生物信息学筛选差异表达基因
鉴定与结直肠癌转移相关的潜在关键基因
从UCSC Xena数据库获取TCGA-COAD数据,使用DeSeq2进行差异表达分析,与GeneCards中的转移相关基因取交集,通过COX回归和KM生存分析筛选关键基因。
ALPP Induces Epithelial-Mesenchymal Transition by Activating the Wnt/β-Catenin Signaling Pathway in Colorectal Cancer Cells.
包含生物信息学分析、体外细胞功能实验和Western blot验证,但缺乏动物模型和患者样本验证,未进行体内实验。
HT29细胞系 HCT116细胞系 NCM460正常结肠上皮细胞系
ALPP过表达或敲低后HT29和HCT116细胞的增殖、迁移和侵袭能力 EMT相关蛋白E-cadherin、N-cadherin、Vimentin和Snail的表达变化 Wnt/β-catenin通路蛋白APC、β-catenin、p-GSK3β的表达变化 TCGA-CRC队列中转移性和非转移性样本的ALPP表达差异
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定与结直肠癌转移相关的潜在关键基因
从UCSC Xena数据库获取TCGA-COAD数据,使用DeSeq2进行差异表达分析,与GeneCards中的转移相关基因取交集,通过COX回归和KM生存分析筛选关键基因。
验证ALPP对结直肠癌细胞增殖、迁移和侵袭的影响
在HT29和HCT116细胞中过表达或敲低ALPP,通过CCK-8、Transwell实验检测细胞增殖、迁移和侵袭能力。
验证ALPP对EMT相关蛋白表达的影响
通过免疫荧光和Western blot检测EMT相关蛋白E-cadherin、N-cadherin、Vimentin和Snail的表达变化。
验证ALPP对Wnt/β-catenin信号通路的调控作用
通过Western blot检测APC、β-catenin、p-GSK3β的表达,并使用Wnt/β-catenin激动剂1进行反向验证。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | 11995 |
| 胎牛血清 | ExCell Bio | YSN0121 | |
| 青霉素-链霉素溶液 | Beijing Solarbio | P1400 | |
| CO2培养箱 | Jiemei Electronics | CI-191C | |
| 细胞转染 | 胰蛋白酶 | Beijing Solarbio | P6730 |
| Lipofectamine 2000转染试剂 | Thermo Fisher Scientific | 11668019 | |
| Wnt/β-catenin验证 | Wnt/β-catenin激动剂1 | MedChemExpress | HY-114321 |
| CCK-8实验 | CCK-8试剂 | -- | -- |
| 酶标仪 | ReadMax | Flash | |
| Transwell实验 | 基质胶 | Beyotime | C0371 |
| 结晶紫 | -- | -- | |
| qPCR实验 | TRIzol试剂 | Beijing Solarbio | 15596026 |
| DEPC处理水 | aladdin | W293452 | |
| 反转录试剂盒 | Tiangen | KR118 | |
| 荧光定量PCR检测试剂盒 | Tiangen | FP313 | |
| 实时荧光定量PCR仪 | Bio-RAD | CFX | |
| Western blot实验 | 细胞裂解液 | Beijing Solarbio | R0010 |
| 蛋白酶抑制剂 | Beijing Solarbio | P0100 | |
| 蛋白磷酸酶抑制剂 | Beijing Solarbio | P1260 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beijing Solarbio | PC0020 | |
| 5×上样缓冲液 | Beijing Solarbio | P1040 | |
| PVDF膜 | -- | -- | |
| ALPP一抗 | Abcam | ab133602 | |
| GAPDH一抗 | Affinity Biosciences | AF7021 | |
| N-cadherin一抗 | Affinity Biosciences | AF5239 | |
| E-cadherin一抗 | Affinity Biosciences | BF0219 | |
| Vimentin一抗 | Affinity Biosciences | AF7013 | |
| GSK3β一抗 | Abcam | ab32391 | |
| p-GSK3β一抗 | Abcam | ab75814 | |
| Snail一抗 | Affinity Biosciences | AF6032 | |
| β-catenin一抗 | Abcam | ab32572 | |
| 山羊抗兔二抗 | Bioss | K008 | |
| 山羊抗小鼠二抗 | Bioss | K009 | |
| APC抗体 | Abcam | ab40778 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系:HT29、HCT116、NCM460;培养基:高糖DMEM+10%FBS+1%青霉素-链霉素;培养条件:37°C、5%CO2 阅读提示:Methods中的Cell Culture部分 |
| 细胞转染 | 转染效率验证:qPCR和Western blot在转染后48小时;转染试剂:Lipofectamine 2000;siRNA序列和质粒 阅读提示:Methods中的Cell Transfection部分及qPCR的siRNA序列 |
| CCK-8实验 | 细胞密度:3000细胞/孔;检测时间点:0,24,48,72小时;孵育3小时;波长450nm 阅读提示:Methods中的CCK8 Assay部分 |
| Transwell实验 | 基质胶稀释比例1:10;侵袭细胞密度3×10^6 cells/mL;迁移密度1×10^6 cells/mL;孵育12小时;结晶紫染色5分钟 阅读提示:Methods中的Transwell Assay部分 |
| Western blot实验 | 转染后48小时收集细胞;一抗稀释比:ALPP 1:1000, GAPDH 1:10000等;电泳条件:60V 45min, 120V 60min;转膜260mA 1h;封闭5%脱脂奶粉2h 阅读提示:Methods中的Western Blot Experiment部分 |
| Wnt/β-catenin通路验证 | siRNA转染48小时后加入0.5 μmol/L Wnt/β-catenin激动剂1,继续培养48小时 阅读提示:Methods中的Cell Transfection部分及Figure 6B legend |