检测Actl6a在脊髓损伤后的表达变化
评估Actl6a在SCI和氧化应激条件下的表达是否改变。
通过RNA-seq、单细胞RNA-seq、免疫荧光、Western blot和qPCR检测SCI大鼠脊髓组织和H2O2处理的神经元中Actl6a的表达。
Actl6a regulates autophagy via Sox2-dependent Atg5 and Atg7 expression to inhibit apoptosis in spinal cord injury.
包含体外细胞模型(HT22、原代神经元)和体内大鼠SCI模型,结合Western blot、qPCR、免疫荧光、自噬通量、ChIP、双荧光素酶及m6A相关验证,覆盖功能与机制验证。
HT-22小鼠海马神经元细胞系 原代皮层神经元 大鼠T9-T10脊髓损伤模型
HT-22细胞使用200 µM H2O2,原代神经元使用400 µM H2O2诱导氧化应激 AAV-Actl6a(AAV9)注射剂量10 µL,浓度1×10^12 vg/mL,流速200 nL/min,注射深度约300 μm,注射后14天评估过表达 SCI模型使用7周龄雌性SD大鼠,各组n=9 使用3-MA自噬抑制剂和Bafilomycin A1进行自噬通量验证 细胞转染病毒MOI=10,嘌呤霉素筛选浓度2 μg/mL
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估Actl6a在SCI和氧化应激条件下的表达是否改变。
通过RNA-seq、单细胞RNA-seq、免疫荧光、Western blot和qPCR检测SCI大鼠脊髓组织和H2O2处理的神经元中Actl6a的表达。
验证Actl6a过表达是否促进SCI后功能恢复和神经保护。
在SCI前14天,通过AAV-Actl6a在T9-T10损伤位点过表达Actl6a,进行行为学评分、组织学染色、免疫荧光和Western blot评估。
确定Actl6a对神经元凋亡和增殖的直接影响。
在原代神经元和HT22细胞中敲低或过表达Actl6a,通过CCK-8、TUNEL和Western blot检测凋亡和增殖相关蛋白。
探究Actl6a的抗凋亡作用是否依赖于自噬。
检测Actl6a调节自噬标志物LC3-II/LC3-I和p62,通过TEM观察自噬体,并使用3-MA和Bafilomycin A1进行救援实验。
阐明Actl6a调控自噬的分子机制。
通过Co-IP验证Actl6a-Sox2相互作用;ChIP和双荧光素酶实验检测Actl6a和Sox2对Atg5/Atg7启动子的结合和转录激活。
揭示Fto通过m6A修饰调节Actl6a mRNA稳定性的机制。
使用m6A斑点印迹、RIP、MeRIP-qPCR和RNA稳定性实验检测Fto对Actl6a mRNA的调控。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| Neurobasal培养基 | -- | -- | |
| B27添加剂 | -- | -- | |
| L-谷氨酰胺 | -- | -- | |
| 多聚-D-赖氨酸 | -- | -- | |
| 木瓜蛋白酶 | -- | -- | |
| 药物处理 | 过氧化氢 | -- | -- |
| 动物实验 | 硫酸庆大霉素 | -- | -- |
| 脊髓撞击器W.M. KECK+ | W.M. KECK+ | -- | |
| Hamilton微量注射器 | Hamilton Co. | -- | |
| 细胞处理 | 3-甲基腺嘌呤 | -- | -- |
| 巴弗洛霉素A1 | -- | -- | |
| 嘌呤霉素 | Sigma-Aldrich | P8833 | |
| Western blot | Triton X-100 | Sigma-Aldrich | 9002-93-1 |
| NP-40 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 磷酸酶抑制剂混合物 | Sigma-Aldrich | P8849 | |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Sigma-Aldrich | P5726 | |
| PVDF膜 | Millipore | -- | |
| HRP标记二抗 | Sigma-Aldrich | A0545 | |
| ECL化学发光试剂 | Thermo Fisher | 32106 | |
| 抗Actl6a抗体 | Abcam | ab3882 | |
| 抗Sox2抗体 | Abcam | ab171380 | |
| 抗Fto抗体 | Abcam | ab280081 | |
| 抗Caspase-3抗体 | Abcam | ab32351 | |
| 抗Cleaved-Caspase-3抗体 | Abcam | ab2302 | |
| 抗Bax抗体 | Abcam | ab32503 | |
| 抗Bcl-2抗体 | Abcam | ab182858 | |
| 抗LC3抗体 | CST | 13082 | |
| 抗p62抗体 | Affinity | AF5384 | |
| 抗Atg5抗体 | Abcam | ab108327 | |
| 抗Atg7抗体 | Abcam | ab133528 | |
| 抗m6A抗体 | Synaptic Systems | 202003 | |
| 抗GAPDH抗体 | Abcam | ab172730 | |
| Co-IP | Protein A/G磁珠 | Thermo Fisher | 20421 |
| m6A dot blot | N+尼龙膜 | Beyotime | FFN10 |
| 山羊抗兔IgG HRP抗体 | Bioss | bs-40295G-HRP | |
| ECL检测试剂 | Meilunbio | MA0186 | |
| qPCR | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| ReverTra Ace qPCR RT Master Mix | TOYOBO | -- | |
| SYBR Green qPCR预混液 | biotool | B21203 | |
| LightCycler 480 PCR仪 | Roche | -- | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Yeasen Biotech | -- |
| 酶标仪 | BIOTEK | SynergyH1 | |
| RIP | EZ-Magna RIP试剂盒 | Millipore | 17-700 |
| 蛋白酶K | Thermo Fisher | 25530031 | |
| MeRIP | RNAiso Plus | Takara | -- |
| ChIP | 甲醛 | Sigma-Aldrich | F8775 |
| Protein A琼脂糖珠 | Santa Cruz Biotechnology | sc2003 | |
| Chelex 100树脂 | Bio-Rad | 1421253 | |
| TUNEL | TUNEL试剂盒 | Beyotime | C1088 |
| 透射电镜 | JEM-1400 PLUS透射电镜 | JEOL | -- |
| 自噬通量检测 | Ad-mCherry-GFP-LC3B腺病毒 | Beyotime | -- |
| 双荧光素酶报告基因 | pmirGLO双荧光素酶报告载体 | Obio Technology | -- |
| 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | -- | |
| 组织学 | 光学显微镜 | Olympus | -- |
| 成像 | Olympus IX83显微镜 | Olympus | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养和氧化应激 | HT-22细胞使用200 µM H2O2,原代神经元使用400 µM H2O2;HT-22培养于含10%FBS的DMEM,原代神经元用Neurobasal培养基添加B27和2 mM L-谷氨酰胺 阅读提示:Methods - Cell culture |
| 动物模型 | 7周龄雌性SD大鼠,分组:Sham(n=9)、SCI(n=9)、SCI+Vector(n=9)、SCI+AAV(OE)(n=9);AAV-Actl6a注射剂量10 µL、1×10^12 vg/mL、流速200 nL/min、深度约300 μm;SCI建模前14天注射;T9-T10撞击伤,5克重量从3 cm高度落下 阅读提示:Methods - Animal model construction |
| 基因操作 | 过表达质粒:pSLenti-EF1-P2A-Puro-CMV-MCS-3xFLAG-WPRE;敲低shRNA序列:Actl6a GGACTGCCCTAAGGTTGATTT、Sox2 AGGAGCACCCGGATTATAAAT、Fto TTGAAAGAGGAGCCCTATTTC;MOI=10,嘌呤霉素筛选2 μg/mL 阅读提示:Methods - Cell transfection |
| 自噬功能分析 | 用Ad-mCherry-GFP-LC3B转染HT22检测自噬通量;使用自噬抑制剂3-MA和Bafilomycin A1;TEM观察自噬体数量 阅读提示:Methods - Autophagic flux assay; Results 4.3 |