细胞培养和成牙本质诱导
建立hDPSCs体外模型并验证其成牙本质分化能力。
从健康患者第三磨牙分离hDPSCs,在DMEM中培养,使用成牙本质诱导培养基(含抗坏血酸、β-甘油磷酸、地塞米松)诱导分化,通过ALP和ARS染色鉴定分化能力。
KLF6-mediated glutamine metabolism governs odontogenic differentiation and matrix mineralization of dental pulp stem cells.
包含体外细胞实验(hDPSCs培养、慢病毒转染、代谢分析、ChIP-qPCR)、体内小鼠牙损伤模型及AAV介导的基因沉默,并进行了功能验证和机制验证。
人牙髓干细胞(hDPSCs) 小鼠牙损伤模型 裸鼠皮下植入牙根切片和GelMA水凝胶的半原位再生模型
细胞培养:hDPSCs来自18-25岁健康患者,使用第3至第5代细胞。 慢病毒转染MOI=50,筛选使用2 µg/mL嘌呤霉素处理72小时。 谷氨酰胺代谢抑制:BPTES处理浓度20 µM,α-KG补充浓度10 µM。 小鼠模型:C57BL/6小鼠,AAV6-shKLF6注射剂量1×10^12 vg/ml,BPTES腹腔注射12.5 mg/kg每3天一次。 检测方法:Seahorse代谢分析、13C-谷氨酰胺示踪、ChIP-qPCR。
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立hDPSCs体外模型并验证其成牙本质分化能力。
从健康患者第三磨牙分离hDPSCs,在DMEM中培养,使用成牙本质诱导培养基(含抗坏血酸、β-甘油磷酸、地塞米松)诱导分化,通过ALP和ARS染色鉴定分化能力。
探究KLF6对hDPSCs功能的影响。
使用慢病毒(LV5-KLF6和LV3-shKLF6)转染hDPSCs建立稳定过表达或敲低细胞系,通过RT-qPCR和Western blot验证效率。
揭示KLF6过表达后hDPSCs的基因表达和代谢变化。
对KLF6过表达和对照细胞进行RNA-seq和靶向代谢组学,通过PCA、GSEA和KEGG富集分析。
检测KLF6过表达或分化过程中线粒体功能和形态的变化。
使用MitoTracker染色、confocal显微镜和cryo-TEM观察线粒体形态,使用Seahorse XF分析仪测量OCR。
评估KLF6和分化对谷氨酰胺代谢的影响。
使用LC-MS/MS检测细胞内谷氨酰胺、谷氨酸、α-KG和柠檬酸浓度,使用试剂盒测量GLS1和GDH酶活性,使用13C-谷氨酰胺示踪。
验证谷氨酰胺对成牙本质分化和矿化的必要性。
在不含谷氨酰胺的成牙本质培养基中培养hDPSCs,通过ARS、ALP染色和基因表达检测评估分化,并检测ECM中柠檬酸和Ca含量。
验证KLF6是否直接结合GLS1和GDH启动子。
使用SimpleChIP试剂盒进行染色质免疫沉淀,然后用qPCR检测KLF6结合位点。
验证α-KG能否挽救KLF6敲低引起的分化抑制。
在KLF6敲低细胞中加入细胞通透性的dm-α-KG,检测分化标志物、ALP活性和矿化。
评估KLF6和谷氨酰胺代谢在体内牙本质修复中的作用。
建立小鼠磨牙损伤模型,通过AAV6-shKLF6沉默KLF6或BPTES抑制谷氨酰胺代谢,然后通过µCT、HE和IHC分析。
验证KLF6促进hDPSCs在体内的成牙本质分化和生物矿化。
将负载hDPSCs的GelMA水凝胶植入裸鼠皮下,6周后收集样本进行免疫荧光染色。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素-链霉素 | -- | -- | |
| 成牙本质诱导 | 抗坏血酸 | -- | -- |
| β-甘油磷酸 | -- | -- | |
| 地塞米松 | -- | -- | |
| ALP染色 | BCIP/NBT ALP显色试剂盒 | Beyotime | -- |
| ALP活性检测 | LabAssay ALP试剂盒 | Wako Pure Chemical Industries | 291-58601 |
| 矿化染色 | 茜素红S | Beyotime | -- |
| 慢病毒转染 | LV5穿梭质粒 | GenePharma | -- |
| LV3穿梭质粒 | GenePharma | -- | |
| 药物处理 | BPTES | Sigma-Aldrich | -- |
| 二甲基亚砜 | Sigma-Aldrich | -- | |
| dm-α-酮戊二酸 | Sigma-Aldrich | -- | |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| 逆转录 | SuperScript II逆转录酶 | Invitrogen | -- |
| RT-qPCR | SYBR Green染料 | Invitrogen | -- |
| 蛋白裂解 | RIPA裂解液 | -- | -- |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Pierce Biotechnology | -- |
| Western blot | KLF6抗体 | Proteintech | 14716-1-AP |
| GLS1抗体 | Cell Signaling Technology | 49363 | |
| GDH抗体 | Cell Signaling Technology | 12793 | |
| DMP1抗体 | Invitrogen | -- | |
| DSPP抗体 | Abcam | ab216892 | |
| RUNX2抗体 | HUABIO | ET1612-14 | |
| COL1A1抗体 | HUABIO | ET1609-68 | |
| ALP抗体 | HUABIO | ET1601-21 | |
| β-肌动蛋白抗体 | Proteintech | 81115-1-RR | |
| 二抗 | Proteintech | SA00001-2 | |
| Omni-ECL Femto Light化学发光试剂盒 | Epizyme Biomedical Technology | -- | |
| 线粒体染色 | Mito-Tracker Red CMXRos | Beyotime | -- |
| 细胞核染色 | Hoechst染料 | Beyotime | -- |
| 抗淬灭剂 | ProLong Live抗淬灭剂 | Invitrogen | P36975 |
| 共聚焦显微镜 | Leica SP8共聚焦显微镜 | Leica Microsystems GmbH | -- |
| 透射电镜 | Talos L120C透射电镜 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 代谢物检测 | 谷氨酸检测试剂盒 | Solarbio | -- |
| 柠檬酸检测试剂盒 | BioAssay Systems | -- | |
| 酶活性检测 | GLS1活性检测试剂盒 | Solarbio | BC1450 |
| GDH活性检测试剂盒 | Solarbio | BC1460 | |
| 代谢分析 | Seahorse XF细胞线粒体压力测试试剂盒 | Agilent Technologies | -- |
| Seahorse XF96分析仪 | Agilent Technologies | -- | |
| 代谢通量 | 超高效液相色谱系统 | Agilent | -- |
| 5600 Triple TOF Plus质谱仪 | AB Sciex | -- | |
| ChIP | SimpleChIP酶法染色质免疫沉淀试剂盒 | Cell Signaling Technology | 9003 |
| 蛋白G磁珠 | -- | -- | |
| MicroElute DNA纯化试剂盒 | Omega Biotek | -- | |
| 动物实验 | AAV6-shKLF6 | GenePharma | -- |
| AAV6-shNC | GenePharma | -- | |
| iRoot-BP Plus | Innovative Bioceramix | -- | |
| 玻璃离子水门汀(Fuji IX) | Fuji IX | -- | |
| µCT扫描 | Milabs U-CT-XUHR显微CT | Milabs | -- |
| 免疫组化/免疫荧光 | DSPP抗体 | Bioss | bs-10316R |
| 免疫荧光封片 | 含DAPI的FluoroShield封片剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| 图像扫描 | Olympus VS200玻片扫描仪 | Olympus Life Science | -- |
| 统计分析 | SPSS软件 | IBM | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | hDPSCs来源(健康患者第三磨牙),年龄18-25岁,代数第3-5代,培养条件(DMEM+10%FBS+1%P/S) 阅读提示:Materials and methods: Isolation and culture of hDPSCs |
| 慢病毒转染 | MOI=50,嘌呤霉素筛选浓度2 µg/mL,筛选时间72小时 阅读提示:Materials and methods: Lentivirus transfection |
| 谷氨酰胺代谢检测 | 细胞内代谢物提取方法,LC-MS/MS条件,试剂盒品牌及货号 阅读提示:Materials and methods: Measurement of glutamine, glutamate, α-KG, and citrate concentrations in cultured cells |
| 线粒体功能分析 | Seahorse细胞密度1000细胞/孔,药物浓度(Oligomycin 1.5 µM, FCCP 0.5 µM, Rotenone/Antimycin A 0.5 µM) 阅读提示:Materials and methods: Metabolic assays |
| 体内动物模型 | 小鼠品系(C57BL/6,6-8周龄雄性),AAV6注射剂量(1×10^12 vg/ml),BPTES剂量(12.5 mg/kg),注射频率(每3天一次) 阅读提示:Materials and methods: Mouse molar injury model |