转录组测序分析
筛选PFCD与对照组之间的差异表达基因,并富集相关信号通路。
对6例PFCD患者术后组织样本和6例正常结直肠组织样本进行转录组测序,通过R软件分析差异表达基因并进行GO和KEGG通路富集分析。
Tumor necrosis factor receptor-associated factor 5 enhances perianal fistulizing Crohn's disease through epithelial-mesenchymal transition.
包含转录组测序、临床样本病理检测(qPCR、HE、免疫组化)以及HT-29细胞功能验证(CCK-8、Transwell、qPCR、Western blot),涵盖多层级验证。
HT-29细胞系 PFCD患者术后组织样本 正常结直肠组织样本
PFCD组与对照组各6例临床样本的转录组测序、qPCR、HE及免疫组化 HT-29细胞分为对照组、TGF-β1组、TGF-β1+shNC组、TGF-β1+shTRAF5组,每组重复数未明确 TGF-β1处理浓度10 ng/mL,处理时间48小时 TRAF5敲低验证:shTRAF5载体构建及测序验证 细胞增殖检测:CCK-8试剂盒,孵育1小时,450 nm吸光度
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
筛选PFCD与对照组之间的差异表达基因,并富集相关信号通路。
对6例PFCD患者术后组织样本和6例正常结直肠组织样本进行转录组测序,通过R软件分析差异表达基因并进行GO和KEGG通路富集分析。
验证PFCD组织中TRAF5、NF-κB、IL-13的表达及EMT相关标志物的变化。
对PFCD组和对照组样本进行qPCR检测TRAF5、NF-κB、IL-13 mRNA表达;HE染色观察病理形态;免疫组化检测TRAF5、E-cadherin、SNAIL1、vimentin蛋白表达。
在细胞水平验证TRAF5对EMT和细胞功能的影响。
使用HT-29细胞,分为对照组、TGF-β1组、TGF-β1+shNC组、TGF-β1+shTRAF5组,用TGF-β1诱导EMT,通过慢病毒载体敲低TRAF5,处理48小时后检测。
评估敲低TRAF5对细胞增殖和迁移的影响。
使用CCK-8试剂盒检测细胞增殖;Transwell实验检测细胞迁移。
验证敲低TRAF5对EMT相关蛋白和mRNA表达的影响。
通过qPCR检测TRAF5、NF-κB、IL-13的mRNA水平;Western blot检测TRAF5、E-cadherin、SNAIL1、vimentin蛋白水平;免疫组化验证蛋白表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养与处理 | 杜尔贝科改良伊格尔培养基 | Gibco | C11995500BT |
| 转化生长因子β1 | Solarbio | P02279 | |
| HT-29细胞 | Procell | CL-0118 | |
| 载体构建 | pLVX-shRNA2-puro载体 | KALANG | KL-12240VT |
| 细胞功能检测 | CCK-8溶液 | Beyotime Biotechnology | C0038 |
| Transwell小室 | Corning | 3421 | |
| 结晶紫 | Leagene | 1425163 | |
| 组织处理与染色 | 伊红溶液 | Servicebio | G1002 |
| 石蜡 | Leica | 39601006 | |
| 中性树胶 | Sinopharm | 10004160 | |
| 二甲苯 | Chuandong Chemical | -- | |
| 乙醇 | Chuandong Chemical | -- | |
| qPCR | Trizol试剂 | Sangong Biotech | B511311-0500 |
| cDNA合成试剂盒 | Tsingke Biotechnology | TSK302M | |
| qPCR反应体系 | Tsingke Biotechnology | TSE002 | |
| 实时荧光定量PCR仪 | BioRad | IQ5 | |
| 免疫组化 | 山羊血清 | Beyotime Biotechnology | C0265 |
| DAB显色液 | ZSGB-BIO | ZLI-9019 | |
| 酸性酒精快分化液 | Beyotime Biotechnology | C0163M | |
| TRAF5抗体 | Bioss | bs-16563R | |
| E-cadherin抗体 | ABclonal | A22850 | |
| SNAIL1抗体 | bioss | bs-219581R | |
| 波形蛋白抗体 | ZEN-bioscience | R22775 | |
| HRP标记的山羊抗兔IgG | Beyotime | A0208 | |
| Western blot | RIPA裂解液 | Beyotime | p0013B |
| SDS上样缓冲液 | Dakewei | 8015011 | |
| PVDF膜 | Amersham | 10600023 | |
| TRAF5抗体 | univ-bio | 41658T | |
| E-cadherin抗体 | ABclonal | A20798 | |
| SNAIL1抗体 | ABclonal | A24806 | |
| 波形蛋白抗体 | ABclonal | A2584 | |
| GAPDH抗体 | ABclonal | A19056 | |
| HRP山羊抗兔IgG | ABclonal | AS014 | |
| ECL发光液 | Thermo | 34580 | |
| 显微镜观察 | 显微镜(MF53) | MSHOT | MF53 |
| 显微镜(ICX41) | Sunny Optical Technology | ICX41 | |
| 显微镜(CKX3-SLP) | OLYMPUS | CKX3-SLP | |
| 细胞功能检测 | 酶标仪 | Molecular Devices | CMax |
| RNA提取 | 分光光度计 | Thermo Fisher | NanoDrop |
| Western blot | 凝胶成像系统 | Bio-Rad | Universal |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 转录组测序 | PFCD组和对照组各6例样本的临床诊断标准及组织来源 阅读提示:见实验分组部分(Table 1) |
| 细胞培养与药物处理 | HT-29细胞代数、培养条件(如血清浓度)、TGF-β1处理浓度及时间 阅读提示:见细胞模型建立部分 |
| TRAF5敲低 | shTRAF5序列、转染效率及敲低效果验证 阅读提示:见载体构建和细胞模型建立部分 |
| 细胞增殖检测 | CCK-8实验的细胞密度、孵育时间、检测波长 阅读提示:见CCK-8部分 |
| 细胞迁移检测 | Transwell实验的细胞密度、迁移时间、染色方法 阅读提示:见Transwell实验部分 |