KIT基因活性启动子区域中的14-bp基序对于牦牛、小鼠和人类的黑色素积累至关重要

A 14-bp motif in the KIT active promoter region is critical for melanin accumulation in yaks, mice, and humans.

作者信息Xinfeng Liu, Tongcheng Wang, Zeyu Zheng, Congcong Dong, Wenyu Liu, Zhimin Niu, Yingbo Yang, Xiaoyun Wu, Qiang Qiu, Yongzhi Yang, Kexin Li, Johannes A Lenstra, Ping Yan, Minghui Kang, Bowen Li, Lingzhao Fang, Jianquan Liu
PMID40629379
期刊BMC Biol
发布时间2025-07-09
DOI10.1186/s12915-025-02311-x

实验完整度

包含全基因组测序和GWAS分析、启动子荧光素酶报告实验、小鼠敲入模型、人类黑色素瘤细胞基因编辑等多层级功能验证和机制验证。

主要模型

全白牦牛 HEK293T细胞 C57BL/6J小鼠敲入模型 A375和A875人黑色素瘤细胞

重点核对

14-bp缺失在KIT启动子中的位置(Chr6:72,971,725) 全白牦牛中14-bp缺失的纯合(20.0%)或杂合(80.0%)状态 小鼠KIT启动子中14-bp缺失对腹部白色斑块的影响 人A375和A875细胞中hKITPro1/Pro1的24-bp缺失对黑色素含量的影响 E2F3和E2F6转录因子与14-bp基序的结合

摘要

背景:动物色素沉着是研究遗传学、发育和进化的优秀模型。在牦牛品种中,全白牦牛品种(Bos grunniens)是唯一具有纯白毛色的本土品种,与野生牦牛和大多数家养牦牛的黑色毛色形成鲜明对比。结果:利用387头牦牛的全基因组测序数据,我们分析了全白牦牛的群体遗传结构,发现它们聚为两个不同的遗传群。此外,通过基于全基因组变异(SNP和indel)的全白牦牛与野生型牦牛的全基因组关联分析(GWAS),我们在KIT启动子中发现了一个14-bp缺失,该缺失降低了全白牦牛中KIT的表达。随后在小鼠中进行的敲入实验证实,牦牛14-bp基序的缺失会降低KIT的表达。利用CRISPR/Cas9系统敲除人类中与牦牛14-bp基序同源的序列,会减少人黑色素瘤细胞中黑色素的积累。结论:总之,我们的研究揭示了全白牦牛的遗传基础,并强调了研究牲畜表型以发现哺乳动物中保守的遗传调控因子的重要性。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
全白牦牛白色毛色的遗传基础是什么?KIT基因启动子中的14-bp缺失是否影响KIT表达和黑色素积累?
核心机制
KIT启动子中14-bp缺失减少了E2F3和E2F6等转录因子的结合,从而降低KIT基因表达,进而影响SCF-cKIT信号通路,减少黑色素合成。
主要证据
GWAS和选择信号分析鉴定14-bp缺失;荧光素酶报告实验显示缺失降低启动子活性;小鼠敲入模型显示缺失导致腹部白斑和KIT表达降低;人黑色素瘤细胞中敲除同源序列降低黑色素含量。
研究意义
揭示了全白牦牛的遗传基础,并强调了研究牲畜表型以发现哺乳动物中保守的遗传调控因子的重要性。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

全基因组测序和群体遗传分析

分析全白牦牛的群体遗传结构,为后续关联分析提供基础。

对387头牦牛进行全基因组测序,进行NJ树、PCA和admixture分析。

2

GWAS和选择信号分析鉴定因果变异

鉴定与全白表型相关的因果遗传变异。

比较全白牦牛与其他牦牛,进行GWAS、FST和XP-CLR分析。

3

KIT启动子活性分析

验证14-bp缺失对KIT启动子活性的影响。

构建KIT启动子不同片段的荧光素酶报告载体,转染HEK293T细胞,检测荧光活性。

4

转录因子结合验证

验证14-bp基序是否为E2F3和E2F6的结合位点。

将预测的转录因子与WT或Mut载体共转染,进行双荧光素酶实验。

5

小鼠敲入模型功能验证

验证14-bp缺失对小鼠毛色和KIT表达的影响。

利用CRISPR/Cas9将小鼠KIT启动子替换为牦牛的野生型或14-bp缺失型启动子,观察F2代小鼠表型。

6

人类黑色素瘤细胞功能验证

验证14-bp同源序列缺失对黑色素积累的影响。

利用CRISPR/Cas9在人A375和A875细胞中敲除KIT启动子中的24-bp片段,检测黑色素含量和免疫荧光。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
PMD19-T载体Takara--
pGL3-Basic载体Promega--
pRL-TK载体Promega--
DMEM培养基----
胎牛血清Invitrogen--
Lipofectamine 3000转染试剂Invitrogen--
Hieff TransTM脂质体转染试剂Yeasen--
双荧光素酶检测系统Promega--
SpectraMax M5酶标仪Shanpu--
SuPerMax 3100 Labsystems Multiskan酶标仪Shanpu--
RIPA裂解液ZHHC Bio--
磷酸酶抑制剂DeeYee Bio--
BCA蛋白定量试剂盒Proandy--
5×SDS-PAGE上样缓冲液Solarbio--
PVDF膜Millipore--
快速封闭液Epizyme--
抗c-Kit抗体Biossbs-10005R
抗β-actin抗体Proteintech66,009–1-Ig
山羊抗兔IgGAladdinab170144
山羊抗小鼠IgGAladdinab138040
ECL Plus化学发光底物Epizyme--
Amersham ImageQuant 800成像系统GE Healthcare--
TRIzol试剂----
Hifair®III第一链cDNA合成试剂盒Yeasen Biotech Co., Ltd--
SYBR qPCR预混液Vazyme--
ABI QuantStudio 5实时荧光定量PCR仪ABI--
BAC克隆RP23-232H18----
lentiCRISPR v2 EGFP载体----
lentiCRISPR v2 mCherry载体----
Lipofectamine 2000转染试剂----
pMD2G质粒----
psPAX2质粒----
慢病毒浓缩液YEASEN41101ES50
BD FACSAria III流式细胞分选仪BD--
RIPA裂解液Solarbio--
黑色素ELISA检测试剂盒Ruixin Biotech--
TECAN PLEX酶标仪TECAN--
兔多克隆黑色素抗体Absolute BiotechAb02814-230
Cy3标记的抗兔IgG二抗----
DAPI染色液----
共聚焦激光扫描显微镜OlympusFV3000
TRIzol试剂Invitrogen--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
样本收集与测序
样本数量(387个全基因组、140个新测序、247个公共数据)、测序平台(BGISEQ-500)、平均覆盖度(13.23×)
阅读提示:Methods: Collection and whole-genome sequencing
变异检测
比对工具(BWA-MEM)、变异检测工具(GATK HaplotypeCaller)、过滤参数(MAF>5%,call rate>80%,HWE<1e-6)
阅读提示:Methods: Alignment and variant identification
群体遗传分析
软件(Phylip, ADMIXTURE, GCTA)、LD剪枝参数
阅读提示:Methods: Population genetics analysis
GWAS和选择信号检测
GWAS模型(logistic回归)、协变量(PC1-PC3)、FST和XP-CLR窗口(50kb)和步长(25kb)
阅读提示:Methods: Detection of selection signatures
启动子活性分析
细胞系(HEK293T)、转染试剂(Lipofectamine 3000)、荧光素酶检测系统(Promega)、质粒(pGL3-Pro2,MuT)
阅读提示:Methods: KIT promoter plasmid construction; Transient transfection and luciferase reporter assay
小鼠敲入模型
小鼠品系(C57BL/6J)、sgRNA序列、敲入片段(yKIT+和yKITPro14Del)、F2代基因型
阅读提示:Methods: Functional validation of KIT promoter mutation in the mice
细胞功能验证
细胞系(A375, A875)、sgRNA序列(sgRNA1-4)、慢病毒构建(lentiCRISPR v2)、黑色素检测方法
阅读提示:Methods: Generation of knockout cell lines; Measurement of melanin