临床样本收集与分组
评估肺癌患者肠道微生物组成和血清SCFA水平与治疗应答的关系
前瞻性收集60例肺癌患者的粪便和血清样本,根据治疗应答分为应答者和无应答者,每组各30例。
Gut microbiome and serum short-chain fatty acids are associated with responses to chemo- or targeted therapies in Chinese patients with lung cancer.
包含临床队列的微生物组与代谢物分析以及A549细胞体外功能与机制实验,但缺少动物模型或患者样本的功能验证。
A549人非小细胞肺癌细胞系
肠道微生物α-多样性指数(Chao1、Shannon、Simpson)与治疗应答的关联 血清中短链脂肪酸(尤其是乙酸盐和异丁酸盐)的浓度差异 异丁酸处理A549细胞的浓度(0.21、0.62、1.85、5.56、16.67、50 mM)及处理时间(48小时) 异丁酸对A549细胞增殖、克隆形成、迁移、侵袭、凋亡和细胞周期的影响 异丁酸处理对GPR41、GPR43、GPRC5A、PAR1及组蛋白乙酰化标记物的表达影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估肺癌患者肠道微生物组成和血清SCFA水平与治疗应答的关系
前瞻性收集60例肺癌患者的粪便和血清样本,根据治疗应答分为应答者和无应答者,每组各30例。
比较应答者和无应答者之间肠道微生物多样性和组成的差异
通过16S rDNA基因测序分析粪便样本的微生物组成,评估α多样性(Chao1、Shannon、Simpson指数)和β多样性(PCoA和Bray-Curtis距离),并使用MetaStat和LEfSe分析差异菌群。
比较应答者和无应答者之间血清SCFA水平的差异
使用气相色谱-串联质谱检测血清中乙酸、丁酸、己酸、异丁酸、异戊酸、丙酸和戊酸的浓度。
评估异丁酸对肺癌细胞增殖、迁移和侵袭的抑制作用
使用不同浓度异丁酸处理A549细胞,通过CCK-8、克隆形成和Transwell实验评估细胞活力、克隆形成能力、迁移和侵袭。
探究异丁酸抑制A549细胞增殖的机制是否涉及凋亡和细胞周期阻滞
通过流式细胞术检测异丁酸处理后的细胞凋亡率和细胞周期分布。
探究异丁酸作用的分子机制,包括GPCR表达和组蛋白乙酰化水平
通过RT-qPCR、Western blot、免疫细胞化学和免疫荧光检测GPR41、GPR43、GPRC5A、PAR1、乙酰化组蛋白H3/H4及组蛋白H3/H4的表达,并使用HAT活性检测试剂盒评估组蛋白乙酰转移酶活性。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | Ham's F-12K培养基 | Solarbio | PM150910 |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| A549细胞系 | Procell | -- | |
| 细胞处理 | 异丁酸 | Aladdin | I103524 |
| 细胞活力检测 | 细胞计数试剂盒-8 | Wanleibio | WLA074 |
| 酶标仪 | BioTek | 800TS | |
| 克隆形成实验 | Wright-Giemsa染色液 | -- | -- |
| Transwell实验 | Transwell小室 | LABSELECT | 14341 |
| 流式细胞术 | Annexin V-FITC凋亡检测试剂盒 | Wanleibio | WLA001 |
| A-PI细胞周期检测试剂盒 | Wanleibio | WLA010 | |
| 流式细胞仪 | ACEA | NovoCyte | |
| RT-qPCR | TriPure裂解液 | BioTek | RP1001 |
| ExicyclerTM 96实时荧光定量PCR仪 | BIONEER | ExicyclerTM 96 | |
| SYBR Green qPCR预混液 | Solarbio | SY1020 | |
| Western blot | 牛血清白蛋白 | Wanleibio | WLA004 |
| 抗乙酰化组蛋白H3抗体 | Abclonal | A7255 | |
| 抗组蛋白H3抗体 | Wanleibio | WL0984a | |
| 抗乙酰化组蛋白H4抗体 | Abclonal | A7258 | |
| 抗组蛋白H4抗体 | Wanleibio | A1131 | |
| 抗GPR41抗体 | Proteintech | 66811-1-Ig | |
| 抗GPR43抗体 | Affinity | DF2746 | |
| 抗GPRC5A抗体 | Affinity | DF5148 | |
| 抗PAR1抗体 | Affinity | AF0263 | |
| ECL化学发光液 | Wanleibio | WLA003 | |
| 免疫细胞化学 | Triton X-100 | Beyotime | ST975 |
| 免疫荧光 | DAPI染液 | Aladdin | D106471-5 mg |
| 荧光封片剂 | Aladdin | S2100 | |
| 组蛋白乙酰转移酶活性检测 | 核质蛋白提取试剂盒 | Wanleibio | WLA020 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Wanleibio | WLA004 | |
| 组蛋白乙酰转移酶活性检测试剂盒 | Abcam | ab65352 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本收集 | 患者入组时间(2020年6月至12月)、应答者和无应答者的定义、样本类型为粪便和血清、样本量(每组30例) 阅读提示:Methods - Study population and sample collection |
| 肠道微生物测序 | 16S rDNA测序流程,包括DNA提取、扩增、文库制备和测序;α多样性指数(Chao1、Shannon、Simpson)和β多样性分析方法 阅读提示:Methods - 16S ribosomal DNA (rDNA) gene sequencing; Results - Figure 1 |
| 血清SCFA检测 | GC-MS/MS检测的SCFA种类(乙酸、丁酸、己酸、异丁酸、异戊酸、丙酸、戊酸)及浓度比较 阅读提示:Methods - Analysis of concentration of SCFAs; Results - Figure 3A |
| 细胞实验 | A549细胞培养条件(Ham's F-12K + 10%FBS,37°C,5%CO2);异丁酸处理浓度(1.85 mM)和时间(48小时) 阅读提示:Methods - Cell culture and reagents; Results - Figure 4 |
| 分子机制实验 | RT-qPCR引物序列(补充表1);Western blot抗体稀释比例(1:1000/1:500);HAT活性检测试剂盒(ab65352)和核蛋白提取试剂盒(WLA020)的使用步骤 阅读提示:Methods - Reverse transcription-quantitative PCR, Western blot analysis, Histone acetyltransferase activity assay; 补充材料 |