空间多组学分析
验证宫颈癌组织中糖酵解上调并识别肿瘤特异性表面标志物。
对临床CC组织进行空间代谢组学(AFADESI-MSI)和空间转录组学(10x Visium)分析,对比肿瘤区域与癌旁区域,鉴定差异代谢通路和受体。
Spatial multi-omics guides ASCT2-targeted delivery of glycolysis inhibitor for cervical cancer suppression and chemoresistance reversal.
包含空间代谢组学、空间转录组学、单细胞RNA-seq、TCGA、临床样本、细胞系、动物模型等多层级验证,并进行了功能验证和机制验证。
人宫颈癌细胞系SiHa SiHa-DDP耐药细胞系 SiHa异种移植瘤小鼠模型 SiHa-DR异种移植瘤小鼠模型
ASCT2在宫颈癌组织中的特异性高表达 GL@LND对HKⅡ的抑制及ATP耗竭 GL@LND@DDP对MRP2表达的抑制及DDP外排的减少 GL@LND@DDP对γ-H2AX标记的DNA损伤的增加
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证宫颈癌组织中糖酵解上调并识别肿瘤特异性表面标志物。
对临床CC组织进行空间代谢组学(AFADESI-MSI)和空间转录组学(10x Visium)分析,对比肿瘤区域与癌旁区域,鉴定差异代谢通路和受体。
多平台验证HKⅡ和ASCT2在宫颈癌中的特异性上调。
利用公共scRNA-seq数据集(GSE208653)、TCGA-CESC队列、配对临床样本(组织芯片和Western blot)、SiHa异种移植小鼠模型和多种宫颈癌细胞系,验证HKⅡ和ASCT2的表达。
制备谷氨酰胺功能化脂质体并表征其物理化学性质。
合成Gln-PEG2K-DSPE,采用薄膜分散法制备脂质体GL,负载LND(和DDP),通过TEM、DLS表征粒径和zeta电位,并测定包封率、载药量和释放曲线。
验证GL通过Gln-ASCT2相互作用实现肿瘤靶向。
体外:SiHa细胞与GL@Cy7共孵育,并用游离谷氨酰胺、GPNA或ASCT2抗体竞争抑制;体内:SiHa荷瘤小鼠静脉注射GL@Cy7,活体成像和离体器官成像。
评估GL@LND对糖酵解、线粒体功能、ROS和细胞凋亡的影响。
在SiHa细胞中检测HKⅡ蛋白水平、ATP含量、JC-1染色、DCFH-DA ROS探针、凋亡蛋白(Cyt-C, Bax, Bcl-2)、流式凋亡和细胞周期分析。
评估GL@LND在SiHa异种移植模型中的抗肿瘤效果和安全性。
建立SiHa皮下异种移植瘤模型,静脉注射不同制剂(每两天一次,共8次),监测肿瘤体积和体重,治疗后检测肿瘤组织标志物(Ki-67, TUNEL, 4-HNE, 8-OHdG)和血清生化指标。
评估GL@LND@DDP在顺铂耐药SiHa细胞(SiHa-DR)中的耐药逆转效果。
建立SiHa-DR细胞,检测耐药蛋白(MRP2, P-gp)、ATP、MRP2表达、CDCFDA积累(MRP2底物)、G6PD表达、NADP+/NADPH比例、γ-H2AX DNA损伤、凋亡和细胞活力。
验证GL@LND@DDP在SiHa-DR异种移植模型中的耐药逆转效果和安全性。
建立SiHa-DR皮下异种移植瘤模型,静脉注射不同制剂,监测肿瘤生长和体重,治疗后分析肿瘤组织标志物(Ki-67, TUNEL, MRP2)和血清生化。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 空间代谢组学 | OCT包埋剂 | Leica | 39475237 |
| 莱卡CM1950冰冻切片机 | Leica Microsystems | -- | |
| AFADESI质谱成像平台 | -- | -- | |
| 空间转录组学 | 10x Genomics Visium空间基因表达玻片 | 10x Genomics | PN-1000185 |
| DNBSEQ-T7测序仪 | BGI | -- | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 细胞活力 | 细胞计数试剂盒-8 | Bimake | -- |
| Western blot | 抗HKⅡ抗体 | Proteintech | YM8118 |
| 抗ASCT2抗体 | Immunoway | YT7482 | |
| 抗Bcl-2抗体 | Proteintech | 26593-1-AP | |
| 抗Bax抗体 | ABclonal | A7627 | |
| 抗细胞色素C抗体 | ABclonal | A4912 | |
| 抗P-糖蛋白抗体 | Immunoway | YT3692 | |
| 抗Survivin抗体 | ABways | CY5070 | |
| 抗MRP2抗体 | Immunoway | YT2840 | |
| 抗G6PD抗体 | Abclonal | A27296 | |
| 抗GAPDH抗体 | CST | D16H11 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | ABclonal | AC026 | |
| 脂质体合成 | NHS-PEG2K-DSPE | -- | -- |
| 大豆磷脂酰胆碱 | -- | -- | |
| 胆固醇 | -- | -- | |
| 脂质体表征 | 透射电子显微镜 | JEOL | -- |
| 纳米粒度及Zeta电位仪 | NanoBrook 90plus PALS | -- | |
| 药物释放 | Cy7荧光染料 | -- | -- |
| 体外靶向 | DAPI染料 | -- | -- |
| GPNA(ASCT2抑制剂) | -- | -- | |
| ASCT2抗体(封闭用) | -- | -- | |
| 活体成像 | AniView100小动物活体成像系统 | Guangzhou Biolight Biotechnology Co. | -- |
| ROS检测 | DCFH-DA探针 | Beyotime | -- |
| ATP检测 | 增强型ATP检测试剂盒 | Beyotime | S0027 |
| 线粒体功能 | 增强型线粒体膜电位检测试剂盒 | Beyotime | C2003S |
| NADP+/NADPH检测 | NADP+/NADPH检测试剂盒(WST-8法) | Beyotime | S0179 |
| 流式细胞术 | Annexin V-APC/7-AAD凋亡检测试剂盒 | MULTISCIENCES | AP105-60 |
| 碘化丙啶 | Elabscience | E-CK-A351 | |
| CDCFDA(MRP2底物) | -- | -- | |
| 免疫荧光 | γ-H2AX抗体 | Beyotime | C2035S |
| CD44抗体 | Immunoway | YM8279 | |
| 组织学 | 组织芯片 | Shanghai Outdo Biotech Co., Ltd. | -- |
| 抗Ki-67抗体 | Servicebio | GB151499 | |
| 抗4-羟基壬烯醛抗体 | Servicebio | GB150073 | |
| 抗8-羟基脱氧鸟苷抗体 | Bioss | bs-1278r | |
| TUNEL凋亡检测试剂盒 | Servicebio | G1501 | |
| 统计 | GraphPad Prism软件 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 空间多组学 | 临床标本的采集和保存条件(OCT包埋,-80°C);空间代谢组学和空间转录组学的具体参数(如切片厚度、质谱参数、Visium流程) 阅读提示:Materials and methods 中的 'Sample collection for spatial multi-omics analysis', 'Spatial metabolomic analysis', 'Spatial transcriptomic analysis' |
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养条件(DMEM+10%FBS,37°C,5% CO2);SiHa-DR耐药细胞系的建立方法(逐步增加DDP浓度,10个月) 阅读提示:Materials and methods 中的 'Cell lines and mice' |
| 脂质体制备 | 脂质成分及摩尔比(SPC:Chol:Gln-PEG2K-DSPE = 20:1:2);制备方法(薄膜分散法);粒径和zeta电位(108 nm, -44.18 mV) 阅读提示:Materials and methods 中的 'Synthesis and characterization of GL' |
| 体外靶向 | 竞争抑制实验的条件(Gln 4mM, GPNA 3mM, ASCT2抗体1:500);GL@Cy7浓度和孵育时间 阅读提示:Materials and methods 中的 'Targeting efficiency of GL' |
| 体内治疗 | 动物模型建立(皮下接种1x10^7细胞);给药剂量和方案(LND 10 mg/kg, DDP 2 mg/kg,每两天一次,共8次) 阅读提示:Materials and methods 中的 'Animal treatment' 和 'Statistical analysis' |