表达差异分析
验证CSPG4P12在NSCLC组织和癌旁正常组织中的表达差异。
利用GEPIA2数据库分析CSPG4P12在NSCLC中的表达,并使用RT-qPCR检测19对NSCLC组织和癌旁正常组织中的表达水平。
Pseudogene CSPG4P12 affects the biological behavior of non‑small cell lung cancer by Bcl‑2/Bax mitochondrial apoptosis pathway.
包含组织样本表达分析、细胞功能实验(增殖、迁移、侵袭、粘附、凋亡)及蛋白表达检测,但缺少动物模型和临床终点验证。
非小细胞肺癌组织及癌旁正常组织 A549细胞系 H1299细胞系
CSPG4P12表达水平在NSCLC组织中显著低于癌旁正常组织 CSPG4P12过表达抑制A549和H1299细胞增殖、迁移、侵袭和粘附 CSPG4P12过表达促进凋亡,表现为线粒体嵴缺失和空泡化 CSPG4P12过表达上调p53和Bax,下调Bcl2
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证CSPG4P12在NSCLC组织和癌旁正常组织中的表达差异。
利用GEPIA2数据库分析CSPG4P12在NSCLC中的表达,并使用RT-qPCR检测19对NSCLC组织和癌旁正常组织中的表达水平。
检测CSPG4P12过表达对NSCLC细胞增殖的影响。
使用CCK-8和集落形成实验检测转染CSPG4P12-pUC57或空载体pUC57的A549和H1299细胞的增殖能力。
检测CSPG4P12过表达对NSCLC细胞迁移和侵袭的影响。
使用Transwell实验(有或无Matrigel)和伤口愈合实验检测转染后细胞的迁移和侵袭能力。
检测CSPG4P12过表达对NSCLC细胞粘附能力的影响。
使用细胞-基质粘附实验,将转染细胞接种于Matrigel包被的96孔板,在不同时间点用CCK-8检测粘附细胞数。
检测CSPG4P12过表达对NSCLC细胞凋亡的影响。
使用Hoechst 33342染色和透射电子显微镜观察凋亡细胞形态和线粒体超微结构。
探讨CSPG4P12过表达对凋亡相关蛋白表达的影响。
使用western blot和免疫荧光检测转染细胞中Bax、Bcl2和p53蛋白的表达水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- |
| 胎牛血清 | Zhejiang Tianhang Biotechnology Co., Ltd. | -- | |
| 质粒构建 | KOD FX聚合酶 | Toyobo Life Science | KFX-101 |
| Lipofectamine® 2000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- | |
| RNA提取和qPCR | TRIzol®试剂 | Invitrogen; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- |
| cDNA合成和qPCR | RevertAid第一链cDNA合成试剂盒 | Thermo Fisher Scientific, Inc. | K1622 |
| qPCR | Power SYBR-Green PCR预混液 | Thermo Fisher Scientific, Inc. | A25742 |
| 7900HT快速实时PCR系统 | Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- | |
| 引物合成 | 引物 | SinoGenoMax Co., Ltd. | -- |
| 细胞增殖检测 | CCK-8试剂 | Dojindo Molecular Technologies, Inc. | -- |
| Infinite M200 PRO酶标仪 | Tecan Group, Ltd. | -- | |
| 集落形成实验 | 结晶紫 | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | -- |
| 迁移和侵袭实验 | Transwell小室 | Costar; Corning, Inc. | 3422 |
| 基质胶 | Corning, Inc. | -- | |
| 粘附实验 | 牛血清白蛋白 | Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- |
| 凋亡染色 | Hoechst 33342染料 | Beijing Solarbio Science & Technology Co., Ltd. | -- |
| 透射电镜制样 | 812树脂包埋介质 | Beijing Zhongjingkeyi Technology Co., Ltd. | -- |
| 超薄切片机EM UC6 | Leica Microsystems, Inc. | -- | |
| 透射电镜 | 透射电镜H-7650 | Hitachi, Ltd. | -- |
| 免疫荧光 | Bax抗体 | Abcam | ab32503 |
| Bcl2抗体 | Abcam | ab32124 | |
| Alexa Fluor™ 488山羊抗兔IgG | Thermo Fisher Scientific, Inc. | A11008 | |
| DAPI溶液 | BD Biosciences | -- | |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Pierce; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- |
| 蛋白定量 | Pierce BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- |
| Western blot | 硝酸纤维素膜 | Merck KGaA | -- |
| β-肌动蛋白抗体 | ProteinTech Group, Inc. | 66009-1-Ig | |
| Bax抗体 | Abcam | ab32503 | |
| Bcl2抗体 | Abcam | ab32124 | |
| p53多克隆抗体 | ProteinTech Group, Inc. | 10442-1-AP | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG | OriGene Technologies, Inc. | ZB2301 | |
| 山羊抗小鼠IgG | Affinity Biosciences, Ltd. | S0002 | |
| ECL试剂盒 | Cytiva | RPN2232 | |
| 凝胶成像系统 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | -- | |
| 图像分析 | ImageJ软件 | National Institutes of Health | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 表达分析 | 组织样本数量(19对)、GEPIA2数据库参数(LUAD和LUSC) 阅读提示:Materials and methods: Differential expression analysis; Figure 1 |
| 细胞培养与转染 | 细胞系(A549和H1299)、转染质粒(CSPG4P12-pUC57)、转染浓度(2.5 μg)、转染时间(5小时) 阅读提示:Materials and methods: Cell culture and plasmid transfection |
| 细胞功能实验 | CCK-8检测时间(24、48、72小时)、集落形成实验培养时间(10天)、Transwell迁移(24小时)和侵袭(48小时)、伤口愈合观察时间(0、24、48小时) 阅读提示:Materials and methods: Cell proliferation assay, Colony formation assay, Cell migration and invasion, Wound healing and adhesion assay |
| 凋亡检测 | Hoechst染色浓度(1 μg/ml)、TEM样本制备条件(固定、脱水、包埋) 阅读提示:Materials and methods: Hoechst 33342 staining assay, Transmission electron microscopy |
| 蛋白表达检测 | 抗体浓度(Bax、Bcl2、p53、β-actin均为1:2000)、二抗浓度(1:5000) 阅读提示:Materials and methods: Western blot analysis, Immunofluorescence assay |