全基因组测序和群体遗传分析
分析全白牦牛的群体遗传结构,为后续关联分析提供基础。
对387头牦牛进行全基因组测序,进行NJ树、PCA和admixture分析。
A 14-bp motif in the KIT active promoter region is critical for melanin accumulation in yaks, mice, and humans.
包含全基因组测序和GWAS分析、启动子荧光素酶报告实验、小鼠敲入模型、人类黑色素瘤细胞基因编辑等多层级功能验证和机制验证。
全白牦牛 HEK293T细胞 C57BL/6J小鼠敲入模型 A375和A875人黑色素瘤细胞
14-bp缺失在KIT启动子中的位置(Chr6:72,971,725) 全白牦牛中14-bp缺失的纯合(20.0%)或杂合(80.0%)状态 小鼠KIT启动子中14-bp缺失对腹部白色斑块的影响 人A375和A875细胞中hKITPro1/Pro1的24-bp缺失对黑色素含量的影响 E2F3和E2F6转录因子与14-bp基序的结合
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
分析全白牦牛的群体遗传结构,为后续关联分析提供基础。
对387头牦牛进行全基因组测序,进行NJ树、PCA和admixture分析。
鉴定与全白表型相关的因果遗传变异。
比较全白牦牛与其他牦牛,进行GWAS、FST和XP-CLR分析。
验证14-bp缺失对KIT启动子活性的影响。
构建KIT启动子不同片段的荧光素酶报告载体,转染HEK293T细胞,检测荧光活性。
验证14-bp基序是否为E2F3和E2F6的结合位点。
将预测的转录因子与WT或Mut载体共转染,进行双荧光素酶实验。
验证14-bp缺失对小鼠毛色和KIT表达的影响。
利用CRISPR/Cas9将小鼠KIT启动子替换为牦牛的野生型或14-bp缺失型启动子,观察F2代小鼠表型。
验证14-bp同源序列缺失对黑色素积累的影响。
利用CRISPR/Cas9在人A375和A875细胞中敲除KIT启动子中的24-bp片段,检测黑色素含量和免疫荧光。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 样本收集与测序 | 样本数量(387个全基因组、140个新测序、247个公共数据)、测序平台(BGISEQ-500)、平均覆盖度(13.23×) 阅读提示:Methods: Collection and whole-genome sequencing |
| 变异检测 | 比对工具(BWA-MEM)、变异检测工具(GATK HaplotypeCaller)、过滤参数(MAF>5%,call rate>80%,HWE<1e-6) 阅读提示:Methods: Alignment and variant identification |
| 群体遗传分析 | 软件(Phylip, ADMIXTURE, GCTA)、LD剪枝参数 阅读提示:Methods: Population genetics analysis |
| GWAS和选择信号检测 | GWAS模型(logistic回归)、协变量(PC1-PC3)、FST和XP-CLR窗口(50kb)和步长(25kb) 阅读提示:Methods: Detection of selection signatures |
| 启动子活性分析 | 细胞系(HEK293T)、转染试剂(Lipofectamine 3000)、荧光素酶检测系统(Promega)、质粒(pGL3-Pro2,MuT) 阅读提示:Methods: KIT promoter plasmid construction; Transient transfection and luciferase reporter assay |
| 小鼠敲入模型 | 小鼠品系(C57BL/6J)、sgRNA序列、敲入片段(yKIT+和yKITPro14Del)、F2代基因型 阅读提示:Methods: Functional validation of KIT promoter mutation in the mice |
| 细胞功能验证 | 细胞系(A375, A875)、sgRNA序列(sgRNA1-4)、慢病毒构建(lentiCRISPR v2)、黑色素检测方法 阅读提示:Methods: Generation of knockout cell lines; Measurement of melanin |