发现 miR-107 和 miR-425 在 BCBM 中富集
鉴定与乳腺癌脑转移相关的差异表达 microRNA
分析 GEO 数据集(GSE68373、GSE37407、GSE134108、GSE73002、GSE40525、GSE22220、GSE12276/2034/2603/5327/14020)和 WFBCCC 患者血清 EVs,检测 miR-107 和 miR-425 表达及其与预后的关联。
Breast Cancer-Derived Extracellular Vesicle miR-425-5p (miR-425) Promotes Brain Metastasis via Activating Astrocytes Through the Novel miR-425-ZNF24-CCL8 Signaling Axis.
包含患者血清和 GEO 数据集分析、体外细胞系和原代星形胶质细胞实验、类器官样乳腺球实验、动物模型(心内注射)及机制验证(双荧光素酶、ChIP-qPCR)。
SKBR3 细胞系(HER2 富集型乳腺癌)及其脑转移亚系 SKBRM CN34 细胞系(三阴性乳腺癌)及其脑转移亚系 CN34-BRM 永生化人星形胶质细胞(E6/E7/hTERT) 雌性无胸腺小鼠心内注射模型
乳腺癌细胞系 SKBR3 和 CN34 及其脑转移亚型 星形胶质细胞活化(GFAP 蛋白和 mRNA 表达) miR-425 过表达或抑制后乳腺球形成能力 ZNF24 与 CCL8 启动子结合的 ChIP-qPCR 小鼠心内注射模型中脑转移的大小(IVIS 成像)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定与乳腺癌脑转移相关的差异表达 microRNA
分析 GEO 数据集(GSE68373、GSE37407、GSE134108、GSE73002、GSE40525、GSE22220、GSE12276/2034/2603/5327/14020)和 WFBCCC 患者血清 EVs,检测 miR-107 和 miR-425 表达及其与预后的关联。
评估 miR-107 和 miR-425 对乳腺癌细胞干性的影响
在 SKBR3 和 CN34 细胞中转染 miRNA mimic 或 inhibitor,进行乳腺球形成实验。
验证乳腺癌细胞来源的 EV-miR-425 能否激活星形胶质细胞
用 miR-425 模拟物转染 SKBR3 或 CN34 细胞,收集培养基或分离 EVs 刺激人星形胶质细胞,检测 GFAP 表达;或转染 miR-425 抑制剂后刺激。
鉴定 miR-425 激活的星形胶质细胞分泌的关键细胞因子
收集 miR-425 模拟物转染的星形胶质细胞条件培养基,进行细胞因子阵列,并验证 CCL8、SCF 等对星形胶质细胞活化和乳腺球形成的影响。
识别介导 miR-425 诱导星形胶质细胞活化的下游转录因子
通过 TargetScan 和 GeneCards 预测,检测候选基因表达,并用双荧光素酶报告实验验证 miR-425 与 ZNF24 3'-UTR 的结合。
验证 ZNF24 是否直接抑制 CCL8 表达并调节星形胶质细胞活化
在星形胶质细胞中过表达或敲低 ZNF24,检测 CCL8 表达;用 ChIP-qPCR 和双荧光素酶报告实验验证 ZNF24 直接结合 CCL8 启动子。
在体内评估 miR-425 对乳腺癌脑转移生长的影响
将稳定表达荧光素酶和 miR-425 或对照的 SKBR3 细胞心内注射至裸鼠,通过 IVIS 监测脑和骨转移,并进行免疫组化分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | SKBR3 | ATCC | HTB-30 |
| 支原体检测试剂盒 | InvivoGen | rep-mys-10 | |
| 普拉莫辛 | Sigma-Aldrich | 10-799-050-001 | |
| EV 分离 | ExoQuick-TC ULTRA 试剂盒 | System Biosciences | EQULTRA-20TC-1 |
| ExoQuick ULTRA 试剂盒 | System Biosciences | EQULTRA-20A-1 | |
| EV 表征 | Nanosight NS50 | Malvern Instruments | -- |
| RNA 提取 | RNeasy 微型试剂盒 | Qiagen | 74106 |
| cDNA 合成 | SuperScript III 逆转录酶 | Invitrogen | 18080093 |
| qPCR | GoTaq qPCR 预混液 | Promega | A6001 |
| miRNA 提取 | miRNeasy 微型试剂盒 | Qiagen | 217004 |
| miRNA RT-qPCR | QuantStudio 3 实时荧光定量 PCR 系统 | Applied Biosystems | A28137 |
| 转染 | Lipofectamine RNAiMAX 转染试剂 | ThermoFisher | 13778150 |
| X-tremeGENE HP DNA 转染试剂 | Millipore Sigma | 6366244001 | |
| Western blot | 10% 或 4-20% 预制 SDS-PAGE 凝胶 | Bio Rad | 5671033 or 5671093 |
| CCL8/MCP-2 抗体 | Abcam | ab155966 | |
| SCF 抗体 | Cell Signaling | CST2093S | |
| Vinculin 抗体 | Cell Signaling Technology | CST13901S | |
| ZNF24 抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-392259 | |
| IHC | Ki-67 抗体 | Cell Signaling Technology | 9027S |
| GFAP 抗体 | Abcam | 68428 | |
| ZNF24 抗体 | Proteintech | 11219-1-AP | |
| PTEN 抗体 | Cell Signaling Technology | CST9559 | |
| 乳腺球实验 | 24 孔超低吸附板 | SigmaAldrich | CLS3473 |
| 免疫荧光 | GFAP 抗体 | Cell Signaling Technology | 3656 |
| ZNF24 抗体(FITC) | Bioss | bs18508R-FITC | |
| 小鼠-小鼠封闭试剂 | ScyTek | MTM015 | |
| 细胞因子阵列 | 人细胞因子抗体阵列 | Abcam | ab133998 |
| ELISA | 人 MCP2/CCL8 ELISA 试剂盒 | Abcam | ab223856 |
| 人 SCF ELISA 试剂盒 | Abcam | ab176109 | |
| 小鼠 MCP2 ELISA 试剂盒(CCL8) | Abcam | ab203366 | |
| 小鼠 SCF ELISA 试剂盒 | Abcam | ab197750 | |
| ChIP | EZ-ChIP 试剂盒 | Millipore Sigma | 17-371 |
| ZNF24 抗体(用于 ChIP) | scbt | sc-393359 | |
| 双荧光素酶报告 | Secrete-Pair 双发光检测试剂盒 | GeneCopoeia | LF032 |
| 质粒 | ZNF24 过表达质粒 | VectorBuilder | VB221017-1240ueu |
| ZNF24 shRNA 质粒 | Santa Cruz Biotechnology | sc-76969-SH | |
| 对照 shRNA 质粒 | Santa Cruz Biotechnology | sc-108060 | |
| 慢病毒转导 | Lenti-miR-425 表达构建体 | System Biosciences | PMIRH425-PA-1 |
| 对照 pre-miRNA 表达构建体 | System Biosciences | PMIRH000PA-1 | |
| 成像 | Keyence BZ-X810 显微镜 | Keyence | BZ-X810 |
| 动物实验 | 小动物活体成像系统 | Xenogen | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养和转染 | 细胞系 SKBR3, CN34, SKBRM, CN34-BRM 和永生化人星形胶质细胞的来源和培养条件;转染试剂(Lipofectamine RNAiMAX)的使用方法。 阅读提示:见 Materials and Methods 4.1 和 4.5 |
| EV 分离和表征 | 使用 ExoQuick 试剂盒分离 EVs,NTA 分析条件;从细胞或血清中分离 EVs 的方法。 阅读提示:见 Materials and Methods 4.2 |
| 乳腺球实验 | 细胞种板密度(500-2000 细胞/孔),计数天数(5/7/10 天),球体大小阈值(>100 µm)。 阅读提示:见 Materials and Methods 4.7 |
| 星形胶质细胞活化检测 | GFAP 免疫荧光和 mRNA 表达的检测方法;星形胶质细胞刺激条件(EVs 或条件培养基)。 阅读提示:见 Materials and Methods 4.8 和 Figure 3 |
| 细胞因子检测 | 细胞因子阵列和 ELISA 的具体试剂盒及操作;CCL8 和 SCF 检测的样品制备。 阅读提示:见 Materials and Methods 4.9 和 4.10 |
| 机制验证 | ZNF24 过表达和敲低的效率;双荧光素酶报告实验和 ChIP-qPCR 的具体条件。 阅读提示:见 Materials and Methods 4.11 和 4.12 |
| 体内实验 | 小鼠品系(雌性无胸腺)、周龄(5-6 周)、注射细胞数(2×10^5)、注射方式(心内),IVIS 成像参数。 阅读提示:见 Materials and Methods 4.13 |