circGLIS3的鉴定和特征分析
在胃癌组织和细胞中鉴定circGLIS3的表达及环状特征。
通过RNA-seq在3对胃癌和配对正常组织中筛选差异表达circRNA,经qRT-PCR验证,检测circGLIS3表达与临床病理特征的相关性。验证circGLIS3的环状结构(RNase R抗性、Sanger测序),并进行FISH定位。
CircGLIS3 promotes gastric cancer progression by regulating the miR-1343-3p/PGK1 pathway and inhibiting vimentin phosphorylation.
包含体外细胞功能实验、体内动物模型、临床样本验证、RNA pull-down、双荧光素酶、RIP、Western blot及拯救实验,证据层级独立且含功能与机制验证。
胃癌细胞系AGS、HGC27、BGC-823 正常胃上皮细胞系GES-1 BALB/c裸鼠皮下移植瘤及尾静脉转移模型 THP-1诱导的M0巨噬细胞
circGLIS3在50对胃癌组织中的高表达与TNM分期、淋巴结转移相关 siRNA序列及过表达质粒效率验证 稳转BGC-823细胞建立及体内实验注射细胞数量(如3×10^6皮下注射) miR-1343-3p mimics/inhibitor及circGLIS3共转染拯救实验条件 外泌体提取和共培养时间(72小时)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
在胃癌组织和细胞中鉴定circGLIS3的表达及环状特征。
通过RNA-seq在3对胃癌和配对正常组织中筛选差异表达circRNA,经qRT-PCR验证,检测circGLIS3表达与临床病理特征的相关性。验证circGLIS3的环状结构(RNase R抗性、Sanger测序),并进行FISH定位。
验证circGLIS3对胃癌细胞增殖、迁移和侵袭的影响。
在HGC27和AGS细胞中敲低或过表达circGLIS3,通过CCK-8、EdU、Transwell和划痕实验检测细胞增殖、迁移和侵袭能力。
在动物模型中验证circGLIS3对肿瘤生长和转移的影响。
使用稳定敲低或过表达circGLIS3的BGC-823细胞进行皮下移植和尾静脉注射,检测肿瘤体积、重量及肺转移情况。
确定circGLIS3是否作为miRNA海绵与miR-1343-3p结合。
通过MS2-tagging pull-down实验富集circGLIS3相关miRNA,结合circBank预测,选择miR-1343-3p。构建野生型和突变型载体,进行双荧光素酶报告基因实验验证直接结合。
验证circGLIS3通过海绵吸收miR-1343-3p调控PGK1表达及PI3K/AKT通路。
在HGC27细胞中敲低circGLIS3,检测PGK1表达和PI3K/AKT通路蛋白;通过共转染miR-1343-3p抑制剂进行拯救实验,检测PGK1、p-PI3K、p-AKT水平及细胞功能变化。
验证circGLIS3与VIMENTIN蛋白结合并影响其Ser83磷酸化。
通过MS鉴定circGLIS3结合蛋白中包含VIMENTIN,circRIP实验验证结合。Western blot检测circGLIS3敲低或过表达后VIMENTIN不同位点(Ser38、Ser72、Ser83)的磷酸化变化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本收集 | 样本量(50对胃癌及配对正常组织)、患者来源(中山大学附属第一医院)、时间范围(2019年11月至2021年12月)、无术前放化疗 阅读提示:Materials and Methods中的Clinical specimens and ethical approval |
| 细胞系与培养条件 | 细胞系(AGS、HGC27、BGC-823等)、培养基种类(RPMI 1640或DMEM)、血清和抗生素浓度(10% FBS, 100 U/ml penicillin, 100 μg/ml streptomycin) 阅读提示:Materials and Methods中的Cell culture |
| 基因操作 | siRNA序列(si-hsa_circ_0002874_001/002)、过表达质粒(pLC5-ciR-circGLIS3)、转染试剂(Lipofectamine 3000)和剂量 阅读提示:Materials and Methods中的Plasmids and siRNA transfection |
| 体内实验 | 动物品系(BALB/c nude mice)、年龄/性别(4-6周龄雌性)、细胞注射数量(皮下3×10^6或5×10^6,尾静脉2×10^6)、实验终点(皮下28天,尾静脉21天) 阅读提示:Materials and Methods中的Animal models及图2图注 |
| 外泌体实验 | 外泌体提取方法(超速离心)、共培养时间(72小时)、细胞数量(1×10^7)、外泌体鉴定(TEM, NTA, WB标志物) 阅读提示:Materials and Methods中的Exosome isolation and identification及图6图注 |