临床样本中CALR表达分析
分析ESCC组织与配对正常组织中CALR、CANX和PDIA3的表达差异及CALR与CANX/PDIA3的相关性。
利用GEPIA数据库分析TCGA-ESCA队列中CALR表达差异及与CANX、PDIA3的相关性;同时通过免疫组化检测79例ESCC及配对癌旁组织中CALR、CANX和PDIA3的表达。
Targeting CALR reduces energy metabolism of esophageal cancer cells and inhibits tumor‑associated fibroblast infiltration.
包含细胞功能实验(迁移、增殖、凋亡)、分子机制验证(Co-IP、Western blot)、体内异种移植实验及临床样本分析,形成多层级验证。
人ESCC细胞系KYSE150 人ESCC细胞系KYSE410 BALB/c裸鼠皮下异种移植模型 ESCC患者组织样本
CALR敲低效率(sh-CALR#1)及过表达效率验证 KYSE150和KYSE410细胞系 皮下注射1×10^7 KYSE150细胞建立异种移植模型 经21天观察肿瘤生长 实验重复3次(统计方法)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
分析ESCC组织与配对正常组织中CALR、CANX和PDIA3的表达差异及CALR与CANX/PDIA3的相关性。
利用GEPIA数据库分析TCGA-ESCA队列中CALR表达差异及与CANX、PDIA3的相关性;同时通过免疫组化检测79例ESCC及配对癌旁组织中CALR、CANX和PDIA3的表达。
验证CALR对ESCC细胞迁移、增殖和凋亡的影响。
通过划痕实验和Transwell实验检测迁移,通过EdU实验检测增殖,通过Caspase-3活性及凋亡检测试剂盒检测凋亡。
研究CALR对内质网应激、线粒体功能和细胞骨架重塑的影响。
利用Flou-4 AM检测细胞内Ca2+浓度,ER-Tracker Red检测内质网形态,Mito-Tracker Red检测线粒体形态,JC-1检测线粒体膜电位,NAD+/NADH检测能量代谢,DCFH-DA检测ROS水平,ActinRed检测细胞骨架。
验证CALR与CANX、PDIA3的相互作用及下游蛋白表达变化。
通过Co-IP检测GRP75与VDAC1、IP3R1的相互作用;Western blot检测CALR、CANX、PDIA3、vimentin、N-cadherin、GRP78、α-SMA、FAP、FSP1、PDGFR、TGF-β等蛋白表达。
验证CALR对肿瘤生长和肿瘤相关成纤维细胞浸润的影响。
将CALR敲低的KYSE150细胞皮下注射到裸鼠,观察肿瘤大小,并通过Masson染色、网织纤维染色、免疫荧光和Western blot检测肿瘤组织中胶原沉积和成纤维细胞标志物表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 毒胡萝卜素 | -- | -- | |
| 转染 | Lipofectamine 8000转染试剂盒 | Beyotime | C0533 |
| sh-CALR | Sangon Biotech | PLVE4646-1 | |
| pcDNA3.1载体 | Sangon Biotech | -- | |
| 蛋白检测 | 全细胞裂解试剂盒 | Nanjing KeyGen Biotech | KGB5303 |
| BCA蛋白浓度测定试剂盒 | -- | -- | |
| ECL化学发光检测试剂盒 | Applygen Technologies | -- | |
| 抗体 | CALR抗体 | Proteintech | 27298-1-AP |
| CANX抗体 | Affinity Biosciences | BF0515 | |
| PDIA3抗体 | Proteintech | 15967-1-AP | |
| GRP75抗体 | Proteintech | 14887-1-AP | |
| VDAC1抗体 | Proteintech | 55259-1-AP | |
| IP3R1抗体 | Affinity Biosciences | DF3000 | |
| 波形蛋白抗体 | BIOSS | bs-8533R | |
| N-钙黏蛋白抗体 | BIOSS | bs-1172R | |
| GRP78抗体 | BIOSS | bs-1219R | |
| α-SMA抗体 | Biogot Technology | Bs70000 | |
| FAP抗体 | BIOSS | bs-5758R | |
| FSP1抗体 | Proteintech | 20886-1-AP | |
| PDGFR抗体 | Proteintech | 13449-1-AP | |
| TGF-β抗体 | Abcam | Ab66043 | |
| β-actin抗体 | Affinity Biosciences | AF7018 | |
| 免疫组化 | 山羊血清 | Zhongshan Jinqiao | ZLI-9056 |
| HRP标记二抗 | Zhongshan Jinqiao | PV-6000 | |
| 免疫荧光 | Alexa Fluor 488偶联物 | Zhongshan Jinqiao | ZF-0512 |
| Alexa Fluor 594偶联物 | Zhongshan Jinqiao | ZF-0513 | |
| 细胞染色 | DAPI | -- | -- |
| 内质网红色荧光探针 | Beyotime | C1041 | |
| 线粒体红色荧光探针 | Beyotime | C1049B | |
| DCFH-DA荧光探针 | Beyotime | S0033S | |
| 肌动蛋白红色荧光探针 | Nanjing KeyGen | KGMP0012 | |
| Fluo-4 AM钙离子探针 | Invitrogen | F14201 | |
| 增殖检测 | BeyoClick EdU细胞增殖试剂盒 | Beyotime | C0078S |
| 凋亡检测 | Caspase-3活性和凋亡检测试剂盒 | Beyotime | C1077S |
| 线粒体膜电位检测 | 线粒体膜电位检测试剂盒 | Solarbio | M8650 |
| 能量代谢检测 | NAD+/NADH检测试剂盒 | Beyotime | S0175 |
| 免疫共沉淀 | 免疫共沉淀试剂盒 | Beyotime | P2179S |
| 显微镜 | 倒置荧光显微镜 | Carl Zeiss | -- |
| 共聚焦激光扫描显微镜 | Carl Zeiss | -- | |
| 倒置光学显微镜 | Olympus | -- | |
| 图像分析 | Image Pro Plus 6.0 | Media Cybernetics | -- |
| ImageJ 2X | -- | -- | |
| 统计软件 | SPSS 23.0 | IBM | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系:KYSE150和KYSE410;培养基:DMEM;血清:10% FBS;培养条件:37°C,5% CO2;ER应激诱导:1 µM thapsigargin,DMSO为对照 阅读提示:Materials and methods: Cell culture |
| 转染 | sh-CALR#1序列:5′-CGT CTA CTT CAA GGA GCA GTT-3′;转染试剂:Lipofectamine 8000;细胞密度:1×10^5/孔;转染量:100 pmol shRNA或2.5 µg质粒;转染时间:12h,后更换完全培养基继续培养48h 阅读提示:Materials and methods: Transfection |
| 蛋白检测 | 抗体稀释比例:CALR 1:1000, CANX 1:500, PDIA3 1:1000; β-actin作为内参; 上样量:20 µg/lane;ECL检测 阅读提示:Materials and methods: Western blotting |
| 迁移实验 | 划痕实验:细胞密度至90%融合,使用200µl枪头划痕,0h和24h拍照;Transwell:1.5×10^4细胞/孔,上室无血清,下室含10% FBS,24h后固定和结晶紫染色 阅读提示:Materials and methods: Wound healing assay and Transwell assay |
| 体内实验 | 动物:6周龄雄性BALB/c裸鼠;注射细胞:1×10^7 KYSE150细胞皮下注射;观察时间:21天;麻醉:50 mg/kg戊巴比妥钠 阅读提示:Materials and methods: Subcutaneous xenograft assay |