临床样本中E-cad和YAP表达分析
探究E-cad和YAP在结直肠癌组织中的表达差异及其与预后的相关性。
收集60例结直肠癌患者的肿瘤和癌旁组织,通过免疫组织化学染色检测E-cad和YAP的表达。
E-cadherin inhibits the proliferation and migration of human colorectal cancer cells through Hippo signaling pathway.
包含体外细胞实验、临床组织样本验证及机制研究,但缺乏体内动物模型验证,实验完整度中等。
人结直肠癌细胞系HCT116 人结直肠癌细胞系SW480 患者肿瘤组织样本(60例)
细胞系:HCT116和SW480,培养条件:37°C、5% CO2 E-cad沉默和恢复:sh-E-cad慢病毒转染和E-cad过表达质粒转染,目标序列为5'-ATTTTAAAGGT-TAAAGTAGCCTTCAAGAGAGGCTACTTTAACCTT-TAAAAT-3' 细胞增殖检测:CCK-8实验,2000细胞/孔,96孔板,6个复孔 细胞迁移检测:Transwell实验和划痕愈合实验,分别使用20000细胞/孔和1000000细胞/孔 凋亡检测:Annexin V-FITC/PI双染流式细胞术
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究E-cad和YAP在结直肠癌组织中的表达差异及其与预后的相关性。
收集60例结直肠癌患者的肿瘤和癌旁组织,通过免疫组织化学染色检测E-cad和YAP的表达。
建立E-cad低表达和恢复表达的细胞模型,以研究E-cad在结直肠癌细胞中的功能。
使用慢病毒载体pLKO.1携带sh-E-cad转染HCT116和SW480细胞,建立E-cad稳定敲低细胞系;随后在敲低细胞中转染E-cad过表达质粒,构建恢复表达细胞系。
检测E-cad表达变化对结直肠癌细胞增殖能力的影响。
通过CCK-8实验和克隆形成实验检测E-cad沉默和恢复后的细胞增殖变化。
评估E-cad对结直肠癌细胞迁移和侵袭能力的作用。
通过划痕愈合实验和Transwell实验检测E-cad沉默和恢复后的细胞迁移和侵袭变化。
探究E-cad对结直肠癌细胞周期分布和凋亡的影响。
使用流式细胞术检测细胞周期(PI染色)和细胞凋亡(Annexin V-FITC/PI双染)。
验证E-cad是否通过调控Hippo信号通路发挥作用。
通过Western blot和RT-qPCR检测MST1/2、LATS1/2、YAP及磷酸化YAP的表达水平。
确认E-cad对YAP核转位的影响,以阐明其调控机制。
通过核质分离和Western blot检测细胞核内YAP水平,并通过免疫荧光共定位分析E-cad和YAP的分布。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组织化学 | E-cad抗体 | Abcam | ab231303 |
| YAP1抗体 | Abcam | ab52771 | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG二抗 | Bioss Technology Co., Ltd. | BS-0295G-HRP | |
| DAB底物 | Zhongshan Jinqiao Biotechnology Co., Ltd. | ZLI-9017 | |
| 显微镜(Olympus BX53) | Olympus | BX53 | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | 11995065 |
| McCoy's 5A培养基 | Pricella Biotechnology Co., Ltd. | PM150710 | |
| 胎牛血清 | Excell Bio | FSD500 | |
| 细胞转染 | E-cad人源标签CDS克隆慢病毒颗粒 | EnvirusTM | -- |
| E-cad靶向短发夹RNA | Sangon Biotech | -- | |
| 非eGFP-荧光素酶质粒 | Sangon Biotech | -- | |
| Transwell实验 | 基质胶 | Corning Inc. | 354230 |
| Transwell小室 | Corning Inc. | 3413 | |
| 流式细胞术 | PI/RNase染色液 | -- | -- |
| FITC膜联蛋白V凋亡检测试剂盒 | Beyotime Biotechnology | C1052 | |
| 流式细胞仪(Attune NxT) | Thermo Fisher Scientific | Attune NxT | |
| RT-qPCR | 细胞/组织总RNA提取试剂盒V2 | -- | RC112 |
| HiScript lll第一链cDNA合成试剂盒 | -- | R312 | |
| Taq Pro通用SYBR qPCR预混液 | Vazyme | Q712 | |
| CFX96实时荧光定量PCR仪 | Bio-Rad Laboratories | CFX96 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Solarbio | R0020 |
| 抗E-cad抗体 | Abcam | ab231303 | |
| 抗p-YAP1抗体 | Abcam | ab76252 | |
| 抗YAP1抗体 | Abcam | ab52771 | |
| 抗组蛋白H3抗体 | Abcam | Ab1791 | |
| 抗GAPDH抗体 | Abcam | ab8245 | |
| 化学发光成像仪(JP-K6000) | -- | JP-K6000 | |
| 免疫荧光 | 抗E-cadherin抗体 | Abcam | ab231303 |
| 抗YAP1抗体 | Abcam | ab52771 | |
| Alexa Fluor 488荧光二抗 | ThermoFisher | A-11066 | |
| Alexa Fluor 594荧光二抗 | Abcam | Ab150080 | |
| 共聚焦显微镜(Leica TCS SP8) | Leica | TCS SP8 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本分析 | 患者样本量(60例),肿瘤和癌旁组织处理(石蜡包埋、切片厚度5mm),抗体稀释比例(E-cad 1:200,YAP1 1:200),孵育条件(4°C过夜) 阅读提示:Materials and Methods: Immunohistochemistry assay; Figure 1 legend |
| 细胞培养 | 细胞系(HCT116、SW480、293T),培养基(DMEM或McCoy's 5A,添加10% FBS),培养条件(37°C、5% CO2) 阅读提示:Materials and Methods: Cell lines |
| 基因敲低和过表达 | shRNA靶序列,转染时间(24h),感染时间(8h),筛选药物(嘌呤霉素)及其浓度(文中未明确说明) 阅读提示:Materials and Methods: Lentivirus transduction and generation of stable cell lines |
| 细胞增殖和克隆形成 | 细胞接种密度(CCK-8: 2000细胞/孔;克隆形成: 2000细胞/孔),培养时间(克隆形成2周),检测波长(450nm),重复数(6个复孔) 阅读提示:Materials and Methods: CCK-8 testing, Clone formation testing |
| 细胞迁移和侵袭 | Transwell小室孔径(文中未明确说明),基质胶稀释比例(1:4),细胞数(20000细胞/孔),孵育时间(24h);划痕实验细胞密度(1000000细胞/孔),划痕后观察时间(0h和24h) 阅读提示:Materials and Methods: Transwell assay, Wound healing testing |
| 细胞周期和凋亡 | PI染色浓度(未明确),Annexin V-FITC和PI孵育时间(15min),流式细胞仪型号(Attune NxT) 阅读提示:Materials and Methods: Flow cytometry |
| Hippo通路蛋白和mRNA检测 | 抗体稀释比例(E-cad 1:1000,p-YAP1 1:10000,YAP1 1:5000,Histone H3 1:5000,GAPDH 1:10000),RT-qPCR引物序列,内参基因(GAPDH) 阅读提示:Materials and Methods: Western blot, Real-time PCR |
| YAP核转位验证 | 核质分离试剂盒步骤(文中详细描述),免疫荧光抗体稀释比例(E-cad 1:50,YAP1 1:100),共定位分析软件(Fiji) 阅读提示:Materials and Methods: Immunofluorescence, Nuclear and cytoplasmic separation |