临床样本和数据库分析KLHL7表达与预后
探究KLHL7在肝细胞癌中的表达水平及其与患者预后的关系。
利用TCGA和UALCAN等公共数据库分析KLHL7 mRNA在HCC组织与正常组织中的表达,并分析其与分期、总生存期和无进展生存期的关联;通过免疫组化检测HCC组织和癌旁组织中KLHL7蛋白表达。
KLHL7 promotes hepatocellular carcinoma progression and molecular therapy resistance by degrading RASA2.
包含体外细胞功能实验、体内异种移植瘤模型、患者组织样本分析及机制验证(泛素化、RAS-MAPK通路)等多个独立证据层级。
Huh-7细胞 HCCLM3细胞 Hep3B细胞 BALB/c裸鼠皮下异种移植瘤模型
KLHL7在HCC组织和细胞系中的表达水平 KLHL7敲低或过表达对细胞活力、克隆形成和体内肿瘤生长的影响 KLHL7对RASA2蛋白稳定性、K48泛素化和蛋白酶体降解的影响 KLHL7对RAS-MAPK通路(ERK1/2、MEK1磷酸化及GTP-RAS水平)的影响 KLHL7敲低联合乐伐替尼处理在体内外对肿瘤生长的抑制作用
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究KLHL7在肝细胞癌中的表达水平及其与患者预后的关系。
利用TCGA和UALCAN等公共数据库分析KLHL7 mRNA在HCC组织与正常组织中的表达,并分析其与分期、总生存期和无进展生存期的关联;通过免疫组化检测HCC组织和癌旁组织中KLHL7蛋白表达。
验证KLHL7对肝细胞癌细胞活力、增殖和克隆形成的影响。
在Huh-7和HCCLM3细胞中敲低KLHL7,在Hep3B细胞中过表达KLHL7,通过CCK-8细胞活力实验和克隆形成实验检测细胞增殖能力,并评估药物敏感性。
在体内验证KLHL7敲低对肿瘤生长的影响。
将shKLHL7或对照HCCLM3细胞皮下接种至裸鼠,测量肿瘤体积和重量。
探究KLHL7对RAS-MAPK信号通路活性的影响。
在KLHL7敲低或过表达的HCC细胞中,通过Western blot检测ERK1/2和MEK1磷酸化水平,并通过GST-RAF1-RBD pulldown检测GTP-RAS水平。
验证KLHL7是否与RASA2相互作用并通过泛素化途径降解RASA2。
通过Co-IP、免疫荧光验证KLHL7与RASA2的相互作用;在293T细胞中共表达KLHL7和RASA2,检测RASA2蛋白水平,并用MG132和CHX处理验证蛋白酶体依赖的降解;通过体内泛素化实验检测RASA2的K48连接泛素化。
验证KLHL7促进肿瘤生长和耐药是否依赖于RASA2。
在Huh-7和HCCLM3细胞中同时敲低KLHL7和RASA2,检测RAS-MAPK通路活性、细胞活力、软琼脂克隆形成和乐伐替尼敏感性。
验证在体内抑制KLHL7是否能增强乐伐替尼对HCC的疗效。
使用HCCLM3细胞建立裸鼠皮下移植瘤模型,给予乐伐替尼口服处理,比较shKLHL7与对照组的肿瘤生长,并通过免疫组化检测肿瘤组织中KLHL7、RASA2和P-ERK1/2水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫印迹/免疫组化/免疫荧光 | 抗KLHL7抗体 | Sigma-Aldrich | HPA029491 |
| 免疫印迹/免疫组化 | RASA2兔多克隆抗体 | ABclonal | A18375 |
| 磷酸化p44/42 MAPK (Erk1/2) (Thr202/Tyr204)抗体 | Cell Signaling Technology | 4376 | |
| 免疫印迹 | 磷酸化MEK1/2 (Ser217/221) (41G9)兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 9154 |
| p44/42 MAPK (Erk1/2)抗体 | Cell Signaling Technology | 3510 | |
| MEK1/2抗体 | Cell Signaling Technology | 9122 | |
| KRAS+HRAS+NRAS兔单克隆抗体 | ABclonal | A19779 | |
| 免疫印迹/免疫荧光 | 单克隆抗FLAG M2抗体 | Sigma-Aldrich | F4049 |
| 免疫印迹 | DYKDDDDK标签 (D6W5B) 兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 70569 |
| 小鼠抗Myc标签单克隆抗体 | ABclonal | AE010 | |
| HA标签 (26D11) 单克隆抗体 | Abmart | M20003 | |
| GST标签 (12G8) 单克隆抗体 | Abmart | M20007 | |
| 组织芯片 | 组织芯片1 | SHANGHAI OUTDO BIOTECH | HLiv-HCC030PG-01 |
| 组织芯片2 | SHANGHAI OUTDO BIOTECH | HLiv-SP041 | |
| 药物处理 | MG132 | Selleck | S2619 |
| 蛋白纯化 | 链霉亲和素琼脂糖树脂 6FF | YEASEN | 20512ES08 |
| 动物实验 | 基质胶基底膜基质 | Corning | 356234 |
| 蛋白纯化 | GSTSep谷胱甘肽琼脂糖树脂 4FF | YEASEN | 20508ES10 |
| 药物处理 | 甲磺酸乐伐替尼 | GLPBIO | GC36438 |
| 甲苯磺酸索拉非尼 | GLPBIO | GC16499 | |
| 细胞培养 | Hep3B细胞系 | Procell | CL-0102 |
| HepG2细胞系 | Procell | CL-0103 | |
| Huh-7细胞系 | Procell | CL-0120 | |
| HCCLM3细胞系 | Qiao Xin Zhou Biotechnology | ZQ0023 | |
| HEK293T细胞系 | Chinese Academy of Sciences | SCSP-502 | |
| 动物实验 | BALB/c裸鼠 | Charles River | 194 |
| 质粒构建 | pcDNA3.1 (+) 载体 | Invitrogen | V79020 |
| pLKO.1 puro载体 | addgene | Plasmid #8453 | |
| 慢病毒包装 | pMD2.G | addgene | Plasmid #12259 |
| psPAX2 | addgene | Plasmid #12260 | |
| 泛素化实验 | pRK5-HA-泛素-野生型 | addgene | Plasmid #17608 |
| pRK5-HA-泛素-K63 | addgene | Plasmid #17606 | |
| pRK5-HA-泛素-K48 | addgene | Plasmid #17605 | |
| GST pulldown | Raf-1 GST RBD 1-149 | addgene | Plasmid #13338 |
| 质粒构建 | pLKO.1-blast载体 | addgene | Plasmid #26655 |
| pLVX-IRES-Puro(Flag-SBP)载体 | This paper | -- | |
| pLV-Ubc-MCS-IRES-Bsd载体 | This paper | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基、10% FBS、37°C、5% CO2 阅读提示:STAR★Methods, Cell lines and transfections |
| 质粒转染 | 转染试剂:jetOPTIMUS (Polyplus) 阅读提示:STAR★Methods, Cell lines and transfections |
| 敲低与过表达 | shRNA序列:shKLHL7(1): TCATCAGTGAAGCGCAGTATC; shKLHL7(2): CTGCTAGAATTTCCGTGAATA; shRASA2: GAATCTGCGCTACTATGTAGA;基因表达载体:pLV-Ubc-MCS-IRES-Bsd 阅读提示:STAR★Methods, Plasmid |
| 动物实验 | 6周龄雄性BALB/c裸鼠,5×10^6细胞皮下接种,乐伐替尼10 mg/kg口服每周5次,肿瘤体积约100 mm^3时开始给药,肿瘤体积公式length×width^2/2 阅读提示:STAR★Methods, Experimental model and subject details |
| 免疫组化 | 抗体稀释度:KLHL7 1:100, RASA2 1:100, P-ERK1/2 1:50 阅读提示:STAR★Methods, Patient specimens and tissue microarrays |
| 泛素化实验 | HA-Ubiquitin质粒(WT、K48、K63),转染后48小时裂解,SBP标签蛋白用链霉亲和素珠子富集 阅读提示:STAR★Methods, Ubiquitination assay |
| GST-RAF1 RBD pulldown | GST-RBD (10 μg),4°C孵育60 min 阅读提示:STAR★Methods, GST-RAF1 RBD pulldown |
| 克隆形成实验 | 1000细胞/孔种于12孔板,处理2周,100%甲醇固定30 min,0.1%结晶紫染色 阅读提示:STAR★Methods, Colony formation assays |
| 软琼脂克隆形成实验 | 底层0.6%低熔点琼脂,上层0.35%低熔点琼脂含2000细胞,培养3周 阅读提示:STAR★Methods, The soft agar colony formation assay |
| 细胞活力实验 | 96孔板,10% CCK-8孵育30 min,450 nm吸光度 阅读提示:STAR★Methods, Cell viability assays |
| 实时荧光定量PCR | TRIzol提取RNA,逆转录试剂和qPCR mix来自Vazyme,引物序列见STAR★Methods 阅读提示:STAR★Methods, Real-time PCR |