BCLAF1表达与预后分析
评估BCLAF1在HCC中的表达水平及其与临床预后的关系。
利用TCGA、GEO、CPTAC数据库分析BCLAF1 mRNA和蛋白表达;通过Western blot和IHC检测HCC组织中的BCLAF1表达;进行Kaplan-Meier生存分析和ROC曲线分析。
BCLAF1 binds SPOP to stabilize PD-L1 and promotes the development and immune escape of hepatocellular carcinoma.
研究包含患者样本IHC和数据库分析、细胞功能实验、机制验证(Co-IP、泛素化、突变体)及体外共培养免疫实验,证据层级丰富。
HepG2和SK-Hep1细胞系 HEK-293T细胞系 Jurkat细胞系 HCC患者组织样本
BCLAF1与SPOP相互作用通过SBC基序(137-141aa) BCLAF1抑制SPOP介导的PD-L1泛素化 BCLAF1表达与PD-L1正相关,与CD3/CD8负相关 BCLAF1过表达增强Atezolizumab在共培养模型中的疗效 SPOP敲低逆转BCLAF1敲低对PD-L1和T细胞功能的影响
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估BCLAF1在HCC中的表达水平及其与临床预后的关系。
利用TCGA、GEO、CPTAC数据库分析BCLAF1 mRNA和蛋白表达;通过Western blot和IHC检测HCC组织中的BCLAF1表达;进行Kaplan-Meier生存分析和ROC曲线分析。
探究BCLAF1表达与PD-L1表达和免疫细胞浸润的关系。
使用TCGA、TIMER、GEPIA数据库进行相关性分析;IHC检测105例HCC组织中BCLAF1和PD-L1表达并分析相关性;IHC检测50例HCC组织中BCLAF1、CD3、CD8表达并分析相关性。
验证BCLAF1是否调控PD-L1蛋白表达及其稳定性。
在HepG2和SK-Hep1细胞中过表达或敲低BCLAF1,检测PD-L1 mRNA和蛋白水平;使用MG-132和CHX处理评估蛋白降解和半衰期。
阐明BCLAF1是否通过SPOP调控PD-L1泛素化。
通过Co-IP、PLA、GST pull-down验证BCLAF1与SPOP的相互作用;进行体内泛素化实验检测BCLAF1对SPOP介导的PD-L1泛素化的影响。
验证SBC基序在BCLAF1-SPOP相互作用和SPOP-PD-L1轴调控中的必要性。
构建BCLAF1-mSBC突变体(137-“PRAAA”-141),通过Co-IP、GST pull-down、免疫荧光、泛素化实验和Western blot检测突变对相互作用和功能的影响。
评估BCLAF1及其SBC基序在HCC免疫逃逸和对Atezolizumab敏感性中的作用。
建立HCC细胞与Jurkat细胞共培养体系,用DMSO或Atezolizumab处理,检测PD-L1表达、PD-1/PD-L1结合、Jurkat细胞凋亡、细胞周期和细胞因子分泌。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Meilunbio | -- |
| RPMI-1640培养基 | Meilunbio | -- | |
| MEM培养基 | Meilunbio | -- | |
| 胎牛血清 | OriCell | -- | |
| 细胞转染 | Lipo6000转染试剂 | Beyotime | -- |
| 慢病毒感染 | pLVX-BCLAF1-Puro慢病毒载体 | Obio Technology | -- |
| pLVX-shBCLAF1-Puro慢病毒载体 | Obio Technology | -- | |
| pLVX-SPOP-Puro慢病毒载体 | Obio Technology | -- | |
| pLVX-shSPOP-Puro慢病毒载体 | Obio Technology | -- | |
| 蛋白质印迹 | RIPA裂解液(高强度) | -- | -- |
| 蛋白酶抑制剂 | -- | -- | |
| 硝酸纤维素膜 | GE Healthcare Sciences | -- | |
| 增强化学发光系统 | Santa Cruz Biotechnology | -- | |
| 免疫共沉淀 | 抗Flag M2琼脂糖珠 | Sigma | -- |
| 重组蛋白G琼脂糖珠 | Saier | -- | |
| PD-L1抗体 | -- | -- | |
| GST pull-down | 谷胱甘肽-琼脂糖珠 | Amersham Biosciences | -- |
| 邻位连接技术 | Duolink封闭液 | Sigma | -- |
| Duolink原位红色试剂盒 | Sigma-Aldrich | -- | |
| Duolink原位检测试剂红色 | Sigma | -- | |
| 免疫荧光 | 含DAPI的Prolong Gold封片剂 | -- | -- |
| 共聚焦显微镜 | Zeiss | LSM880 | |
| 荧光显微镜 | Nikon | Ds-Ri2 | |
| 实时荧光定量PCR | TRIzol试剂 | Tiangen | -- |
| HiScript® II第一链cDNA合成试剂盒 | Vazyme | -- | |
| SYBR Green PCR预混试剂盒 | Vazyme | -- | |
| 免疫组织化学 | PD-L1一抗 | Proteintech | 66248-1-Ig |
| BCLAF1一抗 | Proteintech | 67860-1-Ig | |
| DAB显色试剂盒 | Solarbio | G1212 | |
| 细胞增殖实验 | 细胞计数试剂盒-8 | Dojindo Laboratories | -- |
| 酶标仪 | Bio-Rad | -- | |
| 集落形成实验 | 吉姆萨染液 | Solarbio | -- |
| 迁移和侵袭实验 | 改良Boyden小室(8.0 μm) | Corning | 3342 |
| 基质胶/纤连蛋白 | BD Biosciences | -- | |
| 共培养系统 | 可溶性人CD3/CD28 T细胞激活剂 | Proteintech | KMS310 |
| 阿替利珠单抗 | -- | -- | |
| 流式细胞术 | Annexin V-FITC/PI凋亡试剂盒 | Multi Sciences | AP101 |
| FITC/PI细胞周期染色试剂盒 | Multi Sciences | CCS012 | |
| PD-L1/PD-1结合实验 | 重组人PD-1 FC嵌合蛋白 | R&D Systems | 1086-PD-050 |
| 抗人Alexa Fluor 488偶联抗体 | ThermoFisher Scientific | -- | |
| ELISA | 人IL-2 ELISA试剂盒 | Multi Sciences | EK102-48 |
| 人IL-4 ELISA试剂盒 | Multi Sciences | EK104/2-48 | |
| 人IL-10 ELISA试剂盒 | Multi Sciences | EK110/2-48 | |
| 人TNF-α ELISA试剂盒 | Multi Sciences | EK182-48 | |
| 人IFN-γ ELISA试剂盒 | Multi Sciences | EK180-48 | |
| 质粒构建 | KOD-Plus-突变试剂盒 | TOYOBO | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源(HepG2、SK-Hep1、HEK-293T、Jurkat)及培养基、血清条件 阅读提示:Materials and methods - Cell culture, transfection, and lentivirus infection |
| BCLAF1过表达/敲低 | 质粒(pCMV-Flag-BCLAF1)和shRNA序列(shBCLAF1#2)及转染/感染方法 阅读提示:Materials and methods - Cell culture, transfection, and lentivirus infection; Plasmid constructions |
| PD-L1蛋白稳定性检测 | MG-132浓度(20 μM)和处理时间(8h);CHX浓度(50 μg/mL)及时间点 阅读提示:Materials and methods - Cycloheximide treatment; Results - BCLAF1 stabilizes PD-L1 by inhibiting degradation... |
| 蛋白相互作用验证 | Co-IP抗体(Flag、Myc、PD-L1)和珠子(anti-Flag M2 agarose) 阅读提示:Materials and methods - In vivo ubiquitination assays and co-immunoprecipitation (Co-IP) |
| 共培养实验 | Jurkat细胞预活化(CD3/CD28 2 μg/mL 24h);共培养比例(1:5?);Atezolizumab浓度(10 ng/mL)和处理时间(24h) 阅读提示:Materials and methods - HCC and Jurkat cells co-culture system |
| 免疫组化评分 | 抗体(PD-L1 #66248-1-Ig; BCLAF1 #67860-1-Ig);评分标准(阳性细胞百分比和染色强度) 阅读提示:Materials and methods - Tissue samples and immunohistochemistry |