筛选UTUC差异基因并进行富集分析
识别UTUC与癌旁组织的差异表达基因,并比较与膀胱癌的异同。
对4对自测序UTUC样本及GEO数据集(GSE19912、GSE47702)进行差异表达分析,并整合TCGA膀胱癌数据,筛选出UTUC特异性差异基因,进行GO和KEGG富集分析。
Transcriptomic insights into UTUC: role of inflammatory fibrosis and potential for personalized treatment.
研究包含转录组测序与多数据集差异分析、临床样本验证、细胞共培养实验、动物模型验证及药物筛选,涉及体外和体内多层次验证。
UTUC肿瘤组织及癌旁组织(包括自测序4对和GEO数据集样本) 膀胱癌组织及癌旁组织(TCGA数据库) J82和UMUC3尿路上皮癌细胞系 BJ-hTERT成纤维细胞共培养模型 马兜铃酸肾病小鼠模型(C57BL/6小鼠)
UTUC与BC的差异基因筛选(LogFC>1, p<0.05),至少出现两次的基因。 五个基因(SDC1, LUM, VEGFA, TIMP3, WNT7B)在UTUC和BC中的表达差异(RT-qPCR)及与预后的关系。 风险评分模型(Riskscore = ExpSDC1×0.06290643 - ExpLUM×0.1229299 + ExpVEGFA×0.0428134 - ExpTIMP3×0.0721954 + ExpWNT7B×0.0728519)。 细胞共培养实验:J82/UMUC3与成纤维细胞(BJ-hTERT)共培养,加入AA刺激,筛选后检测迁移侵袭能力。 小鼠模型:AA诱导肾病模型,给予Erlotinib 50mg/kg/d或生理盐水灌胃2周,Masson染色检测纤维化。
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别UTUC与癌旁组织的差异表达基因,并比较与膀胱癌的异同。
对4对自测序UTUC样本及GEO数据集(GSE19912、GSE47702)进行差异表达分析,并整合TCGA膀胱癌数据,筛选出UTUC特异性差异基因,进行GO和KEGG富集分析。
验证蛋白聚糖、细胞粘附分子和细胞外基质通路在UTUC中的变化及其相互关系。
通过GSEA分析验证这些通路在UTUC中的下调,并用ssGSEA和相关性分析评估三个通路之间的关联。利用STRING和Cytoscape构建PPI网络并识别hub基因。
验证SDC1、LUM、VEGFA、TIMP3、WNT7B在UTUC中的表达及其与转移和预后的关系。
在69例UTUC样本中,通过RT-qPCR检测候选基因表达,比较UTUC和BC表达差异,并通过生存分析和ROC曲线评估其预后价值。基于Cox回归构建风险模型。
验证炎症性纤维化对肿瘤细胞迁移和侵袭能力的影响。
将J82和UMUC3细胞与BJ-hTERT成纤维细胞共培养于含AA的培养基中,经嘌呤霉素筛选后,检测迁移和侵袭能力以及五个核心基因的表达变化。
筛选对UTUC高风险组有效的药物,并验证TKI类药物对炎症性纤维化的作用。
利用CTRPv2和PRISM数据库进行药物敏感性分析,结合风险模型评分,筛选出候选药物;用CMap验证;在AA肾病小鼠模型中验证Erlotinib的抗纤维化作用。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA提取 | TRIzol®试剂 | Invitrogen | -- |
| cDNA合成 | NovoScript® Plus 一步法第一链cDNA合成SuperMix(去除gDNA) | Novoprotein | E047 |
| RT-qPCR | NovoStart® SYBR两步法qRT-PCR试剂盒 | Novoprotein | E093 |
| QuantStudio Three实时荧光定量PCR系统 | Thermo Fisher | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Solarbio | -- |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Solarbio | -- | |
| PAGE凝胶快速制备试剂盒 | Epizyme | -- | |
| 硝酸纤维素膜 | Millipore | -- | |
| Odyssey CLx红外成像系统 | Gene Company Limited | -- | |
| 细胞培养 | 高糖DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素和链霉素 | -- | -- | |
| 细胞处理 | 马兜铃酸 | SJ-MN0173, Shandong Sparkjade Biotechnology Co., Ltd. | -- |
| 细胞筛选 | 嘌呤霉素 | TargetMol | T19978 |
| 细胞迁移/侵袭实验 | Transwell小室(8μm孔径) | Corning Inc. | -- |
| 动物实验 | 厄洛替尼 | TargetMol | T0373 |
| 细胞培养 | pWZL-Blast-Flag-HA-hTERT逆转录病毒载体 | Addgene | 22396 |
| J82细胞系 | Procell | -- | |
| UMUC3细胞系 | Procell | -- | |
| BJ细胞 | ATCC | CRL-2522 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本验证 | UTUC和BC样本的数量(25例UTUC,25例BC用于表达验证),以及剩余44例UTUC样本的预后分析。 阅读提示:Methods 'RNA isolation and quantitative PCR' 和 Results 'Core differential molecules...' 部分。 |
| 细胞共培养实验 | 共培养比例(1:10),AA浓度(未明确),共培养时间(14天后更换培养基,继续培养7天,嘌呤霉素筛选24小时)。 阅读提示:Methods 'Cell co-culture' 部分。 |
| 动物模型 | AA给药剂量(5mg/kg/d,7天),Erlotinib给药剂量(50mg/kg/d,2周),对照组(生理盐水)。 阅读提示:Methods 'Drug screening and aristolochic acid nephropathy mouse model drug validation' 部分。 |
| 风险模型 | 风险评分公式中各基因的系数,以及高低风险分组的界值。 阅读提示:Results 'Core differential molecules...' 和 Methods 'Survival analysis and risk model construction' 部分。 |