生物信息学筛选OA差异基因
通过GSE55457数据集分析OA与正常组差异表达基因,预测可能的关键基因和通路。
使用R语言limma包分析GSE55457数据集,筛选差异表达基因,并进行KEGG功能富集分析。
LncRNA TM1-3P Regulates Proliferation, Apoptosis and Inflammation of Fibroblasts in Osteoarthritis through miR-144-3p/ONECUT2 Axis.
包含生物信息学分析、体外细胞实验(双荧光素酶、RIP、RNA pull down、CCK8、EDU、流式)、体内大鼠模型(HE、Annona Red O/Fast Green、免疫组化、Western blot、qRT-PCR)等多层级验证。
IL-1β诱导的人成纤维滑膜细胞(hFSCs) 不稳定内侧半月板诱导的OA大鼠模型 293A细胞(用于双荧光素酶报告基因实验)
hFSCs(CP-H094)培养于含10% FBS的DMEM,IL-1β浓度10 ng/ml处理72小时 大鼠OA模型采用不稳定内侧半月板模型,32只雄性SD大鼠随机分为4组(每组8只) LV-sh-LncRNA TM1-3p和LV-sh-LncRNA NC于术后每周两次膝关节注射,持续4周 转染使用Lip2000,miR-144-3p mimic和oe-ONECUT2质粒 双荧光素酶报告基因实验使用293A细胞和pHG-MirTarget质粒
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
通过GSE55457数据集分析OA与正常组差异表达基因,预测可能的关键基因和通路。
使用R语言limma包分析GSE55457数据集,筛选差异表达基因,并进行KEGG功能富集分析。
构建IL-1β诱导的OA细胞模型,验证关键基因和蛋白的表达变化。
用IL-1β处理hFSCs,检测ONECUT2、Smurf2、Rap1、MMP13、ADAMTS5、CollagenII、Aggrecan等的表达,以及细胞活力、增殖和凋亡。
通过生物信息学预测和实验验证miR-144-3p是否直接靶向ONECUT2。
使用Venn图分析多个数据库预测的miRNA,双荧光素酶报告基因验证结合,RIP验证RNA-蛋白相互作用。
探究miR-144-3p通过调控ONECUT2对细胞增殖、凋亡和炎症的影响。
在IL-1β诱导的hFSCs中分别转染miR-144-3p mimic和oe-ONECUT2,检测相关分子表达和细胞功能。
通过生物信息学和实验验证TM1-3P是否靶向miR-144-3p。
使用生物信息学预测结合位点,双荧光素酶报告基因、RIP和RNA pull down验证相互作用,并检测IL-1β处理对TM1-3P表达的影响。
探究TM1-3P通过竞争性结合miR-144-3p调控hFSCs增殖、凋亡和炎症的作用。
在IL-1β诱导的hFSCs中过表达TM1-3P,并联合miR-144-3p,检测相关分子表达和细胞功能。
在大鼠OA模型中验证沉默TM1-3P是否能缓解膝关节损伤和炎症。
通过不稳定内侧半月板模型建立OA大鼠,膝关节注射LV-sh-LncRNA TM1-3p,进行组织学染色和分子检测。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Sigma | D5796 |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| Lip2000转染试剂 | Invitrogen | 11,668,019 | |
| 白细胞介素-1β | -- | -- | |
| 靶向验证 | 双荧光素酶检测试剂盒 | Promega | E1910 |
| RIP试剂盒 | Sigma | RIP-12RXN | |
| RNA pull-down试剂盒 | Thermofisher | 20,164 | |
| 细胞功能检测 | 细胞计数试剂盒-8 | DOJINDO | NU679 |
| Annexin V-FITC | keyGEN Bio TECH | KGA108 | |
| 碘化丙啶 | Meilunbio | MA1037 | |
| 细胞增殖检测 | EDU试剂 | RIBBIO | C10310-1 |
| Hoechst 33342 | Beyotime | C1025 | |
| 组织学检测 | 石蜡 | Sigma | P3558 |
| Annona Red O/Fast Green染色试剂盒 | Abiowell | -- | |
| 免疫组化 | 抗CollagenII抗体 | Abcam | ab34712 |
| 抗Aggrecan抗体 | Proteintech | 13880-1-AP | |
| 抗MMP13抗体 | Proteintech | 18165-1-AP | |
| 抗ADAMTS5抗体 | Affinity | DF13268 | |
| Western blot | 抗CollagenII抗体 | Abcam | ab188570 |
| 抗Rap1抗体 | Proteintech | 12735-1-AP | |
| 抗Aggrecan抗体 | Proteintech | 13880-1-AP | |
| 抗ONECUT2抗体 | Proteintech | 21916-1-AP | |
| 抗Smurf2抗体 | CST | #12024 | |
| 抗MMP13抗体 | Proteintech | 18165-1-AP | |
| 抗ADAMTS5抗体 | Abcam | ab41037 | |
| 抗IL-1β抗体 | Proteintech | 16806-1-AP | |
| 抗IL-6抗体 | Abcam | ab259341 | |
| 抗TNF-α抗体 | Proteintech | 17590-1-AP | |
| 抗β-actin抗体 | Proteintech | 66009-1-IG | |
| 二抗IgG | Proteintech | SA00001-1 | |
| 二抗IgG | Proteintech | SA00001-2 | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Thermofisher | 15,596,026 |
| RT-qPCR | mRNA逆转录试剂盒 | CWBIO | CW2569 |
| miRNA逆转录试剂盒 | CWBIO | CW2141 | |
| UltraSYBR混合物 | CWBIO | CW2601 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Abiowell | -- |
| 组织切片 | 切片机 | Zhejiang Jinhua Yidi Experimental equipment | YD-315 |
| 显微镜观察 | 显微镜 | Motic | BA410T |
| 流式细胞术 | 流式细胞仪 | Beckman | A00-1-1102 |
| 细胞增殖检测 | 生物显微镜 | Beijing Zhongxian Hengye Instrument | DSZ2000X |
| 双荧光素酶检测 | 化学发光检测仪 | Promega | GloMax 20/20 |
| CCK8检测 | Bio-Tek酶标仪 | hui song | MB-530 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞实验 | hFSCs细胞系(CP-H094)培养条件;IL-1β浓度和暴露时间;细胞分组和转染条件。 阅读提示:Materials and Methods - Cell Experiment and Grouping |
| 动物实验 | 大鼠品系、性别、体重、分组和数量;OA模型手术方式;病毒注射时间和频率;实验周期。 阅读提示:Materials and Methods - Animal Experiment and Grouping |
| 靶向验证 | 双荧光素酶报告基因质粒构建和转染;RIP和RNA pull down实验条件。 阅读提示:Materials and Methods - Dual Luciferase Reporter Gene Assay, RIP, RNA Pull Down |
| 分子检测 | 抗体信息(品牌、货号、稀释比例);引物序列;RT-qPCR和Western blot操作流程。 阅读提示:Materials and Methods - Quantitative Reverse Transcription-polymerase Chain Reaction, Western Blot, Table 1 |
| 组织学检测 | 组织固定、包埋、切片厚度;HE、Annona Red O/Fast Green染色步骤;免疫组化抗体及稀释度。 阅读提示:Materials and Methods - Hematoxylin and Eosin (HE) and Annona Red O/Fast Green Staining, Immunohistochemistry |