单细胞转录组分析揭示衰老对HIS细胞的影响
探究自然衰老对骨髓和脾脏中各免疫细胞亚群转录水平的影响
分离年轻(2-3周龄)和老年(19-21个月龄)小鼠的骨髓和脾脏细胞,进行scRNA-seq,聚类识别出10种细胞类型,并比较衰老相关基因表达、SASP评分和炎症反应评分
Single-cell profiling unveils a geroprotective role of Procyanidin C1 in hematopoietic immune system via senolytic and senomorphic effects.
包含体内动物模型、体外细胞模型、单细胞转录组测序、流式细胞术等多层级验证,并进行功能获得/缺失及机制研究。
C57BL/6J小鼠(年轻、老年、PCC1处理) RAW 264.7巨噬细胞系
小鼠模型:C57BL/6J雄性小鼠,年轻组(2-3周龄)、老年组(19-21周龄)及PCC1处理组(15-17月龄起始,处理4个月) PCC1给药:饲料中添加8 mg/kg,平均每日剂量约3.2 mg/kg,持续4个月 体外衰老模型:RAW 264.7细胞,使用200 μM H2O2处理,每天4小时,连续4天诱导衰老 PCC1处理浓度:50 μM,处理24小时 流式细胞术分析B细胞、LSK细胞、SnCs(β-Gal)等
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
探究自然衰老对骨髓和脾脏中各免疫细胞亚群转录水平的影响
分离年轻(2-3周龄)和老年(19-21个月龄)小鼠的骨髓和脾脏细胞,进行scRNA-seq,聚类识别出10种细胞类型,并比较衰老相关基因表达、SASP评分和炎症反应评分
评估长期PCC1补充对老年小鼠整体生理状态及免疫细胞组成和功能的影响
对15-17月龄小鼠进行PCC1饲料干预4个月,监测体重和握力,并通过scRNA-seq和FCM分析HIS免疫细胞比例及SASP/炎症评分变化
鉴定PCC1逆转的衰老相关差异表达基因(rescue-DEGs)并分析其功能
整合分析衰老DEGs和PCC1-DEGs,鉴定rescue-DEGs,并进行GO和通路富集分析,同时验证衰老标志物和SASP因子的表达
研究PCC1对B细胞亚群(特别是ABC)的影响及其分子机制
将B细胞分为亚群,分析PCC1对亚群比例、基因表达和功能的影响;结合PPI网络和FCM验证Cebpb和ABC比例
探讨PCC1对老年HSCs功能恢复的影响及分子机制
分析scRNA-seq中HSCs的SASP、炎症、细胞周期等评分,鉴定PCC1上调的rescue-DEGs,并通过PPI和FCM验证Nedd4、CD62L及钙离子水平
通过两种方法识别衰老细胞,并验证PCC1对衰老细胞的清除和调节作用
使用SenCID机器学习和SenMayo基因集识别SnCs,定义为iSnCs;分析其比例、来源和功能,并通过FCM检测β-Gal阳性细胞验证
在体外衰老细胞模型中验证PCC1的细胞毒性、促凋亡和抗炎作用
使用H2O2诱导RAW 264.7细胞衰老,进行CCK-8活力检测、Annexin V/PI凋亡检测、β-Gal染色及TNF-α和IL-6水平测定
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 小鼠处理和饮食干预 | 原花青素C1 | Selleck | #E0478 |
| 标准饲料 | -- | -- | |
| 单细胞制备 | RPMI-1640培养基 | Gibco | -- |
| 青霉素/链霉素 | Life Technologies | -- | |
| 胎牛血清 | Gemini Bio Products | -- | |
| 细胞筛网(40 µm) | Corning | -- | |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | -- | -- |
| 流式细胞术 | 活/死细胞染料 | Invitrogen; BioLegend | #L34968; #423105 |
| CD45 APC抗体 | BioLegend | #103112 | |
| CD45 BV510抗体 | BioLegend | #103138 | |
| CD3 PE/CF594抗体 | BioLegend | #100246 | |
| CD19 BV650抗体 | BioLegend | #115541 | |
| IL-7R抗体 | BioLegend | #135014 | |
| Lineage AF700抗体 | BioLegend | #133313 | |
| SCA-1 APC/Cy7抗体 | BioLegend | #108125 | |
| CD117 PE/Cy7抗体 | BioLegend | #105813 | |
| CD62L FITC抗体 | BioLegend | #104405 | |
| CD34 BV421抗体 | BioLegend | #152207 | |
| CD11C PerCP/Cy5.5抗体 | BioLegend | #117328 | |
| LY6C APC抗体 | BioLegend | #128016 | |
| CD11B BV421抗体 | BioLegend | #101235 | |
| LY6G BV605抗体 | BioLegend | #127639 | |
| F4/80 PE/Cy7抗体 | BioLegend | #123114 | |
| 佛波醇12-肉豆蔻酸酯13-乙酸酯 | Sigma | -- | |
| 离子霉素 | Sigma | -- | |
| 布雷菲德菌素A | Sigma | -- | |
| TNF-α BV421抗体 | BioLegend | #506327 | |
| IL-6 PE抗体 | BioLegend | #504504 | |
| Cebpb抗体 | BIOSS | #bs-1396R | |
| Nedd4抗体 | BIOSS | #bs-7877R | |
| AF488标记二抗 | -- | #4412S | |
| AF647标记二抗 | -- | #4414S | |
| 衰老检测试剂盒 | Abcam | #ab228562 | |
| Annexin V和PI凋亡检测试剂盒 | BD Biosciences | #556547 | |
| Fluo-4/AM钙离子荧光探针 | Invitrogen | -- | |
| BD LSR Fortessa流式细胞仪 | BD Biosciences | -- | |
| FlowJo软件 | Tree Star | -- | |
| RNA提取与定量PCR | Trizol试剂 | -- | -- |
| NanoDrop分光光度计 | -- | -- | |
| PrimeScript™ RT Master Mix逆转录试剂 | TaKaRa | -- | |
| SYBR Premix Ex Taq™ II荧光定量PCR试剂 | TaKaRa | -- | |
| scRNA-seq | Chromium单细胞5'文库构建试剂盒 | 10x Genomics | -- |
| 凝胶珠试剂盒 | 10x Genomics | -- | |
| Illumina NovaSeq 6000测序平台 | Illumina | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 小鼠模型与PCC1处理 | PCC1处理浓度(8 mg/kg饲料)、处理时间(4个月)、小鼠品系(C57BL/6J)及性别(雄性) 阅读提示:Methods: Mice and PCC1 treatment |
| 体外细胞衰老模型 | RAW 264.7细胞系、H2O2浓度(200 μM)、处理时间(每天4小时,连续4天) 阅读提示:Methods: Cell culture and treatment |
| 流式细胞术分析 | 抗体组合和克隆号(详细列表)、细胞染色步骤 阅读提示:Methods: Flow cytometry (FCM) analysis |
| 单细胞RNA测序 | 组织来源(骨髓和脾脏)、上机平台(10x Genomics)、生物信息学流程(Seurat, CellRanger) 阅读提示:Methods: scRNA-seq data processing |