ICH模型建立与样本采集
建立胶原酶诱导的ICH小鼠模型,并在多个时间点采集脑组织样本。
对雄性C57BL/6小鼠进行胶原酶VII-S注射建立ICH模型,在Day 1, 3, 7, 14, 28收集脑组织,同时设置未处理对照组。
Single-nucleus transcriptomic profiling reveals temporal dynamics of neuroinflammation and myelin repair after intracerebral haemorrhage.
该研究结合了snRNA-seq、共表达网络分析、细胞通讯分析、RNA速率分析、免疫荧光染色等多种方法,涵盖了从模型建立、时间序列分析到机制探讨的多个实验层级。
胶原酶诱导的ICH小鼠模型 snRNA-seq数据 小鼠脑组织
ICH模型建立时间点 snRNA-seq细胞类型鉴定 炎症模块的动态变化 MIF信号通路 T细胞与少突胶质细胞相互作用
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立胶原酶诱导的ICH小鼠模型,并在多个时间点采集脑组织样本。
对雄性C57BL/6小鼠进行胶原酶VII-S注射建立ICH模型,在Day 1, 3, 7, 14, 28收集脑组织,同时设置未处理对照组。
绘制脑出血后损伤周围组织的转录组图谱,鉴定细胞类型和动态变化。
对采集的脑组织进行单核分离,制备snRNA-seq文库,在DNBSEQ平台进行测序。对原始数据进行质控、比对、双细胞去除、环境RNA去除,并进行批次校正、聚类和细胞类型注释。
识别与神经炎症和髓鞘修复相关的共表达基因模块。
使用hdWGCNA在每个时间点构建共表达网络,鉴定基因模块,并进行差异模块特征基因(DME)分析和功能富集分析。
鉴定参与神经炎症的免疫细胞亚型及其动态变化。
对星形胶质细胞、小胶质细胞、巨噬细胞和T细胞进行亚聚类分析,分析各亚型的差异表达基因、功能富集和丰度变化。
分析免疫细胞亚型之间的相互作用,特别是促炎和抗炎信号通路。
使用CellChat分析神经炎症亚型间的配体-受体相互作用,重点关注MIF、CCL、TGFβ、CD226等信号通路。
研究少突胶质细胞谱系在脑出血后的动态变化和髓鞘再生潜力。
对少突胶质细胞前体细胞和少突胶质细胞进行亚聚类分析,使用RNA速率分析和CytoTRACE评估分化轨迹,并通过NicheNet分析T细胞与髓鞘形成少突胶质细胞的相互作用。
验证关键细胞类型和信号通路的空间分布和表达。
对脑切片进行多重免疫荧光染色,检测CD3(T细胞)、MIF、CD74、CD44、MBP等标记物。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| ICH模型建立 | 胶原酶VII-S | Sigma | -- |
| 双臂脑立体定位仪 | Stoelting | 51503D | |
| 微量输注泵 | Stoelting | -- | |
| 体温维持装置 | RWD | -- | |
| 单核分离 | Dounce匀浆器 | -- | -- |
| Countstar自动细胞计数器 | -- | -- | |
| 4',6-二脒基-2-苯基吲哚 | -- | -- | |
| snRNA-seq文库制备 | DNBelab C系列单细胞文库制备试剂盒 | MGI Tech Co. | -- |
| snRNA-seq文库定量 | Qubit单链DNA检测试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | Q10212 |
| 免疫荧光 | TSA试剂盒 | AiFang Biological Inc. | AFIHC027 |
| CD44 | AiFang Biological Inc. | AF14754 | |
| CD74 | AiFang Biological Inc. | AF06806 | |
| MIF | AiFang Biological Inc. | AF05273 | |
| TMEM119 | abcam | ab209085 | |
| F4/80 | AiFang Biological Inc. | SAD002 | |
| MIF | Bioss | BS-1044R | |
| CD74 | Servicebio | GB115427 | |
| CD44 | Servicebio | GB112054 | |
| CD3 | Servicebio | GB12014 | |
| MBP | Servicebio | GB12226 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| ICH模型建立 | 胶原酶VII-S的剂量(0.075 U)和注射体积(0.5 µL),注射坐标(前囟前0.8 mm,中线外侧2.0 mm,深度3.5 mm),注射速率(0.1 µL/min),小鼠品系(雄性C57BL/6) 阅读提示:Materials and Methods, ICH mouse model |
| snRNA-seq | 单核分离方法(Dounce匀浆器)、文库制备试剂盒(DNBelab C系列)、测序平台(DNBSEQ)和读长(41x100 bp),细胞过滤标准(UMI > 1000,基因 > 500,线粒体比例 < 10%) 阅读提示:Materials and Methods, Tissue collection and single-nucleus isolation; Quantification and statistical analysis |
| 数据分析 | 批次校正方法(scVI),聚类算法(Leiden,分辨率5),共表达网络分析参数(hdWGCNA软阈值),差异表达分析阈值(p < .05,|log2FC| > 1),细胞通讯分析数据库(CellChatDB.mouse) 阅读提示:Materials and Methods, Integration, clustering and cell-type annotation; Consensus co-expression network analysis; Subtype analysis, DGE analysis and Gene Ontology analysis; Cell-cell communication |
| 免疫荧光验证 | 抗体克隆号、稀释比例、抗原修复条件(柠檬酸缓冲液,pH 6.0)、TSA试剂盒(#AFIHC027)、图像采集和分析方法(最小面积阈值100 µm²) 阅读提示:Materials and Methods, Immunofluorescence; Immunofluorescence analysis |