验证PIEZO1表达及辐射诱导上调
确定PIEZO1在肺上皮细胞中的表达,以及照射后是否上调。
通过BioGPS数据库分析PIEZO1表达;对RLE-6TN细胞和大鼠肺部进行12 Gy照射,48小时后用RT-qPCR、Western blot、免疫组化和免疫荧光检测PIEZO1表达。
Mechanically Activated Calcium Channel PIEZO1 Modulates Radiation-Induced Epithelial-Mesenchymal Transition by Forming a Positive Feedback With TGF-β1.
研究包含细胞实验(RLE-6TN、原代ATII细胞)、动物模型(SD大鼠胸部照射)、分子机制验证(Western blot、qPCR、双荧光素酶、ChIP)等多个独立证据层级,并进行了功能验证(siRNA敲低)。
RLE-6TN大鼠肺泡II型上皮细胞系 原代大鼠肺泡II型上皮细胞 Sprague-Dawley大鼠胸部照射模型
细胞系:RLE-6TN(Eallbio)和原代ATII细胞(Procell) 照射剂量:12 Gy X射线,剂量率1 Gy/min siRNA处理:si-PIEZO1、si-HIF-1α、si-C/EBPβ(100 nM,Lipofectamine RNAi MAX) TGF-β1处理浓度:5-40 ng/ml,处理48小时 Yoda1浓度:2.5 μM,处理48小时
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定PIEZO1在肺上皮细胞中的表达,以及照射后是否上调。
通过BioGPS数据库分析PIEZO1表达;对RLE-6TN细胞和大鼠肺部进行12 Gy照射,48小时后用RT-qPCR、Western blot、免疫组化和免疫荧光检测PIEZO1表达。
确定辐射是否诱导EMT,以及PIEZO1是否参与。
照射后检测EMT标志物(TGF-β1、N-cadherin、Vimentin、Fibronectin、α-SMA、E-cadherin)表达,并用si-PIEZO1敲低PIEZO1,观察EMT标志物变化。
确定PIEZO1是否通过钙信号和HIF-1α影响TGF-β1表达。
使用Yoda1激活PIEZO1,检测钙内流和HIF-1α表达;敲低PIEZO1观察钙内流和HIF-1α变化;敲低HIF-1α观察TGF-β1表达变化。
确定TGF-β1是否上调PIEZO1,以及C/EBPβ是否介导该过程。
用不同浓度TGF-β1处理细胞,检测PIEZO1表达;检测C/EBPβ表达变化;si-C/EBPβ敲低后观察PIEZO1表达;通过双荧光素酶报告基因和ChIP实验验证C/EBPβ与PIEZO1启动子结合。
确认C/EBPβ对PIEZO1的抑制作用特异性。
构建siRNA抗性C/EBPβ质粒,与si-C/EBPβ共转染,观察C/EBPβ和PIEZO1表达变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | 文中未明确说明 | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 青霉素 | Gibco | -- | |
| 链霉素 | Gibco | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Sigma | -- |
| RT-qPCR | PrimeScript RT试剂盒(含gDNA Eraser) | TAKARA | -- |
| SYBR Green Taq混合液 | TAKARA | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | 文中未明确说明 | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | -- | |
| PVDF膜 | Bio-Rad | -- | |
| 抗PIEZO1抗体 | Abcam | ab128245 | |
| 抗HIF-1α抗体 | Cell Signaling Technology | 14179 | |
| 抗TGF-β1抗体 | Cell Signaling Technology | 3711 | |
| 抗C/EBPβ抗体 | BioLegend | 606202 | |
| 抗纤连蛋白抗体 | Proteintech | 15613-1-AP | |
| 抗α-SMA抗体 | Cell Signaling Technology | 19245 | |
| 抗CTGF抗体 | Abcam | ab6992 | |
| 抗E-钙黏蛋白抗体 | Abcam | ab1416 | |
| 抗波形蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 3932 | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| 抗Vinculin抗体 | Boster | A30448 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Proteintech | 60008-1-Ig | |
| 抗β-微管蛋白抗体 | Proteintech | 10094-1-AP | |
| 细胞转染 | Lipofectamine RNAi MAX转染试剂 | Invitrogen | -- |
| Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- | |
| 免疫荧光 | CoraLite594标记的山羊抗兔IgG(H+L) | Proteintech | SA00013-4 |
| DAPI | Abcam | -- | |
| 荧光显微镜 | Leica | -- | |
| 免疫组织化学 | 抗PIEZO1抗体 | Abcam | ab128245 |
| 抗TGF-β1抗体 | Cell Signaling Technology | 3711 | |
| 抗纤连蛋白抗体 | Proteintech | ab175430 | |
| 抗α-SMA抗体 | Cell Signaling Technology | 19245 | |
| 抗CTGF抗体 | Abcam | ab6992 | |
| 生物素化山羊抗兔IgG二抗 | Boster | -- | |
| 链霉亲和素-生物素复合物 | Boster | -- | |
| 钙测定 | Fluo4-AM | Dojindo | -- |
| 双荧光素酶报告基因 | pGL3报告载体 | Promega | -- |
| 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | -- | |
| 染色质免疫沉淀 | 蛋白A+G琼脂糖 | Upstate Biotech | -- |
| 抗C/EBPβ抗体 | Upstate Biotech | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系:RLE-6TN(Eallbio)和原代ATII细胞(Procell);培养基:RPMI-1640含10% FBS、100 U/ml青霉素和100 mg/ml链霉素;培养条件:37°C、5% CO2。 阅读提示:Methods: Cell Lines and Cell Culture |
| 照射处理 | 照射剂量:12 Gy;剂量率:1 Gy/min;照射设备:250 kVp orthovoltage机器;细胞照射后48小时检测;大鼠全胸照射,麻醉剂量40 mg/kg戊巴比妥钠。 阅读提示:Methods: Irradiation of RLE-6TN Cells and Rats |
| siRNA敲低 | siRNA序列和浓度:100 nM;转染试剂:Lipofectamine RNAi MAX;处理时间:照射前24小时至照射后48小时。 阅读提示:Methods: Transfection |
| 药物处理 | Yoda1浓度:2.5 μM,处理48小时;TGF-β1浓度:5-40 ng/ml,处理48小时。 阅读提示:Methods: Cell Culture and Results(Figure 3, 4) |
| 蛋白检测 | 抗体稀释比例和货号:anti-PIEZO1 (1:5)等;蛋白上样量20 μg;SDS-PAGE 10%。 阅读提示:Methods: Western Blotting |