筛选铜死亡和铁死亡相关差异表达基因
鉴定结肠癌中铜死亡和铁死亡相关基因的异常表达
从FerrDb数据库获取488个铁死亡和27个铜死亡相关基因,利用limma包对TCGA中正常和肿瘤样本进行差异分析,筛选出103个FCDEGs。
Identification of cuproptosis and ferroptosis-related subtypes and development of a prognostic signature in colon cancer.
结合TCGA和GEO多队列转录组数据、共识聚类、预后模型构建与验证,以及qRT-PCR和免疫组化实验验证,但机制验证不足。
TCGA结肠癌队列 GEO GSE39582结肠癌队列 10对结肠癌及癌旁组织 70对结肠癌及癌旁组织切片
TCGA数据集按5:5分为训练集和测试集,GEO GSE39582用于外部验证 LASSO Cox回归和逐步多因素Cox回归筛选出7个基因模型 qRT-PCR验证10对新鲜结肠癌及癌旁组织 免疫组化验证70对结肠癌及癌旁组织切片,使用各抗体特定稀释度 分析模型基因和风险评分与28种免疫细胞和13种免疫功能的相关性
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定结肠癌中铜死亡和铁死亡相关基因的异常表达
从FerrDb数据库获取488个铁死亡和27个铜死亡相关基因,利用limma包对TCGA中正常和肿瘤样本进行差异分析,筛选出103个FCDEGs。
基于FCDEGs表达谱鉴定结肠癌的不同亚型
基于103个FCDEGs表达谱,使用ConsensusClusterPlus进行无监督共识聚类,确定最佳K值,并比较亚型间免疫浸润和TME评分差异。
构建能够预测结肠癌患者生存的预后模型
对亚型间差异表达基因进行单因素Cox和LASSO回归筛选预后基因,经多因素Cox回归构建7基因模型,在训练、测试集及GEO队列中验证。
分析风险评分与临床特征的关系并构建列线图
比较不同临床特征组间的风险评分差异,通过单因素和多因素Cox回归确定独立预后因素,并构建列线图及校准曲线。
比较高风险组和低风险组的免疫特征差异
使用ssGSEA评估28种免疫细胞和13种免疫功能水平,比较高低风险组差异,并分析模型基因与免疫细胞/功能的相关性,利用ESTIMATE评估TME。
评估模型基因表达与药物敏感性的关联
基于CTRP数据库,使用oncoPredict计算TCGA队列每个样本的药物敏感性分数,筛选与模型基因显著相关的药物,并比较高低风险组的敏感性差异。
验证模型相关基因在肿瘤和正常组织中的差异表达
在TCGA和GEO数据库中分析7个模型基因的差异表达,并通过qRT-PCR和免疫组化进行实验验证。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| qRT-PCR | TRIzol试剂 | -- | -- |
| Evo M-MLV逆转录反应混合液Ver.2 | -- | -- | |
| 免疫组化 | 抗EREG抗体 (YT6045) | Immunoway | YT6045 |
| 抗MMP10抗体 (YT2793) | Immunoway | YT2793 | |
| 抗INHBB抗体 (FNab04320) | FineTest | FNab04320 | |
| 抗ASRGL1抗体 (FNab00648) | FineTest | FNab00648 | |
| 抗MAGEA12抗体 (bs-6818R) | Bioss | bs-6818R | |
| 抗RORC抗体 (HA722121) | HUABIO | HA722121 | |
| 抗C12orf56抗体 (HPA056986) | Atlas Antibodies | HPA056986 | |
| 聚合物HRP(兔)-P (RS0063) | Immunoway | RS0063 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 数据收集与亚型鉴定 | TCGA和GEO数据获取;FCDEGs筛选标准(|log2FC|>1, FDR<0.05);共识聚类K=2 阅读提示:Materials and methods: Collection of data and genes, Analysis of colon cancer molecular subtypes defined by FCDEGs; Results: The subtypes associated with ferroptosis and cuproptosis |
| 预后模型构建与验证 | 训练集和测试集划分比例(5:5);LASSO回归参数;7基因模型公式;风险评分中位值分组 阅读提示:Materials and methods: Construction and validation of prediction model; Results: The construction and validation of the model |
| qRT-PCR验证 | 样本来源和例数(10对);RNA提取和逆转录试剂;引物序列;内参基因;2^-ΔΔCt法计算;配对t检验 阅读提示:Materials and methods: Real-time quantitative PCR (qRT-PCR); Results: Model-associated genes differential analysis |
| 免疫组化验证 | 组织芯片例数(70对);抗体品牌、货号和稀释度;抗原修复条件;DAB染色和评分标准;配对t检验 阅读提示:Materials and methods: Immunohistochemistry; Results: Model-associated genes differential analysis |
| 药物敏感性分析 | 药物敏感性分数计算;筛选阈值(平均分数<5);相关性分析阈值(cor>0.3, p<0.05) 阅读提示:Materials and methods: Drug sensitivity analysis; Results: Drug sensitivity analysis |