., Ltd. | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本收集 | 78例卵巢癌患者的组织样本,化疗耐药组32例,化疗敏感组46例 阅读提示:Materials/subjects and methods 中的 Study subjects 部分 |
| 细胞培养与处理 | A2780/DDP等耐药细胞需用0.5 μg/mL DDP维持耐药性,实验前3天更换无DDP培养基;DDP处理浓度50 μmol/L,处理48小时 阅读提示:Materials/subjects and methods 中的 Cell culture, transfection, and grouping 部分 |
| 体外功能实验 | 转染试剂Lipofectamine 3000;细胞接种密度3×10^5/孔(6孔板),CCK-8实验接种1×10^3/孔(96孔板) 阅读提示:Materials/subjects and methods 中的 Cell culture, transfection, and grouping 和 CCK-8 assay 部分 |
| 机制验证实验 | MG132处理浓度10 μM,6小时;CHX处理25 μg/mL,1小时;5SGlcNAc处理50 μM,10小时 阅读提示:Materials/subjects and methods 中的 Ubiquitination assay 和 Glycosylation detection 部分 |
| 体内实验 | 每组6只裸鼠;细胞接种2×10^6个;DDP剂量3 mg/kg,每两天一次;肿瘤体积测量时间点5、10、15、20、25天 阅读提示:Materials/subjects and methods 中的 Xenograft tumor in nude mice 部分 |