几丁质酶-3样蛋白-1通过NF-κB信号通路和肿瘤微环境重编程促进胶质瘤进展

Chitinase-3 like-protein-1 promotes glioma progression via the NF-κB signaling pathway and tumor microenvironment reprogramming.

作者信息Ting Zhao, Jianming Zeng, Yujie Xu, Zhongping Su, Yulong Chong, Tao Ling, Haozhe Xu, Hui Shi, Minggao Zhu, Qi Mo, Xiaoying Huang, Yingchang Li, Xiaoren Zhang, Hongbin Ni, Qiang You
PMID36276655
发布时间2022-10-03
DOI10.7150/thno.75069

实验完整度

含多层级证据:患者样本(ELISA、IHC、WB)、细胞系功能实验(shRNA敲低/过表达)、体外机制(Co-IP、双荧光素酶)、体内移植瘤模型及单细胞测序分析。

主要模型

人胶质母细胞瘤细胞系U87MG、A172、U251MG、U118MG 小鼠骨髓来源巨噬细胞(BMDM) THP-1来源巨噬细胞 皮下移植瘤裸鼠模型 临床胶质瘤患者样本及血清

重点核对

CHI3L1在胶质瘤细胞系中的表达水平(U87MG、A172高表达,U251MG、U118MG低表达) shRNA敲低CHI3L1的效率(序列及转染条件) TNFα处理浓度和时间(50和200 ng/mL,0-96小时) 重组CHI3L1浓度(500 ng/mL)及处理时间(24小时) 皮下移植瘤细胞注射量(3×10^6个)及小鼠周龄(6-8周)

摘要

背景:几丁质酶-3样蛋白1(CHI3L1)在多种肿瘤中过表达,尤其是在胶质瘤中,并促进肿瘤进展。然而,CHI3L1在胶质瘤进展中的确切作用及涉及的信号通路尚不完全清楚。方法:使用酶联免疫吸附试验、蛋白质印迹、免疫组织化学和公共数据库确定了人胶质瘤中CHI3L1的表达及其与患者生存的关系。使用单细胞RNA测序表征肿瘤和髓系细胞的景观。应用人类蛋白质组微阵列鉴定CHI3L1的结合伴侣。通过免疫共沉淀和细胞共定位分析蛋白质-蛋白质相互作用。在肿瘤细胞系中通过功能获得和功能丧失以及体内动物实验研究了CHI3L1在胶质瘤增殖和侵袭中的作用。结果:CHI3L1在胶质瘤的所有疾病阶段均上调,与肿瘤生存、生长和侵袭密切相关。CHI3L1主要在胶质瘤细胞中表达,其次是中性粒细胞。此外,高表达CHI3L1的胶质瘤细胞显著富集于NF-κB通路。伪时间轨迹分析显示从CHI3L1低表达到CHI3L1高表达胶质瘤细胞的逐渐转变,同时NF-κB通路从抑制逐渐逆转为激活。有趣的是,CHI3L1与actinin alpha 4(ACTN4)和NFKB1结合,并通过促进胶质瘤细胞中NF-κB亚基核转位增强NF-κB信号通路。此外,CHI3L1释放到肿瘤微环境(TME)中,与肿瘤相关巨噬细胞上表达的CD44相互作用,激活AKT通路,从而促进M2巨噬细胞极化。另外,CHI3L1与免疫检查点(如CD274(PD-L1)和HAVCR2(LAG3))的表达正相关,从而将TME重塑为免疫抑制表型。结论:我们的研究表明,CHI3L1促进胶质瘤细胞内NF-κB通路激活并重编程TME,因此作为胶质瘤的一个有前景的治疗靶点。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
CHI3L1在胶质瘤进展中的作用及其是否通过NF-κB信号通路和肿瘤微环境重编程来促进肿瘤发展。
核心机制
CHI3L1在胶质瘤细胞内与ACTN4和NFKB1结合,促进NF-κB亚基核转位,激活NF-κB信号通路;分泌的CHI3L1与肿瘤相关巨噬细胞上的CD44结合,激活AKT通路,诱导M2巨噬细胞极化,并调节免疫检查点表达,重塑肿瘤微环境为免疫抑制表型。
主要证据
多组学数据分析、细胞系功能实验(shRNA敲低和过表达)、皮下移植瘤模型、Co-IP、双荧光素酶报告基因、BMDM极化实验、单细胞RNA测序。
研究意义
CHI3L1作为胶质瘤治疗的一个有前景的靶点,为靶向治疗提供基础。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

临床样本和数据库分析CHI3L1表达与预后

评估CHI3L1在胶质瘤中的表达水平及其与患者生存的关系。

利用TCGA、CGGA、GEO数据库分析CHI3L1 mRNA表达,通过ELISA、Western blot和IHC检测蛋白水平,并进行Kaplan-Meier生存分析和ROC曲线评估诊断价值。

2

单细胞转录组分析

在单细胞水平探究CHI3L1表达与NF-κB通路激活的关系,以及髓系细胞景观。

分析GSE117891数据集,进行UMAP聚类、GSVA通路富集、Monocle2伪时间轨迹分析,鉴定CHI3L1high和CHI3L1low胶质瘤细胞亚群,并描绘髓系细胞分化轨迹。

3

鉴定CHI3L1结合蛋白及机制验证

鉴定CHI3L1相互作用的蛋白并验证其对NF-κB通路的影响。

使用HuProt 20K蛋白质组微阵列鉴定CHI3L1结合蛋白,通过Co-IP、免疫荧光共定位、核质分离和双荧光素酶报告基因实验验证CHI3L1与ACTN4和NFKB1的相互作用。

4

CHI3L1对胶质瘤细胞功能的影响

验证CHI3L1对胶质瘤细胞增殖、迁移和生存的作用。

通过shRNA敲低或过表达CHI3L1,利用CCK-8、EdU、克隆形成、细胞划痕(伤口愈合)实验检测细胞增殖和迁移能力;并用皮下移植瘤模型评估体内肿瘤生长。

5

CHI3L1促进巨噬细胞M2极化

探究分泌的CHI3L1对巨噬细胞极化的影响及其机制。

使用THP-1衍生巨噬细胞和BMDM,经rhCHI3L1或rmCHI3L1处理,通过IF和qPCR检测M2标志物,并通过Western blot检测AKT磷酸化;使用Cd44-/- BMDM验证CD44依赖性。

6

免疫检查点表达分析

评估CHI3L1表达与免疫检查点分子的关联。

通过TCGA和CGGA数据库进行相关性分析,并在U251和U118细胞中过表达CHI3L1后通过流式细胞术检测CD274表达。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
CHI3L1 ELISA试剂盒MultisciencesEK1164-96
抗CHI3L1抗体Abcamab77528
抗NF-κB p65抗体CST6956
抗人CD163抗体Invitrogen4332578
抗人CD206抗体Invitrogen4306524
HuProt 20K人类蛋白质组芯片Wayen Biotechnologies (Shanghai) Inc.--
重组人CHI3L1蛋白Sino Biological11227-H08H
DMEM培养基Gibco--
胎牛血清Gibco--
肿瘤坏死因子αSino BiologicalGMP-10602-HNAE
重组小鼠巨噬细胞集落刺激因子Sino Biological51112-MNAH
Lipo3000转染试剂InvitrogenL3000150
PEI 40K转染试剂Wuhan Servicebio Technology Co., LtdG1802
聚乙烯亚胺----
重组人白细胞介素-4PeproTech200-04
重组小鼠白细胞介素-4PeproTech214-14
佛波醇12-十四酸酯13-乙酸酯SigmaP8139
核浆蛋白提取试剂盒BeyotimeP0028
双荧光素酶报告基因检测试剂盒VazymeDL101-01
重组小鼠CHI3L1蛋白Sino Biological50929-M08H
PE标记抗人CD274抗体Thermo Fisher Scientific12-5983-42
双孔培养插件ibidi80209
RNA提取试剂盒VazymeRC112-01
反转录试剂盒VazymeR323-01
BeyoClick™ EdU-488试剂盒BeyotimeC0071S
Opti-MEM培养基----
嘌呤霉素----
多西环素----
细胞松弛素B----
(-)-blebbistatin----
PF573228----
Y-27632----
FLAG标记的人ACTN4质粒Sino BiologicalHG10971-CF

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
细胞培养
细胞系来源和培养条件(DMEM+10%FBS,37°C,5%CO2);细胞系名称(U87MG、U251MG、U118MG、A172);支原体阴性确认。
阅读提示:Materials and Methods: GBM cell lines culture and treatment
CHI3L1敲低
shRNA序列(shCHI3L1-1: CAA GGA AAT GAA GGC CGA ATT,shCHI3L1-2: TAG CAT CAT GAC CTA CGA TTT);转染试剂(Lipo3000);敲低效率验证(Western blot)
阅读提示:Materials and Methods: shRNA preparation and CHI3L1 knock-down
NF-κB通路激活检测
TNFα处理浓度(50或200 ng/mL)和时间(0-96小时);p65磷酸化及核转位检测
阅读提示:Results: CHI3L1 binds to ACTN4...;Figure 4
动物实验
小鼠品系和年龄(裸鼠,6-8周龄);每组数量(n=6);注射细胞数(3×10^6个细胞/位点);肿瘤测量频率(每两天)及终止时间(第16天)。
阅读提示:Materials and Methods: Subcutaneous tumor growth assay
巨噬细胞极化实验
THP-1分化条件(PMA 10 ng/mL)和极化处理(rhCHI3L1 500 ng/mL或IL-4 100 ng/mL);BMDM培养条件(M-CSF 10 ng/mL,7天);极化标志物检测(CD163、CD206)
阅读提示:Materials and Methods: Bone marrow derived macrophages...; Immunofluorescence staining
免疫检查点表达
流式抗体(PE anti-human CD274)及克隆号(MIH1);转染后检测时间(48小时);检测细胞系(U251MG和U118MG)。
阅读提示:Materials and Methods: Flow cytometry