中国肺癌患者肠道微生物组和血清短链脂肪酸与化疗或靶向治疗应答的关联

Gut microbiome and serum short-chain fatty acids are associated with responses to chemo- or targeted therapies in Chinese patients with lung cancer.

作者信息Huan-Huan Chen, Qi-Jun Wu, Tie-Ning Zhang, Yu-Hong Zhao
PMID37564290
发布时间2023-07-19
DOI10.3389/fmicb.2023.1165360

实验完整度

包含临床队列的微生物组与代谢物分析以及A549细胞体外功能与机制实验,但缺少动物模型或患者样本的功能验证。

主要模型

A549人非小细胞肺癌细胞系

重点核对

肠道微生物α-多样性指数(Chao1、Shannon、Simpson)与治疗应答的关联 血清中短链脂肪酸(尤其是乙酸盐和异丁酸盐)的浓度差异 异丁酸处理A549细胞的浓度(0.21、0.62、1.85、5.56、16.67、50 mM)及处理时间(48小时) 异丁酸对A549细胞增殖、克隆形成、迁移、侵袭、凋亡和细胞周期的影响 异丁酸处理对GPR41、GPR43、GPRC5A、PAR1及组蛋白乙酰化标记物的表达影响

摘要

背景:肠道微生物与短链脂肪酸(SCFAs)以及接受治疗的肺癌(LC)患者的治疗应答之间的关联仍然未知。方法:前瞻性收集接受治疗的LC患者的粪便和血清样本,将患者分为应答者(如果呈现持久临床获益)和无应答者(如果未呈现)。使用16S核糖体DNA测序分析肠道微生物组成。使用气相色谱检测血清SCFA浓度。对异丁酸处理的A549细胞进行细胞增殖、迁移、侵袭、细胞周期和凋亡测定。进行了逆转录定量PCR、Western blotting、免疫细胞化学和免疫荧光染色实验以研究相关基因或蛋白的表达。结果:与应答者相比,无应答者具有更高的微生物α多样性但更低的β多样性。与低α多样性的患者相比,高α多样性的患者显示出显著较短的无进展生存期。此外,两组之间也观察到β多样性的差异。具体而言,Parasutterella、Clostridiaceae和Prevotella_7在应答者中更丰富,而Bacteroides_stercoris和Christensenellaceae_R-7_group在无应答者中更丰富。血清SCFA(尤其是乙酸盐和异丁酸盐)水平在应答者中趋于更高。异丁酸通过诱导细胞凋亡和G1/S期阻滞抑制A549细胞的增殖、迁移和侵袭,同时上调GPR41、GPR43和GPR5C的表达并下调PAR1的表达,并增加组蛋白乙酰转移酶的活性。结论:我们揭示了肠道微生物群和SCFAs对LC患者治疗应答的影响以及异丁酸的抗肿瘤作用,表明它们作为治疗靶点的潜在用途。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
肠道微生物组成和血清短链脂肪酸水平是否与接受化疗或靶向治疗的中国肺癌患者的治疗应答相关,以及异丁酸是否具有抗肿瘤作用及分子机制。
核心机制
异丁酸通过上调GPR41、GPR43和GPRC5A表达,下调PAR1表达,并增加组蛋白乙酰转移酶活性,诱导A549细胞凋亡和G1/S期阻滞,从而抑制细胞增殖、迁移和侵袭。
主要证据
基于60例患者粪便16S rDNA测序和血清SCFA质谱分析,发现应答者与无应答者之间存在α多样性和β多样性差异及特定菌群丰度差异;体外实验中,1.85 mM异丁酸处理A549细胞48小时,通过CCK-8、克隆形成、Transwell、流式细胞术、RT-qPCR、Western blot、免疫细胞化学和免疫荧光等检测验证了其抑制作用及机制。
研究意义
研究提示肠道菌群和短链脂肪酸(尤其是异丁酸)可作为肺癌治疗的潜在靶点,为开发新的治疗策略提供了基础。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

临床样本收集与分组

评估肺癌患者肠道微生物组成和血清SCFA水平与治疗应答的关系

前瞻性收集60例肺癌患者的粪便和血清样本,根据治疗应答分为应答者和无应答者,每组各30例。

2

肠道微生物组成分析

比较应答者和无应答者之间肠道微生物多样性和组成的差异

通过16S rDNA基因测序分析粪便样本的微生物组成,评估α多样性(Chao1、Shannon、Simpson指数)和β多样性(PCoA和Bray-Curtis距离),并使用MetaStat和LEfSe分析差异菌群。

3

血清SCFA浓度检测

比较应答者和无应答者之间血清SCFA水平的差异

使用气相色谱-串联质谱检测血清中乙酸、丁酸、己酸、异丁酸、异戊酸、丙酸和戊酸的浓度。

4

异丁酸对A549细胞恶性生物学行为的影响

评估异丁酸对肺癌细胞增殖、迁移和侵袭的抑制作用

使用不同浓度异丁酸处理A549细胞,通过CCK-8、克隆形成和Transwell实验评估细胞活力、克隆形成能力、迁移和侵袭。

5

异丁酸对细胞凋亡和细胞周期的影响

探究异丁酸抑制A549细胞增殖的机制是否涉及凋亡和细胞周期阻滞

通过流式细胞术检测异丁酸处理后的细胞凋亡率和细胞周期分布。

6

异丁酸对GPCRs和组蛋白乙酰化相关蛋白表达的影响

探究异丁酸作用的分子机制,包括GPCR表达和组蛋白乙酰化水平

通过RT-qPCR、Western blot、免疫细胞化学和免疫荧光检测GPR41、GPR43、GPRC5A、PAR1、乙酰化组蛋白H3/H4及组蛋白H3/H4的表达,并使用HAT活性检测试剂盒评估组蛋白乙酰转移酶活性。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
Ham's F-12K培养基SolarbioPM150910
胎牛血清----
A549细胞系Procell--
异丁酸AladdinI103524
细胞计数试剂盒-8WanleibioWLA074
酶标仪BioTek800TS
Wright-Giemsa染色液----
Transwell小室LABSELECT14341
Annexin V-FITC凋亡检测试剂盒WanleibioWLA001
A-PI细胞周期检测试剂盒WanleibioWLA010
流式细胞仪ACEANovoCyte
TriPure裂解液BioTekRP1001
ExicyclerTM 96实时荧光定量PCR仪BIONEERExicyclerTM 96
SYBR Green qPCR预混液SolarbioSY1020
牛血清白蛋白WanleibioWLA004
抗乙酰化组蛋白H3抗体AbclonalA7255
抗组蛋白H3抗体WanleibioWL0984a
抗乙酰化组蛋白H4抗体AbclonalA7258
抗组蛋白H4抗体WanleibioA1131
抗GPR41抗体Proteintech66811-1-Ig
抗GPR43抗体AffinityDF2746
抗GPRC5A抗体AffinityDF5148
抗PAR1抗体AffinityAF0263
ECL化学发光液WanleibioWLA003
Triton X-100BeyotimeST975
DAPI染液AladdinD106471-5 mg
荧光封片剂AladdinS2100
核质蛋白提取试剂盒WanleibioWLA020
BCA蛋白定量试剂盒WanleibioWLA004
组蛋白乙酰转移酶活性检测试剂盒Abcamab65352

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
临床样本收集
患者入组时间(2020年6月至12月)、应答者和无应答者的定义、样本类型为粪便和血清、样本量(每组30例)
阅读提示:Methods - Study population and sample collection
肠道微生物测序
16S rDNA测序流程,包括DNA提取、扩增、文库制备和测序;α多样性指数(Chao1、Shannon、Simpson)和β多样性分析方法
阅读提示:Methods - 16S ribosomal DNA (rDNA) gene sequencing; Results - Figure 1
血清SCFA检测
GC-MS/MS检测的SCFA种类(乙酸、丁酸、己酸、异丁酸、异戊酸、丙酸、戊酸)及浓度比较
阅读提示:Methods - Analysis of concentration of SCFAs; Results - Figure 3A
细胞实验
A549细胞培养条件(Ham's F-12K + 10%FBS,37°C,5%CO2);异丁酸处理浓度(1.85 mM)和时间(48小时)
阅读提示:Methods - Cell culture and reagents; Results - Figure 4
分子机制实验
RT-qPCR引物序列(补充表1);Western blot抗体稀释比例(1:1000/1:500);HAT活性检测试剂盒(ab65352)和核蛋白提取试剂盒(WLA020)的使用步骤
阅读提示:Methods - Reverse transcription-quantitative PCR, Western blot analysis, Histone acetyltransferase activity assay; 补充材料