差异基因筛选
鉴定鼻咽癌中与牛磺酸代谢相关的差异表达基因。
对GSE53819、GSE12452和GSE68799数据集进行差异分析(FDR<0.05),取交集获得31个共享TMRGs。
Integrative analysis of taurine metabolism-related genes prognostic signature with immunotherapy and identification of ABCB1 and GORASP1 as key genes in nasopharyngeal carcinoma.
包含多组学数据分析(GEO/TCGA)、免疫组化验证(36例NPC及24例正常样本)、分子对接和单细胞测序,功能验证和机制验证明确。
GSE102349数据集(含88例PFS数据的NPC患者) TCGA-HNSCC队列(518例组织样本) 临床NPC组织样本(36例肿瘤及24例正常鼻咽上皮) GSE150430单细胞数据集(15例原发NPC肿瘤样本)
GSE102349数据集中88例患者的PFS数据及中位风险评分分组 免疫组化实验:36例NPC患者肿瘤组织、24例正常鼻咽样本,ABCB1和GORASP1蛋白表达 分子对接:牛磺酸与ABCB1、EZH2、GORASP1的结合能(分别为-4.0、-3.6、-3.6 kcal/mol) 单细胞测序:GSE150430数据集中5种细胞类型(B细胞、CAFs、上皮细胞、髓系细胞、T细胞)中关键基因的表达分布
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定鼻咽癌中与牛磺酸代谢相关的差异表达基因。
对GSE53819、GSE12452和GSE68799数据集进行差异分析(FDR<0.05),取交集获得31个共享TMRGs。
探究差异表达基因的潜在生物学功能和通路。
对31个TMRGs进行GO和KEGG富集分析。
构建基于TMRGs的预后风险评分模型。
依次进行单变量Cox回归、LASSO回归和多因素Cox回归,最终确定ABCB1、EZH2和GORASP1,并计算风险评分。
验证风险评分模型的预后预测能力。
在GSE102349和TCGA-HNSCC队列中,根据中位风险评分分组,进行PCA、生存分析和ROC曲线分析。
评估风险评分与免疫细胞浸润和免疫功能的关系。
使用CIBERSORT和ssGSEA分析免疫细胞浸润,比较免疫检查点表达和IPS评分。
比较不同风险组对常用化疗药物的敏感性。
使用pRRophetic包计算IC50值,比较两组差异。
验证ABCB1和GORASP1蛋白在临床样本中的表达。
对36例NPC肿瘤组织、癌旁组织和24例正常鼻咽样本进行IHC染色,评估染色评分。
探究牛磺酸与核心基因蛋白的结合能力。
使用AutoDock Vina进行分子对接,分析结合能及相互作用。
分析核心基因在NPC不同细胞类型中的表达差异。
分析GSE150430数据集,通过t-SNE和violin图展示基因表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 免疫组化 | anti-GORASP1抗体 | Bioss | bs-7802R |
| anti-ABCB1抗体 | Proteintech | #22336-1-AP | |
| HRP标记二抗 | MAIXIN BIOTECH | kit-5020 | |
| DAB显色试剂盒 | MAIXIN BIOTECH | DAB-1031 | |
| 病理切片扫描仪 | KFBIO Technology Inc. | KF-PRO-020 | |
| 分子对接 | AutoDock Tools | -- | -- |
| AutoDock Vina | -- | -- | |
| PyMOL | -- | -- | |
| Discovery Studio 2019 | -- | -- | |
| 数据分析 | R软件 | -- | version 4.4.1 |
| GraphPad Prism | -- | version 5.01 | |
| 数据库分析 | STRING数据库 | -- | version 12.0 |
| Cytoscape | -- | version 3.6.1 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 数据获取 | GEO数据集(GSE53819、GSE12452、GSE68799、GSE102349)和TCGA-HNSCC数据集的版本、样本量及预处理方法 阅读提示:Methods部分:Data acquisition |
| 差异基因筛选 | FDR阈值0.05,以及各数据集的差异分析细节 阅读提示:Results部分:Identification and enrichment analysis...;Methods部分:Identification and enrichment analysis... |
| 预后模型构建 | Cox回归和LASSO的筛选过程、风险评分公式、中位风险评分分组方法 阅读提示:Results部分:Construction and validation...;Methods部分:Construction and validation... |
| 免疫组化 | 样本数量(36例NPC、24例正常)、组织切片厚度4μm、抗原修复条件、抗体品牌和货号、染色评分标准 阅读提示:Methods部分:Immunohistochemistry staining assay |
| 分子对接 | 蛋白结构PDB ID(ABCB1:9CR8, EZH2:4MI5, GORASP1:6G8T)、对接软件(AutoDock Vina)、结合能数据 阅读提示:Methods部分:Molecular Docking... |
| 单细胞测序分析 | 数据集GSE150430包含15例原发NPC肿瘤样本,分析方法(Seurat、t-SNE) 阅读提示:Methods部分:Single-cell RNA-sequencing analysis |