评估ACC1在胶质瘤细胞系中的基础表达
确定不同胶质瘤细胞系中ACC1的表达水平,为后续过表达或敲低实验选择合适的细胞模型。
通过Western blot检测U87、U251、T98G和LN229细胞中ACC1蛋白表达。
Knockdown of ACC1 promotes migration and invasion of U251 glioma cells by epigenetically suppressing SDH.
包含体外细胞系功能实验(Transwell、划痕)、机制验证(乙酰辅酶A、DNMT1、SDH、ROS通路抑制剂与siRNA)及临床样本(组织芯片)和数据库(TCGA、CPTAC、CGGA)分析。
U87 MG 胶质瘤细胞系 U251 胶质瘤细胞系 T98G 胶质瘤细胞系 LN229 胶质瘤细胞系
ACC1敲低/过表达后细胞迁移和侵袭能力变化(Transwell、划痕实验) U251细胞中SDH活性、ROS水平及SDHB启动子甲基化状态(NAC、Aza、C646、siP300干预) 组织芯片中ACC1表达与胶质瘤分级及总生存期的相关性 TCGA、CPTAC、CGGA数据库中ACC1表达与预后的关联
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定不同胶质瘤细胞系中ACC1的表达水平,为后续过表达或敲低实验选择合适的细胞模型。
通过Western blot检测U87、U251、T98G和LN229细胞中ACC1蛋白表达。
验证ACC1过表达或敲低对胶质瘤细胞增殖、迁移和侵袭的影响。
在U87细胞中过表达ACC1,在U251、T98G和LN229细胞中敲低ACC1(shRNA),通过Transwell迁移/侵袭实验和划痕实验检测细胞迁移和侵袭能力。
验证ACC1敲低是否通过抑制SDH活性导致ROS升高,进而影响U251细胞迁移和侵袭。
检测U251细胞中SDHA、SDHB蛋白表达和SDH酶活性及ROS水平;使用ROS清除剂NAC(5 mM)处理,评估对细胞迁移、侵袭及标志物表达的影响。
验证ACC1敲低是否上调DNMT1导致SDH启动子高甲基化,进而抑制SDH表达并促进迁移和侵袭。
检测U251细胞中DNMT1表达和SDHB启动子甲基化水平;使用DNMT抑制剂Aza(4 μM)处理,评估对SDH表达、甲基化、ROS及细胞迁移/侵袭的影响。
验证ACC1敲低通过增加乙酰辅酶A水平促进组蛋白乙酰化,进而上调DNMT1表达。
检测U251细胞中乙酰辅酶A水平、H3K9ac表达;使用P300抑制剂C646(5 μM)或siRNA敲低P300,评估对DNMT1表达、SDH甲基化、ROS及细胞迁移/侵袭的影响。
分析ACC1表达水平与胶质瘤患者临床预后的关联,评估其作为预后标志物的价值。
使用包含123例样本的胶质瘤组织芯片进行免疫组化染色检测ACC1表达;分析TCGA、CPTAC和CGGA数据库中ACC1表达与生存和复发风险的关系。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | MEM培养基 | HyClone | SH30024.01 |
| DMEM培养基 | Corning | 10-013-CV | |
| 胎牛血清 | Shanghai XP BioMed Ltd. | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | 15140122 | |
| 药物处理 | N-乙酰半胱氨酸 | Beyotime | S0077 |
| 阿扎胞苷 | Selleck Chemicals | S1782 | |
| C646 | Selleck Chemicals | S7152 | |
| 转染 | Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen | 11668019 |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Wuhan Boster Biological Technology | AR0105 |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Wuhan Boster Biological Technology | AR1182 | |
| 磷酸酶抑制剂混合物 | Roche Diagnostics | 4906845001 | |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Beijing Solarbio Science & Technology | PC0020 |
| Western blot | PVDF膜 | MilliporeSigma | IPVH00010 |
| 脱脂奶粉 | Beijing Solarbio Science & Technology | D8340 | |
| ECL底物 | Beijing Solarbio Science & Technology | PE0010 | |
| Amersham Imager 600成像系统 | Cytiva | -- | |
| 抗ACC1抗体 | Cell Signaling Technology | 4190 | |
| 抗细胞周期蛋白D1抗体 | Cell Signaling Technology | 2922 | |
| 抗p21抗体 | Cell Signaling Technology | 2947 | |
| 抗DNMT1抗体 | Cell Signaling Technology | 5032 | |
| 抗H3K9ac抗体 | Cell Signaling Technology | 9649 | |
| 抗H3抗体 | Cell Signaling Technology | 4499 | |
| 抗细胞周期蛋白B1抗体 | Proteintech | 55004-1-AP | |
| 抗SDHA抗体 | Proteintech | 14865-1-AP | |
| 抗SDHB抗体 | Proteintech | 10620-1-AP | |
| 抗FASN抗体 | Proteintech | 10624-2-AP | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Proteintech | 20536-1-AP | |
| 抗纤连蛋白抗体 | Wanleibio | WL03677 | |
| 抗波形蛋白抗体 | Wanleibio | WL01960 | |
| 抗PAI-1抗体 | Wanleibio | WL01486 | |
| 抗P300抗体 | Wanleibio | WL01307 | |
| 抗SREBP1抗体 | Wanleibio | WL02093 | |
| 抗GAPDH抗体 | Wanleibio | WL01114 | |
| HRP标记的抗兔IgG二抗 | BIOSS | bs-0295G-HRP | |
| 迁移侵袭实验 | Matrigel基质胶 | Corning | 354262 |
| 结晶紫 | Beyotime | C0121 | |
| 尼康Eclipse Ts2显微镜 | Nikon | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596018 |
| RT-qPCR | All-In-One 5X RT预混液(含AccuRT基因组DNA去除试剂盒) | Applied Biological Materials Inc. | G492 |
| BlasTaq 2X qPCR预混液(含SYBR类染料) | Applied Biological Materials Inc. | G891 | |
| QuantStudio Dx实时荧光定量PCR仪 | Applied Biosystems | -- | |
| SDH活性测定 | 复合物II酶活性微孔板检测试剂盒 | Abcam | ab109908 |
| Multiskan Spectrum酶标仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| ROS检测 | 二氢乙锭 | Jiangsu KeyGen Biotech | KGA7502 |
| BD FACSCalibur流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| 乙酰辅酶A检测 | 乙酰辅酶A检测试剂盒 | Sigma-Aldrich | MAK039 |
| SpectraMax Gemini EM酶标仪 | Molecular Devices | -- | |
| 甲基化特异性PCR | EasyPure基因组DNA提取试剂盒 | TransGen Biotech | EE101 |
| EpiArt DNA甲基化亚硫酸氢盐转化试剂盒 | Vazyme Biotech | EM101 | |
| UVIpro凝胶成像系统 | UVItec | -- | |
| 免疫组化 | 胶质瘤组织芯片 | Shanghai Outdo Biotech | HBraG149Su01 |
| 抗ACC1抗体 | Proteintech | 67373-1-Ig | |
| HRP标记的通用抗兔/鼠IgG二抗 | Genetech (Shanghai) | GK500705 | |
| DAB显色底物 | Genetech (Shanghai) | GK500705 | |
| Pannoramic DESK扫描仪 | 3DHISTECH | -- | |
| 细胞培养 | 山羊血清 | Beyotime | C0265 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与转染 | 细胞系来源和培养条件(MEM/DMEM + 10% FBS + 1% 双抗);ACC1过表达质粒(ACACA)和敲低慢病毒(shACC1)的使用;转染试剂Lipofectamine 2000和polybrene的浓度;嘌呤霉素筛选浓度(2 μg/ml)和维持浓度(1 μg/ml) 阅读提示:Materials and methods 中的 Cell culture and reagents 和 Transfection 部分 |
| 功能实验(迁移和侵袭) | Transwell迁移/侵袭实验的细胞数量(2×10^4)、接种体积(200 μl)、下室FBS浓度(10%)、Matrigel包被条件(1:3稀释,100 μl)、培养时间(24小时);划痕实验的细胞融合度(~90%)、低血清培养基(2% FBS)、观察时间点(0、24、48小时) 阅读提示:Materials and methods 中的 Transwell migration and invasion assays 和 Wound-healing assay 部分 |
| 机制验证(SDH、ROS、乙酰辅酶A) | SDH活性测定使用的细胞数量(8×10^6)、检测波长(600 nm);ROS检测DHE浓度(10 μM)、孵育时间(30分钟)及流式细胞仪FL2通道;乙酰辅酶A检测试剂盒及细胞数量(8×10^6) 阅读提示:Materials and methods 中的 SDH enzyme activity assay、Cellular ROS measurement、Acetyl-CoA measurement 部分 |
| 表观遗传机制验证 | 甲基化特异性PCR使用的引物、PCR条件(95°C 5分钟;45个循环:95°C 30秒,60°C 30秒,72°C 45秒;72°C 10分钟);Aza(4 μM)、C646(5 μM)、NAC(5 mM)处理时间(48小时) 阅读提示:Materials and methods 中的 Methylation-specific PCR 部分及 Figure legends 3、4、5 |
| 临床预后分析 | 组织芯片样本量(123例)、免疫组化ACC1抗体稀释度(1:300)、评分标准;TCGA、CPTAC和CGGA数据库的筛选条件(如TCGA-GBM队列)和统计方法(Spearman相关、单因素Cox回归) 阅读提示:Materials and methods 中的 Immunohistochemical staining、Public database analysis 和 Statistical analysis 部分;Results 中最后一个结果小节 |