鉴定MRPL12乙酰化及位点
确定MRPL12是否发生乙酰化并鉴定关键乙酰化位点。
在HEK293T、OS-RC-2和786-O细胞中使用去乙酰化酶抑制剂NAM和TSA处理,并通过免疫印迹、免疫沉淀、Duolink PLA验证乙酰化;通过数据库预测和点突变实验鉴定K163为主要位点,并制备特异性抗体。
MRPL12 K163 acetylation inhibits ccRCC via driving mitochondrial metabolic reprogramming.
包含体外细胞实验、体内异种移植瘤模型、临床组织样本分析及数据库分析,明确验证功能与机制
OS-RC-2和786-O肾透明细胞癌细胞系 HEK293T细胞 BALB/c裸鼠异种移植瘤模型 ccRCC患者组织样本及组织芯片
MRPL12 K163乙酰化状态由K163Q/K163R突变模拟 SIRT5和TIP60对MRPL12 K163乙酰化的调控 MRPL12与POLRMT的结合能力 异种移植瘤模型中肿瘤体积和重量
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定MRPL12是否发生乙酰化并鉴定关键乙酰化位点。
在HEK293T、OS-RC-2和786-O细胞中使用去乙酰化酶抑制剂NAM和TSA处理,并通过免疫印迹、免疫沉淀、Duolink PLA验证乙酰化;通过数据库预测和点突变实验鉴定K163为主要位点,并制备特异性抗体。
评估MRPL12 K163乙酰化在ccRCC组织中的表达及其与预后的关系。
通过免疫组化(IHC)检测组织芯片中MRPL12 K163乙酰化水平,并分析其与生存期、肿瘤分期的相关性。
验证MRPL12 K163乙酰化是否抑制ccRCC细胞增殖、迁移和侵袭。
构建稳定表达MRPL12 WT、K163Q(模拟乙酰化)和K163R(非乙酰化)的OS-RC-2和786-O细胞系,通过CCK-8、集落形成、伤口愈合、Transwell和EdU实验检测细胞增殖和迁移能力。
在体内模型中验证MRPL12 K163乙酰化对ccRCC肿瘤形成的影响。
将稳定表达WT、K163Q、K163R的OS-RC-2细胞皮下注射至裸鼠,监测肿瘤体积和重量,并通过IHC检测Ki-67表达。
探究MRPL12 K163乙酰化是否通过调节线粒体生物合成和糖酵解驱动代谢重编程。
检测线粒体DNA拷贝数、呼吸链复合物亚基表达、乳酸生成、ECAR和OCR,并验证MRPL12与POLRMT的结合。
鉴定负责MRPL12 K163乙酰化和去乙酰化的关键酶。
通过siRNA和过表达筛选去乙酰化酶(SIRT3、SIRT4、SIRT5)和乙酰转移酶(p300、TIP60、PCAF),并通过免疫共沉淀、PLA、AlphaFold3预测验证相互作用。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Gibco | -- |
| DMEM培养基 | Gibco | -- | |
| 胎牛血清 | Cas9X | -- | |
| 药物处理 | 曲古抑菌素A | -- | -- |
| 烟酰胺 | -- | -- | |
| 2-脱氧-D-葡萄糖 | -- | -- | |
| 分子生物学 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| PrimeScript反转录试剂盒 | TAKARA | -- | |
| FastPure细胞/组织DNA分离迷你试剂盒 | Nanjing Vazyme Biotech | -- | |
| SYBR Green Premix Pro Taq HS qPCR试剂盒 | Accurate Biology | -- | |
| 蛋白质印迹 | RIPA裂解液 | Beyotime | P0013B |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0011 | |
| 4x SDS-PAGE上样缓冲液 | Solarbio | P1015 | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| 免疫沉淀 | 抗乙酰化赖氨酸抗体 | PTM Biolabs | PTM-105RM |
| 免疫印迹 | 抗MRPL12抗体 | Proteintech | 14795-1-AP |
| 抗肌动蛋白抗体 | Servicebio | GB15003-100 | |
| 抗SIRT3抗体 | Proteintech | 10099-1-AP | |
| 抗SIRT4抗体 | Thermo Fisher Scientific | PA5-81259 | |
| 抗SIRT5抗体 | Proteintech | 15122-1-AP | |
| 抗Flag抗体 | Proteintech | 20543-1-AP | |
| 抗HA抗体 | Proteintech | 51064-2-AP | |
| 抗Myc抗体 | Proteintech | 16286-1-AP | |
| 抗CYTB抗体 | Proteintech | 55090-1-AP | |
| 抗MTCO2抗体 | Proteintech | 55070-1-AP | |
| 抗ND1抗体 | Proteintech | 19703-1-AP | |
| 抗ND5抗体 | Proteintech | 55410-1-AP | |
| 抗ATP6抗体 | ImmunoWay | YN0468 | |
| 抗TIP60抗体 | Proteintech | 10827-1-AP | |
| 抗PCAF抗体 | Proteintech | 28770-1-AP | |
| 抗P300抗体 | Proteintech | 20695-1-AP | |
| 抗乙酰化K163 MRPL12抗体 | Shanghai Qiangyao Biological Technology | -- | |
| 细胞处理 | MitoTracker红色荧光染料 | Invitrogen | M7512 |
| 免疫荧光 | Alexa Fluor 647山羊抗兔IgG H&L | -- | -- |
| 细胞增殖 | CCK-8试剂 | Beijing Biosynthesis Biotechnology | -- |
| EdU细胞增殖试剂盒 | Beyotime | C0075 | |
| 代谢分析 | Seahorse XFe96分析仪 | Agilent Technologies | -- |
| Seahorse XF细胞线粒体压力测试试剂盒 | Agilent Technologies | -- | |
| XF糖酵解压力测试试剂盒 | Agilent Technologies | -- | |
| 乳酸检测 | 乳酸检测试剂盒 | Abbkine | ktb1100 |
| 免疫组化 | PV-9000二抗试剂盒 | Zhongshan Biotechnology | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源和培养条件:OS-RC-2、786-O、HEK293T,培养基RPMI-1640或DMEM,10% FBS 阅读提示:Methods: Cell culture |
| 药物处理 | 去乙酰化酶抑制剂处理:TSA(5 μM,16 h)、NAM(10 mM,6 h);糖酵解抑制剂2-DG(10 mM)和葡萄糖(10 mM)处理48小时 阅读提示:Methods: Transfection, virus infection, and treatments |
| 细胞功能实验 | CCK-8实验接种2000细胞/孔;集落形成实验1000细胞/孔培养14天;Transwell实验4×10^4细胞/室;EdU实验5 μM EdU处理2小时 阅读提示:Methods: CCK-8 cell viability assays, EdU assay, Transwell assays, Colony formation assay |
| 代谢分析 | 海马实验:OCR使用寡霉素(1 μM)、FCCP(1.5 μM)、鱼藤酮/抗霉素A(0.5 μM);ECAR使用葡萄糖(10 mM)、寡霉素(1 μM)、2-DG(50 mM) 阅读提示:Methods: Seahorse assay |
| 体内实验 | 异种移植模型:4-5周龄雌性BALB/c裸鼠,皮下注射5×10^6细胞,4周后测量肿瘤 阅读提示:Methods: ccRCC tumor xenograft mouse model |