基于转录组学的食管鳞状细胞癌多维度特征描绘与药物筛选

背景：食管鳞状细胞癌（ESCC）仍是最致命的癌症类型之一。全面剖析ESCC的分子特征和异质性，为开发更有前景的治疗方法铺平了道路。方法：整合了多个ESCC数据集的表达谱。结合ATAC-seq和RNA-seq揭示染色质可及性特征。构建了预后相关亚型分类器（PrSC），并评估了其与肿瘤微环境（TME）和免疫治疗的相关性。在临床样本中验证了关键基因特征。基于ESCC患者的TME异质性，筛选了潜在的亚型特异性治疗药物。发现：确定了ESCC中的常见差异表达基因（cDEGs）。上调基因（HEATR1、TIMELESS、DTL、GINS1、RUVBL1和ECT2）被发现对ESCC细胞存活非常重要。PRIM2、HPGD、NELL2和TFAP2B的表达改变与染色质可及性变化相关。PrSC是一个稳健的评分工具，不仅与ESCC患者的预后相关，还能反映TME异质性。TNS1高表达成纤维细胞与免疫排斥相关。TG-101348和长春瑞滨被确定为潜在的亚型特异性治疗药物。此外，将PrSC应用于两个免疫治疗队列表明其在评估免疫治疗反应方面的潜在价值。解读：我们的研究描绘了ESCC的多维度特征，建立了用于预后评估的稳健评分工具，强调了TNS1高表达成纤维细胞在TME中的作用，并确定了潜在的临床用药。