SRGN表达与预后分析
评估SRGN在PLC中的表达水平及其与患者预后的关联。
利用GEPIA、Kaplan-Meier plotter、TIMER、CPTAC或HPA等数据库进行泛癌差异表达和预后分析;对TCGA-LIHC队列进行单基因差异表达分析、GSEA富集分析、免疫浸润(ssGSEA)和免疫检查点基因相关性分析。
Serglycin's role in primary liver cancer: insights into tumor microenvironment and macrophage interaction.
包含单细胞转录组、GEPIA/TIMER等生物信息学分析,HepG2细胞体外功能实验,裸鼠皮下移植瘤体内实验,以及巨噬细胞共培养和机制验证(NF-κB/STAT3通路)。
HepG2细胞系(SRGN过表达) BALB/c裸鼠皮下移植瘤模型 THP-1来源巨噬细胞 Huh7细胞系
SRGN过表达载体转染HepG2细胞的构建及验证 索拉非尼处理浓度(2-25 μM)及耐药指数 HepG2SG与HepG2-NC细胞皮下接种裸鼠的成瘤实验 THP-1巨噬细胞分化及与肝癌细胞共培养条件 IHC和IF检测CD34、CD80、CD206的切片处理
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估SRGN在PLC中的表达水平及其与患者预后的关联。
利用GEPIA、Kaplan-Meier plotter、TIMER、CPTAC或HPA等数据库进行泛癌差异表达和预后分析;对TCGA-LIHC队列进行单基因差异表达分析、GSEA富集分析、免疫浸润(ssGSEA)和免疫检查点基因相关性分析。
建立体外和体内研究SRGN功能的细胞模型。
SRGN序列克隆至pLVX-IRES-Neo载体,与包装质粒共转染293T细胞包装慢病毒,感染HepG2细胞并用G418筛选稳定表达细胞株HepG2SG和空载体对照HepG2-NC。
检测SRGN过表达对肝癌细胞增殖、耐药、侵袭和血管生成能力的影响。
通过CCK8实验检测细胞增殖和对索拉非尼的耐药性;Transwell实验检测细胞侵袭;利用HUVECs管形成实验和肿瘤细胞血管生成拟态实验评估血管生成能力,并使用RT-qPCR和Western blot验证SRGN表达。
验证SRGN在体内的促肿瘤生长和血管生成作用。
将HepG2SG和HepG2-NC细胞皮下注射至BALB/c裸鼠,监测肿瘤生长,4周后处死取材,测量肿瘤重量,并进行H&E、IHC(CD34)和PAS染色分析微血管密度。
探究SRGN过表达的肝癌细胞对巨噬细胞极化的影响及其反馈作用。
THP-1细胞经PMA诱导分化为M0巨噬细胞,与HepG2SG或HepG2-NC细胞共培养获得TAM2和TAM1。通过流式细胞术检测CD80和CD206,ELISA检测Arg1、SRGN等分泌因子,Western blot检测NF-κB和STAT3通路蛋白。
验证SRGN诱导的TAMs是否能反过来促进肝癌细胞的恶性表型。
将TAM1和TAM2分别与HepG2和Huh7细胞共培养,通过CCK8实验检测细胞活力,Transwell实验检测迁移和侵袭能力。
在单细胞水平上解析SRGN在肝癌微环境中的表达分布和细胞通讯网络。
对GSE242889数据集进行质量控制、降维聚类、细胞注释,分析SRGN在不同细胞类型中的表达,进行细胞周期评分、伪时间轨迹分析,并用CellChat分析细胞间通讯,重点关注VEGF信号网络。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| qPCR | Trizol试剂 | Invitrogen Corp | -- |
| 第一链cDNA合成试剂盒 | Takara Inc. | -- | |
| SYBR Green qPCR预混液 | Invitrogen Corp | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Thermo Scientific™ | -- |
| Immobilon-P转印膜 | Millipore | IPVH00010 | |
| 兔抗SRGN抗体 | BIOSS | bs-6789R | |
| 抗NF-κB抗体 | CST | D14E12 | |
| p65抗体 | CST | 8242 | |
| p65抗体 | CST | 3039 | |
| 磷酸化Stat3抗体 | CST | 9134 | |
| 抗STAT3抗体 | Abcam | EPR787Y, | |
| GAPDH抗体 | Kangcheng Bio | KC-5G5 | |
| 辣根过氧化物酶标记的兔抗大鼠IgG | Bode Biotech Co., Ltd. | BA1058 | |
| Pro-light HRP化学发光试剂盒 | TIANGEN | -- | |
| 药物处理 | 索拉非尼 | Selleck | S7397 |
| 二甲基亚砜 | Selleck | S1209 | |
| CCK8 | CellTiter 96 AQueous One Solution细胞增殖检测试剂 | Promega | G3582 |
| 血管生成实验 | 基质胶 | BD Company | 356234 |
| 细胞培养 | RPMI1640培养基 | -- | -- |
| 细胞分化 | 佛波醇12-豆蔻酸酯13-乙酸酯 | Solarbio | 16561-29-8 |
| 脂多糖 | Sigma-Aldrich | L2880 | |
| 干扰素-γ | 4Abiotech | -- | |
| 白细胞介素-4 | PeproTech | 200-04 | |
| 白细胞介素-13 | Beyotime | P5178 | |
| 流式细胞术 | CD80抗体 | eBioscience™ | 11-0809-42 |
| CD206抗体 | eBioscience™ | 17-2069-42 | |
| 免疫组化 | 抗CD34抗体 | ImmunoWay | YT0757 |
| DAB底物 | Abcam | ab64238 | |
| PAS染色试剂盒 | Solarbio | G1285 | |
| ELISA | ELISA试剂盒 | Elabscience | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 生物信息学分析 | 分析数据集GSE242889,质量控制标准(基因数>200,<5000,线粒体基因<10%),聚类分辨率0.3。 阅读提示:Methods 2.1 |
| 细胞培养与转染 | HepG2细胞,G418筛选浓度(400 μg/mL)和时间(1个月)。 阅读提示:Methods 2.5 |
| 体外功能实验 | 细胞增殖、侵袭、耐药和血管生成实验的具体条件。 阅读提示:Methods 2.8, 2.9, 2.10 |
| 动物实验 | BALB/c裸鼠的性别、周龄、体重,细胞接种量、部位、监测和处死方法。 阅读提示:Methods 2.11 |
| 巨噬细胞实验 | THP-1细胞密度,PMA浓度和处理时间,M1/M2极化条件,共培养时间和Transwell孔径。 阅读提示:Methods 2.15, 2.16 |