新抗原免疫原性筛选
鉴定LLC和ID8肿瘤中弱免疫原性的新抗原肽。
通过ELISPOT检测小鼠脾脏T细胞对LLC和ID8新抗原肽的IFN-γ反应,筛选出弱免疫原性肽。
Depletion of regulatory T cells enhances the T cell response induced by the neoantigen vaccine with weak immunogenicity.
包含体外ELISPOT、流式、ELISA,体内两种肿瘤模型(LLC和ID8)的治疗实验,以及转录组测序和TCR测序等多层级验证。
LLC(Lewis肺癌)小鼠皮下移植瘤模型 ID8(小鼠卵巢上皮癌)小鼠皮下移植瘤模型
LLC和ID8两种肿瘤模型的建立(3×10^5 LLC和1×10^5 ID8细胞皮下注射) Treg清除方案(第2天腹腔注射CTX 100 mg/kg和CD25mAb 50 μg/只,第7、12天仅注射CD25mAb 50 μg/只) 新抗原疫苗(100 μg/肽)联合Poly(I:C)(50 μg)皮下注射的时间点和部位 ELISPOT检测中DC与T细胞共培养比例和时长(1:4,18-24小时) TCR测序分析中TCR亲和力预测的筛选阈值(结合评分≥0.8)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定LLC和ID8肿瘤中弱免疫原性的新抗原肽。
通过ELISPOT检测小鼠脾脏T细胞对LLC和ID8新抗原肽的IFN-γ反应,筛选出弱免疫原性肽。
评估LD-CTX和CD25mAb清除Tregs是否能增强新抗原疫苗的抗肿瘤效果。
建立LLC和ID8皮下移植瘤模型,分为PBS、疫苗、LD-CTX+CD25mAb和联合组,给予相应治疗,监测肿瘤生长和生存期。
评估联合治疗对肿瘤内T细胞浸润的影响。
通过免疫荧光染色检测肿瘤组织中CD4+和CD8+ T细胞的浸润数量。
在基因水平分析联合治疗对TDLN中免疫细胞组成和基因表达的影响。
提取TDLN RNA进行转录组测序,使用CIBERSORT和ssGSEA分析免疫浸润,并分析T细胞亚群标记基因表达。
在蛋白水平验证联合治疗对Tregs、效应/记忆T细胞和DC成熟的影响。
收集TDLN单细胞悬液,通过流式细胞术检测CD4+CD25+ T细胞、CD4+Foxp3+ Tregs、效应记忆T细胞、Th1、CTL、CD137+ T细胞和成熟DC的比例。
评估联合治疗是否促进新抗原特异性T细胞克隆扩增和肿瘤抗原扩散。
对LLC模型小鼠的TDLN进行TCR β链测序,分析V-J基因片段使用、克隆多样性和新抗原/TAA特异性TCR克隆频率。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | Gibco | 11995073 |
| 胎牛血清 | Gibco | 12483020 | |
| 抗生素-抗真菌溶液 | ThermoFisher | 15240062 | |
| RPMI 1640培养基 | Gibco | 11875093 | |
| 药物处理 | 环磷酰胺 | Sigma-Aldrich | PHR1404 |
| CD25单克隆抗体 | bioxcell | PC-61.5.3 | |
| 疫苗佐剂 | 聚肌胞苷酸 | MCE | HY-107202 |
| DC培养 | 粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子 | novoprotein | -- |
| 白细胞介素-4 | novoprotein | -- | |
| 肿瘤坏死因子-α | novoprotein | -- | |
| ELISPOT | 小鼠IFN-γ ELISpot检测试剂盒(ALP) | MAbtech | 3321-4APW-2 |
| 细胞分离 | Ficoll-Paque密度梯度离心介质 | Cytiva | 10294426 |
| ELISA | IFN-γ ELISA试剂盒 | Multi Sciences | EK280/3-AW1 |
| TNF-α ELISA试剂盒 | Multi Sciences | EK282/4-AW1 | |
| 流式细胞术 | 细胞活化混合物 | Biolegend | 423303 |
| 转录因子缓冲液套装 | BD Pharmingen | 562574 | |
| Zombie Aqua可固定活力染料试剂盒 | Biolegend | 423101 | |
| FITC标记抗小鼠CD45抗体 | Biolegend | 103107 | |
| Brilliant Violet 421标记抗小鼠CD3ε抗体 | Biolegend | 100335 | |
| APC标记抗小鼠CD4抗体 | Biolegend | 100515 | |
| PerCP/Cyanine5.5标记抗小鼠CD8a抗体 | Biolegend | 100734 | |
| APC/Fire750标记抗小鼠CD25抗体 | Biolegend | 102053 | |
| Alexa Fluor 700标记抗小鼠/人CD44抗体 | Biolegend | 103025 | |
| APC/Cyanine7标记抗小鼠CD62L抗体 | Biolegend | 104427 | |
| PE标记抗小鼠CD137抗体 | Biolegend | 106105 | |
| PE标记大鼠抗小鼠Foxp3抗体 | BD Pharmingen | 560408 | |
| PE标记抗小鼠IFN-γ抗体 | Biolegend | 505807 | |
| Brilliant Violet 421标记抗小鼠CD11c抗体 | Biolegend | 117329 | |
| PE标记抗小鼠I-A/I-E抗体 | Biolegend | 107607 | |
| CytoFLEX流式细胞仪 | Beckman Coulter | -- | |
| 免疫荧光 | 重组抗CD4抗体 | Bioss | bs-0766R |
| 抗小鼠CD8抗体 | Bioss | bs-0648R | |
| 山羊抗兔IgG H&L(HRP) | Abcam | ab205718 | |
| Alexa Fluor™ 546酪胺信号放大试剂 | Invitrogen | B40954 | |
| Alexa Fluor™ 488酪胺信号放大试剂 | Invitrogen | B40953 | |
| RNA-seq | NovaSeq测序仪 | Illumina | -- |
| TCR-seq | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596026 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 肿瘤模型建立 | LLC细胞注射量(3×10^5)和ID8细胞注射量(1×10^5);注射部位(左腹股沟皮下);注射体积(75 μL PBS) 阅读提示:Materials and Methods, Tumor-bearing models |
| Treg清除方案 | CTX剂量(100 mg/kg)和给药时间(第2天);CD25mAb剂量(50 μg/只)和给药时间(第2、7、12天);给药途径(腹腔注射) 阅读提示:Materials and Methods, Tumor-bearing models |
| 新抗原疫苗给药 | 肽疫苗剂量(100 μg/肽)和Poly(I:C)剂量(50 μg);给药时间和部位(第3、8、13天皮下注射于双侧腋窝和右腹股沟) 阅读提示:Materials and Methods, Tumor-bearing models |
| ELISPOT检测 | DC与T细胞共培养比例(1:4)和时长(18-24小时);脾脏T细胞分离时间(LLC第19天,ID8第17天) 阅读提示:Materials and Methods, IFN-γ enzyme-linked immunospot (ELISPOT) assay |
| TCR测序分析 | TCR亲和力预测筛选阈值(结合评分≥0.8);表位预测数据库(SYFPEITHI)和亲和力预测工具(TEIM-Res) 阅读提示:Materials and Methods, TCR sequencing |