临床样本和数据库分析CHI3L1表达与预后
评估CHI3L1在胶质瘤中的表达水平及其与患者生存的关系。
利用TCGA、CGGA、GEO数据库分析CHI3L1 mRNA表达,通过ELISA、Western blot和IHC检测蛋白水平,并进行Kaplan-Meier生存分析和ROC曲线评估诊断价值。
Chitinase-3 like-protein-1 promotes glioma progression via the NF-κB signaling pathway and tumor microenvironment reprogramming.
含多层级证据:患者样本(ELISA、IHC、WB)、细胞系功能实验(shRNA敲低/过表达)、体外机制(Co-IP、双荧光素酶)、体内移植瘤模型及单细胞测序分析。
人胶质母细胞瘤细胞系U87MG、A172、U251MG、U118MG 小鼠骨髓来源巨噬细胞(BMDM) THP-1来源巨噬细胞 皮下移植瘤裸鼠模型 临床胶质瘤患者样本及血清
CHI3L1在胶质瘤细胞系中的表达水平(U87MG、A172高表达,U251MG、U118MG低表达) shRNA敲低CHI3L1的效率(序列及转染条件) TNFα处理浓度和时间(50和200 ng/mL,0-96小时) 重组CHI3L1浓度(500 ng/mL)及处理时间(24小时) 皮下移植瘤细胞注射量(3×10^6个)及小鼠周龄(6-8周)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估CHI3L1在胶质瘤中的表达水平及其与患者生存的关系。
利用TCGA、CGGA、GEO数据库分析CHI3L1 mRNA表达,通过ELISA、Western blot和IHC检测蛋白水平,并进行Kaplan-Meier生存分析和ROC曲线评估诊断价值。
在单细胞水平探究CHI3L1表达与NF-κB通路激活的关系,以及髓系细胞景观。
分析GSE117891数据集,进行UMAP聚类、GSVA通路富集、Monocle2伪时间轨迹分析,鉴定CHI3L1high和CHI3L1low胶质瘤细胞亚群,并描绘髓系细胞分化轨迹。
鉴定CHI3L1相互作用的蛋白并验证其对NF-κB通路的影响。
使用HuProt 20K蛋白质组微阵列鉴定CHI3L1结合蛋白,通过Co-IP、免疫荧光共定位、核质分离和双荧光素酶报告基因实验验证CHI3L1与ACTN4和NFKB1的相互作用。
验证CHI3L1对胶质瘤细胞增殖、迁移和生存的作用。
通过shRNA敲低或过表达CHI3L1,利用CCK-8、EdU、克隆形成、细胞划痕(伤口愈合)实验检测细胞增殖和迁移能力;并用皮下移植瘤模型评估体内肿瘤生长。
探究分泌的CHI3L1对巨噬细胞极化的影响及其机制。
使用THP-1衍生巨噬细胞和BMDM,经rhCHI3L1或rmCHI3L1处理,通过IF和qPCR检测M2标志物,并通过Western blot检测AKT磷酸化;使用Cd44-/- BMDM验证CD44依赖性。
评估CHI3L1表达与免疫检查点分子的关联。
通过TCGA和CGGA数据库进行相关性分析,并在U251和U118细胞中过表达CHI3L1后通过流式细胞术检测CD274表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| ELISA检测 | CHI3L1 ELISA试剂盒 | Multisciences | EK1164-96 |
| 免疫组化/免疫荧光 | 抗CHI3L1抗体 | Abcam | ab77528 |
| 免疫荧光 | 抗NF-κB p65抗体 | CST | 6956 |
| 抗人CD163抗体 | Invitrogen | 4332578 | |
| 抗人CD206抗体 | Invitrogen | 4306524 | |
| 蛋白质组芯片 | HuProt 20K人类蛋白质组芯片 | Wayen Biotechnologies (Shanghai) Inc. | -- |
| 重组人CHI3L1蛋白 | Sino Biological | 11227-H08H | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 细胞处理 | 肿瘤坏死因子α | Sino Biological | GMP-10602-HNAE |
| 巨噬细胞培养 | 重组小鼠巨噬细胞集落刺激因子 | Sino Biological | 51112-MNAH |
| 细胞转染 | Lipo3000转染试剂 | Invitrogen | L3000150 |
| PEI 40K转染试剂 | Wuhan Servicebio Technology Co., Ltd | G1802 | |
| 聚乙烯亚胺 | -- | -- | |
| 巨噬细胞极化 | 重组人白细胞介素-4 | PeproTech | 200-04 |
| 重组小鼠白细胞介素-4 | PeproTech | 214-14 | |
| 巨噬细胞分化 | 佛波醇12-十四酸酯13-乙酸酯 | Sigma | P8139 |
| Western blot | 核浆蛋白提取试剂盒 | Beyotime | P0028 |
| 双荧光素酶报告基因 | 双荧光素酶报告基因检测试剂盒 | Vazyme | DL101-01 |
| 巨噬细胞极化 | 重组小鼠CHI3L1蛋白 | Sino Biological | 50929-M08H |
| 流式细胞术 | PE标记抗人CD274抗体 | Thermo Fisher Scientific | 12-5983-42 |
| 迁移实验 | 双孔培养插件 | ibidi | 80209 |
| RNA提取 | RNA提取试剂盒 | Vazyme | RC112-01 |
| 反转录 | 反转录试剂盒 | Vazyme | R323-01 |
| 增殖检测 | BeyoClick™ EdU-488试剂盒 | Beyotime | C0071S |
| 细胞培养 | Opti-MEM培养基 | -- | -- |
| 细胞筛选 | 嘌呤霉素 | -- | -- |
| 诱导表达 | 多西环素 | -- | -- |
| 巨噬细胞极化 | 细胞松弛素B | -- | -- |
| (-)-blebbistatin | -- | -- | |
| PF573228 | -- | -- | |
| Y-27632 | -- | -- | |
| 细胞划痕实验 | FLAG标记的人ACTN4质粒 | Sino Biological | HG10971-CF |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源和培养条件(DMEM+10%FBS,37°C,5%CO2);细胞系名称(U87MG、U251MG、U118MG、A172);支原体阴性确认。 阅读提示:Materials and Methods: GBM cell lines culture and treatment |
| CHI3L1敲低 | shRNA序列(shCHI3L1-1: CAA GGA AAT GAA GGC CGA ATT,shCHI3L1-2: TAG CAT CAT GAC CTA CGA TTT);转染试剂(Lipo3000);敲低效率验证(Western blot) 阅读提示:Materials and Methods: shRNA preparation and CHI3L1 knock-down |
| NF-κB通路激活检测 | TNFα处理浓度(50或200 ng/mL)和时间(0-96小时);p65磷酸化及核转位检测 阅读提示:Results: CHI3L1 binds to ACTN4...;Figure 4 |
| 动物实验 | 小鼠品系和年龄(裸鼠,6-8周龄);每组数量(n=6);注射细胞数(3×10^6个细胞/位点);肿瘤测量频率(每两天)及终止时间(第16天)。 阅读提示:Materials and Methods: Subcutaneous tumor growth assay |
| 巨噬细胞极化实验 | THP-1分化条件(PMA 10 ng/mL)和极化处理(rhCHI3L1 500 ng/mL或IL-4 100 ng/mL);BMDM培养条件(M-CSF 10 ng/mL,7天);极化标志物检测(CD163、CD206) 阅读提示:Materials and Methods: Bone marrow derived macrophages...; Immunofluorescence staining |
| 免疫检查点表达 | 流式抗体(PE anti-human CD274)及克隆号(MIH1);转染后检测时间(48小时);检测细胞系(U251MG和U118MG)。 阅读提示:Materials and Methods: Flow cytometry |