生物信息学分析
筛选胃癌和慢性萎缩性胃炎中差异表达的miRNAs及潜在靶基因。
利用GEO数据集GSE186595、GSE211692和GSE130823筛选差异表达miRNAs和基因,通过TargetScan 8.0预测miR-3613-5p靶基因。
MiR-3613-5p targets AQP4 to promote the progression of chronic atrophic gastritis to gastric cancer.
包含临床样本分析(CAG/GC组织)和细胞功能实验、双荧光素酶报告验证靶向关系及小鼠模型体内验证,证据层级相互独立。
人胃癌细胞系BGC-823、MKN-45、SGC-7901 人正常胃黏膜上皮细胞系GES-1 C57BL6/N小鼠CAG模型(MNU+HSD诱导) CAG患者胃黏膜和胃癌组织样本
miR-3613-5p表达水平:GEO数据集和临床样本中验证 细胞功能:agomiR-3613-5p和antagomiR-3613-5p转染SGC-7901后的增殖和迁移 体内实验:尾静脉注射AgomiR-3613-5p或AntagomiR-3613-5p的CAG小鼠模型 靶向验证:双荧光素酶报告基因检测AQP4 3'UTR结合
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选胃癌和慢性萎缩性胃炎中差异表达的miRNAs及潜在靶基因。
利用GEO数据集GSE186595、GSE211692和GSE130823筛选差异表达miRNAs和基因,通过TargetScan 8.0预测miR-3613-5p靶基因。
验证miR-3613-5p在CAG和胃癌组织中的表达水平。
采集CAG患者和健康人胃黏膜各8例,胃癌及癌旁组织6例,通过RT-PCR检测miR-3613-5p表达。
评估miR-3613-5p对胃癌细胞增殖和迁移的影响。
在SGC-7901细胞中转染agomiR-3613-5p或antagomiR-3613-5p,通过Ki-67免疫荧光和划痕实验检测。
验证miR-3613-5p在体内对CAG进展的影响。
用MNU和高盐饮食诱导小鼠CAG模型,在最后一个月通过尾静脉注射agomiR或antagomiR,通过H&E染色和ELISA检测。
验证miR-3613-5p是否直接靶向AQP4的3'UTR。
构建AQP4 3'UTR野生型和突变型荧光素酶报告载体,共转染后检测荧光素酶活性。
验证miR-3613-5p对AQP4蛋白表达的调控。
在SGC-7901细胞和CAG小鼠胃黏膜中检测AQP4蛋白水平,通过Western blot。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| ELISA检测 | 小鼠IL-6 ELISA试剂盒 | Yeasen Biotechnology | 98027ES96 |
| 小鼠TNF-α ELISA试剂盒 | Yeasen Biotechnology | 98029ES96 | |
| 细胞增殖检测 | Ki-67一抗 | Proteintech | 27309-1-AP |
| 免疫荧光 | 荧光二抗 | Abbkine | A23420 |
| DAPI染色液 | Beyotime | P0131 | |
| 荧光素酶报告基因实验 | pGL3载体 | Promega | -- |
| QuikChange定点突变试剂盒 | Stratagene | -- | |
| 双荧光素酶报告基因检测试剂盒 | Abbkine | KTA8010 | |
| RT-PCR | RNAiso Plus试剂 | Takara | 9109 |
| cDNA合成试剂盒 | TransGen Biotech | AT311 | |
| Tip Green qPCR SuperMix试剂盒 | TransGen Biotech | AQ142 | |
| Mir-X miRNA第一链合成试剂盒 | Takara | -- | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Bioss | -- |
| 完全蛋白酶抑制剂EASYpacks | Roche | -- | |
| Tubulin抗体 | Abbkine | ABL1030 | |
| AQP4抗体 | Proteintech | 16473-1-AP |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 模型构建 | 小鼠品系、年龄、MNU给药浓度和方式、HSD喂养时长、灌胃NaCl浓度和频率 阅读提示:Materials and methods, Animals |
| 细胞培养和转染 | 细胞系来源、培养条件、转染试剂和浓度、转染时间 阅读提示:Materials and methods, Cell culture and transfections |
| 功能检测 | Ki-67免疫荧光和划痕实验的细胞处理、图像采集和统计方法 阅读提示:Materials and methods, Cell proliferation assay和Wound healing assay |
| 靶基因验证 | 荧光素酶报告载体构建、突变位点、共转染条件和检测时间 阅读提示:Materials and methods, Luciferase constructs and transfection |
| 体内干预 | AgomiR和AntagomiR的给药剂量、给药途径、给药时间点 阅读提示:Materials and methods, Animals和Results Result 4 |