临床样本中LINC00909表达与预后分析
评估LINC00909在PDAC组织中的表达水平及其与临床病理特征和预后的关联。
通过RT-qPCR检测20对新鲜PDAC组织及癌旁组织中LINC00909 mRNA水平;通过CISH检测80对组织芯片中LINC00909表达并计算H-score;进行Kaplan-Meier生存分析和多因素Cox回归分析。
LINC00909 up-regulates pluripotency factors and promotes cancer stemness and metastasis in pancreatic ductal adenocarcinoma by targeting SMAD4.
包含临床样本分析、体外细胞功能实验、机制验证(mRNA稳定性、SMAD4敲低回补)以及体内皮下和原位小鼠模型,证据层级相互独立。
PANC-1细胞 AsPC-1细胞 BALB/c裸鼠皮下和原位移植瘤模型 80对PDAC及癌旁组织
LINC00909过表达和敲低细胞系的构建及效率验证(RT-qPCR) SMAD4敲低效率验证(RT-qPCR,siSMAD4-2) CD133和ALDH1双阳性细胞比例的流式检测 体内实验中每组小鼠数量(皮下n=5,原位n=6) 放线菌素D处理浓度(1 mg/ml)和时间点
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估LINC00909在PDAC组织中的表达水平及其与临床病理特征和预后的关联。
通过RT-qPCR检测20对新鲜PDAC组织及癌旁组织中LINC00909 mRNA水平;通过CISH检测80对组织芯片中LINC00909表达并计算H-score;进行Kaplan-Meier生存分析和多因素Cox回归分析。
探究LINC00909对胰腺癌细胞增殖和迁移能力的作用。
构建LINC00909过表达和敲低的PDAC细胞系,通过CCK-8、集落形成、划痕和Transwell实验检测细胞增殖和迁移能力。
验证LINC00909是否调控胰腺癌干细胞表型和多能性因子的表达。
通过成球实验、流式细胞术检测CD133和ALDH1双阳性细胞比例,通过RT-qPCR和Western blot检测多能性因子(c-Myc、KLF4、OCT4、SOX2、NANOG、CD133)的mRNA和蛋白水平。
探索LINC00909是否通过抑制SMAD4表达来增强干性,并验证其作用机制。
检测LINC00909过表达和敲低对SMAD4 mRNA和蛋白水平的影响;在LINC00909敲低细胞中敲低SMAD4,观察干性表型和信号通路变化;通过放线菌素D处理检测SMAD4 mRNA稳定性。
评估LINC00909过表达在体内对肿瘤生长和转移的作用。
将PANC-1/Vector和PANC-1/LINC00909-OE细胞皮下注射至BALB/c裸鼠腹部,测量肿瘤体积和重量;建立原位移植瘤模型,观察脾转移情况;通过H&E和IHC染色分析肿瘤组织。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 药物处理 | 吉西他滨 | Univ | abs814679 |
| Western blot | CD133抗体 | Cell Signaling Technology | 64326 |
| c-Myc抗体 | Cell Signaling Technology | 5605 | |
| NANOG抗体 | Cell Signaling Technology | 4903 | |
| SOX2抗体 | Cell Signaling Technology | 14962 | |
| 流式分析 | CD133抗体 | Cell Signaling Technology | 53276 |
| ALDH1A1抗体 | Cell Signaling Technology | 65583 | |
| Western blot | KLF4抗体 | Abcam | ab215036 |
| OCT4抗体 | Abcam | ab181557 | |
| BCL-2抗体 | Abcam | ab32124 | |
| PUMA抗体 | Abcam | ab33906 | |
| β-actin抗体 | Abcam | ab8226 | |
| GAPDH抗体 | Abcam | ab8245 | |
| SMAD4抗体 | Affinity | AF5247 | |
| 磷酸化JNK抗体 | Affinity | AF3318 | |
| JNK抗体 | Affinity | AF6318 | |
| 磷酸化JUN抗体 | Affinity | AF3095 | |
| c-JUN抗体 | Affinity | AF6090 | |
| TWIST抗体 | Affinity | AF4009 | |
| SNAIL抗体 | Affinity | AF6032 | |
| FISH | Cy3标记的LINC00909探针 | Servicebio | -- |
| 细胞培养 | RPMI 1640培养基 | Gibco | -- |
| 高糖DMEM培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 成球实验 | DMEM/F12培养基 | Gibco | -- |
| B-27添加剂 | Gibco | -- | |
| 成纤维细胞生长因子 | Invitrogen | -- | |
| 表皮生长因子 | Invitrogen | -- | |
| RT-qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| High Capacity RNA-to-cDNA试剂盒 | TakaRa | -- | |
| Western blot | BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23235 |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| Tanon-5200化学发光成像系统 | Tanon | -- | |
| 激光共聚焦显微镜 | 激光扫描共聚焦显微镜 | Olympus | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本分析 | 样本数量:80对PDAC及癌旁组织;来源:广东省人民医院;存储温度:80°C 阅读提示:Materials and methods:Patients and clinical samples |
| 细胞培养 | 细胞系:PANC-1、BxPC-3、CAPAN-2、AsPC-1、SW1990、HPDE-6;培养基:RPMI 1640或高糖DMEM;血清浓度:10% FBS;培养条件:37°C,5% CO2 阅读提示:Materials and methods:PDAC cell lines and culture |
| LINC00909过表达和敲低 | 过表达载体:lentivirus [NR_024484.1] 编码EFS-hLINC00909-CMV-EGFP/T2A/Puro;敲低:siRNA转染(序列见表S1);筛选:嘌呤霉素 阅读提示:Materials and methods:Lentivirus infection and siRNA KD |
| 增殖和迁移实验 | CCK-8实验:每孔2×10^3细胞,培养0、24、48、72小时;集落形成:每孔3000细胞,培养7天;Transwell:5×10^4细胞,DMEM中10% FBS,下室20% FBS,24-48小时 阅读提示:Materials and methods:Proliferation assays;Wound-healing and Transwell assays |
| 干性表型分析 | 成球实验:5×10^3细胞,超低吸附六孔板,DMEM/F12 + B-27 (1:50) + FGF (20 ng/ml) + EGF (20 ng/ml),培养7天,计数直径>50μm的球体;流式:CD133和ALDH1双阳性比例 阅读提示:Materials and methods:Sphere-formation assays;Figure 4D-F |
| SMAD4 mRNA稳定性 | 放线菌素D浓度:1 mg/ml;处理时间点参照图5M-O;RT-qPCR检测SMAD4 mRNA水平 阅读提示:Figure 5M-O;Materials and methods:RT-qPCR assays |
| 体内动物模型 | 皮下模型:每组5只BALB/c裸鼠,注射PANC-1/Vector或PANC-1/LINC00909-OE细胞;原位模型:每组6只;肿瘤体积测量:每10天一次;6周后分析脾转移 阅读提示:Figure 7A-G;Results:LINC00909 accelerated tumor growth and metastasis in vivo |