KLF6介导的谷氨酰胺代谢调控牙髓干细胞的成牙本质分化和基质矿化

KLF6-mediated glutamine metabolism governs odontogenic differentiation and matrix mineralization of dental pulp stem cells.

作者信息Wenzhi Wu, Zekai Xu, Yulian Zhang, Xiatong Zhang, Xiaoyuan Huang, Zhijian Xie, Zhuo Chen
PMID40234972
发布时间2025-04-15
DOI10.1186/s13287-025-04308-3

实验完整度

高

包含体外细胞实验(hDPSCs培养、慢病毒转染、代谢分析、ChIP-qPCR)、体内小鼠牙损伤模型及AAV介导的基因沉默,并进行了功能验证和机制验证。

主要模型

人牙髓干细胞(hDPSCs) 小鼠牙损伤模型 裸鼠皮下植入牙根切片和GelMA水凝胶的半原位再生模型

重点核对

细胞培养:hDPSCs来自18-25岁健康患者,使用第3至第5代细胞。 慢病毒转染MOI=50,筛选使用2 µg/mL嘌呤霉素处理72小时。 谷氨酰胺代谢抑制:BPTES处理浓度20 µM,α-KG补充浓度10 µM。 小鼠模型:C57BL/6小鼠,AAV6-shKLF6注射剂量1×10^12 vg/ml,BPTES腹腔注射12.5 mg/kg每3天一次。 检测方法:Seahorse代谢分析、13C-谷氨酰胺示踪、ChIP-qPCR。

摘要

背景:当牙齿遭受严重损伤时,牙髓干细胞迁移并分化为成牙本质样细胞以形成修复性牙本质。Krüppel样因子6(KLF6)在牙齿发育过程中激活牙乳头细胞的成牙本质细胞分化。然而,KLF6调控人牙髓干细胞(hDPSCs)分化的成牙本质样细胞功能的机制仍不清楚。方法:通过慢病毒转染过表达或沉默KLF6。进行转录组测序和代谢组学以揭示KLF6高表达hDPSCs的主要变化。通过共聚焦显微镜和冷冻透射电子显微镜观察线粒体形态。使用代谢分析和代谢通量测定细胞代谢特征的变化。检测培养细胞中谷氨酰胺、谷氨酸、α-KG和柠檬酸的浓度。检测ECM中柠檬酸和Ca浓度。使用腺相关病毒在体内沉默KLF6。建立小鼠牙损伤模型以研究KLF6和谷氨酰胺代谢在体内牙本质修复中的作用。结果:RNA测序和代谢组学显示KLF6过表达对谷氨酰胺代谢、线粒体呼吸和三羧酸循环有显著影响。代谢分析和线粒体形态观察发现KLF6促进谷氨酰胺代谢和线粒体功能,并且在hDPSCs成牙本质分化过程中谷氨酰胺代谢和线粒体呼吸增强。剥夺谷氨酰胺抑制hDPSCs的矿化并限制ECM中柠檬酸和Ca的沉积。在分化的hDPSCs和KLF6过表达的hDPSCs中均观察到谷氨酰胺进入三羧酸(TCA)循环增加。ChIP-qPCR实验显示KLF6可以直接结合GLS1和GDH的启动子序列。补充α-KG挽救了KLF6敲低诱导的成牙本质分化和矿化的抑制。抑制谷氨酰胺代谢和敲低KLF6在体内减弱了三级牙本质的形成。结论:我们的研究表明KLF6通过改变细胞代谢偏好,介导由hDPSCs分化而来的新生成功能性成牙本质样细胞的生物矿化。KLF6促进谷氨酰胺流入TCA循环,导致ECM中柠檬酸沉积增加。这些发现可能为修复性牙本质形成的新策略开发提供启发。

实验结论

提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。

研究问题
KLF6如何调控人牙髓干细胞分化的成牙本质样细胞的功能,特别是其如何通过代谢重编程影响牙本质基质矿化?
核心机制
KLF6直接结合并激活GLS1和GDH的转录,促进谷氨酰胺代谢,增加α-KG生成并进入TCA循环,导致柠檬酸产生增多并沉积于细胞外基质,从而促进矿化。
主要证据
体外实验显示KLF6过表达增强谷氨酰胺代谢和线粒体呼吸;谷氨酰胺剥夺抑制矿化并降低ECM中柠檬酸和Ca含量;13C-谷氨酰胺示踪显示KLF6促进谷氨酰胺向TCA循环流入;体内小鼠牙损伤模型中抑制谷氨酰胺代谢或敲低KLF6减弱三级牙本质形成。
研究意义
研究揭示了KLF6通过调节谷氨酰胺代谢促进牙本质再生的新机制,可能为修复性牙本质形成和牙髓再生提供新策略。

研究路径

按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。

1

细胞培养和成牙本质诱导

建立hDPSCs体外模型并验证其成牙本质分化能力。

从健康患者第三磨牙分离hDPSCs,在DMEM中培养,使用成牙本质诱导培养基(含抗坏血酸、β-甘油磷酸、地塞米松)诱导分化,通过ALP和ARS染色鉴定分化能力。

2

KLF6过表达和敲低

探究KLF6对hDPSCs功能的影响。

使用慢病毒(LV5-KLF6和LV3-shKLF6)转染hDPSCs建立稳定过表达或敲低细胞系,通过RT-qPCR和Western blot验证效率。

3

转录组和代谢组学分析

揭示KLF6过表达后hDPSCs的基因表达和代谢变化。

对KLF6过表达和对照细胞进行RNA-seq和靶向代谢组学,通过PCA、GSEA和KEGG富集分析。

4

线粒体形态和功能分析

检测KLF6过表达或分化过程中线粒体功能和形态的变化。

使用MitoTracker染色、confocal显微镜和cryo-TEM观察线粒体形态,使用Seahorse XF分析仪测量OCR。

5

谷氨酰胺代谢检测

评估KLF6和分化对谷氨酰胺代谢的影响。

使用LC-MS/MS检测细胞内谷氨酰胺、谷氨酸、α-KG和柠檬酸浓度,使用试剂盒测量GLS1和GDH酶活性,使用13C-谷氨酰胺示踪。

6

谷氨酰胺剥夺实验

验证谷氨酰胺对成牙本质分化和矿化的必要性。

在不含谷氨酰胺的成牙本质培养基中培养hDPSCs,通过ARS、ALP染色和基因表达检测评估分化,并检测ECM中柠檬酸和Ca含量。

7

ChIP-qPCR

验证KLF6是否直接结合GLS1和GDH启动子。

使用SimpleChIP试剂盒进行染色质免疫沉淀,然后用qPCR检测KLF6结合位点。

8

α-KG补充实验

验证α-KG能否挽救KLF6敲低引起的分化抑制。

在KLF6敲低细胞中加入细胞通透性的dm-α-KG,检测分化标志物、ALP活性和矿化。

9

体内小鼠牙损伤模型

评估KLF6和谷氨酰胺代谢在体内牙本质修复中的作用。

建立小鼠磨牙损伤模型,通过AAV6-shKLF6沉默KLF6或BPTES抑制谷氨酰胺代谢,然后通过µCT、HE和IHC分析。

10

半原位再生模型

验证KLF6促进hDPSCs在体内的成牙本质分化和生物矿化。

将负载hDPSCs的GelMA水凝胶植入裸鼠皮下,6周后收集样本进行免疫荧光染色。

研究方法

按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。

产品清单

实验环节名称品牌货号
DMEM培养基----
胎牛血清----
青霉素-链霉素----
抗坏血酸----
β-甘油磷酸----
地塞米松----
BCIP/NBT ALP显色试剂盒Beyotime--
LabAssay ALP试剂盒Wako Pure Chemical Industries291-58601
茜素红SBeyotime--
LV5穿梭质粒GenePharma--
LV3穿梭质粒GenePharma--
BPTESSigma-Aldrich--
二甲基亚砜Sigma-Aldrich--
dm-α-酮戊二酸Sigma-Aldrich--
TRIzol试剂Invitrogen--
SuperScript II逆转录酶Invitrogen--
SYBR Green染料Invitrogen--
RIPA裂解液----
BCA蛋白定量试剂盒Pierce Biotechnology--
KLF6抗体Proteintech14716-1-AP
GLS1抗体Cell Signaling Technology49363
GDH抗体Cell Signaling Technology12793
DMP1抗体Invitrogen--
DSPP抗体Abcamab216892
RUNX2抗体HUABIOET1612-14
COL1A1抗体HUABIOET1609-68
ALP抗体HUABIOET1601-21
β-肌动蛋白抗体Proteintech81115-1-RR
二抗ProteintechSA00001-2
Omni-ECL Femto Light化学发光试剂盒Epizyme Biomedical Technology--
Mito-Tracker Red CMXRosBeyotime--
Hoechst染料Beyotime--
ProLong Live抗淬灭剂InvitrogenP36975
Leica SP8共聚焦显微镜Leica Microsystems GmbH--
Talos L120C透射电镜Thermo Fisher Scientific--
谷氨酸检测试剂盒Solarbio--
柠檬酸检测试剂盒BioAssay Systems--
GLS1活性检测试剂盒SolarbioBC1450
GDH活性检测试剂盒SolarbioBC1460
Seahorse XF细胞线粒体压力测试试剂盒Agilent Technologies--
Seahorse XF96分析仪Agilent Technologies--
超高效液相色谱系统Agilent--
5600 Triple TOF Plus质谱仪AB Sciex--
SimpleChIP酶法染色质免疫沉淀试剂盒Cell Signaling Technology9003
蛋白G磁珠----
MicroElute DNA纯化试剂盒Omega Biotek--
AAV6-shKLF6GenePharma--
AAV6-shNCGenePharma--
iRoot-BP PlusInnovative Bioceramix--
玻璃离子水门汀(Fuji IX)Fuji IX--
Milabs U-CT-XUHR显微CTMilabs--
DSPP抗体Biossbs-10316R
含DAPI的FluoroShield封片剂Thermo Fisher Scientific--
Olympus VS200玻片扫描仪Olympus Life Science--
SPSS软件IBM--

关键环节

汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。

环节核对要点
细胞培养
hDPSCs来源(健康患者第三磨牙),年龄18-25岁,代数第3-5代,培养条件(DMEM+10%FBS+1%P/S)
阅读提示:Materials and methods: Isolation and culture of hDPSCs
慢病毒转染
MOI=50,嘌呤霉素筛选浓度2 µg/mL,筛选时间72小时
阅读提示:Materials and methods: Lentivirus transfection
谷氨酰胺代谢检测
细胞内代谢物提取方法,LC-MS/MS条件,试剂盒品牌及货号
阅读提示:Materials and methods: Measurement of glutamine, glutamate, α-KG, and citrate concentrations in cultured cells
线粒体功能分析
Seahorse细胞密度1000细胞/孔,药物浓度(Oligomycin 1.5 µM, FCCP 0.5 µM, Rotenone/Antimycin A 0.5 µM)
阅读提示:Materials and methods: Metabolic assays
体内动物模型
小鼠品系(C57BL/6,6-8周龄雄性),AAV6注射剂量(1×10^12 vg/ml),BPTES剂量(12.5 mg/kg),注射频率(每3天一次)
阅读提示:Materials and methods: Mouse molar injury model