mRNA表达谱分析
检测小鼠膀胱中AFI轴家族成员的mRNA表达水平
使用qRT-PCR检测了11个基因(配体:Inha, Inhba, Inhbb, Inhbc, Inhbe, Fst;受体:Acvr1, Acvr1b, Acvr1c, Acvr2a, Acvr2b)在雄性和雌性小鼠膀胱中的表达。
Expression and distribution of activin-follistatin-inhibin axis in the urinary bladder.
包含qRT-PCR、Western blot、免疫荧光定位及TCGA数据库分析,有明确的实验方法和验证结果,但缺乏功能验证或动物模型等独立证据层级。
小鼠膀胱组织(C57BL/6J,雌雄) 人膀胱癌组织(TCGA数据库,19例配对样本)
小鼠品系、年龄(12-16周)、性别(雄性和雌性) RT-qPCR中内参基因(SDHA)及相对定量方法(2−ΔΔCt) Western blot上样量(50 μg/孔)及内参(β-actin) 免疫荧光中一抗稀释比例(1:100) TCGA数据人膀胱癌样本量(n=19,10男9女)及统计方法(Student's t-test,P<0.05)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
检测小鼠膀胱中AFI轴家族成员的mRNA表达水平
使用qRT-PCR检测了11个基因(配体:Inha, Inhba, Inhbb, Inhbc, Inhbe, Fst;受体:Acvr1, Acvr1b, Acvr1c, Acvr2a, Acvr2b)在雄性和雌性小鼠膀胱中的表达。
验证mRNA表达水平,确认AFI轴成员蛋白在小鼠膀胱中的表达
对7个高表达的AFI成员(INHA, INHBA, INHBE, FST, ACVR1, ACVR1B, ACVR2B)进行Western blot分析。
确定AFI配体和受体在膀胱壁中的细胞分布
使用免疫荧光显微镜对膀胱冷冻切片进行染色,观察各AFI成员与标志物(如ENTPD3、Tenascin C、CD34、KRT5)的共定位。
评估AFI轴成员在人膀胱癌中的表达变化
使用TCGA数据库分析433例膀胱癌病例中19例配对肿瘤和邻近正常组织的AFI基因表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| RNA提取与定量 | TRIzol试剂 | Invitrogen | -- |
| RNA定量 | Nanodrop 2000分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| cDNA合成 | SuperScript IV第一链合成系统 | Invitrogen | #18091050 |
| 定量PCR | Maxima SYBR Green/ROX qPCR预混液试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | #K0222 |
| Applied Biosystems 7300实时PCR系统 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 蛋白提取 | RIPA裂解液 | Sigma | -- |
| 蛋白酶抑制 | 蛋白酶抑制剂 | Roche | -- |
| 蛋白定量 | Pierce BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | #WF325489 |
| 蛋白电泳 | Tris-甘氨酸预制胶 | NuSeq | NB12-816 |
| 蛋白转印 | PVDF膜 | Sigma-Aldrich | #ISEQ00010 |
| 蛋白检测 | Western Lightning Plus-ECL化学发光试剂 | PerkinElmer | #203-22111 |
| ArtixScan 1800f平板扫描仪 | Microtek | -- | |
| 蛋白印迹 | β-actin抗体 | Invitrogen | #MA1-744 |
| Restore Western印迹剥离缓冲液 | Santa Cruz | #sc-281698 | |
| 免疫荧光 | DAPI | -- | -- |
| 罗丹明-鬼笔环肽 | -- | -- | |
| BX60奥林巴斯荧光显微镜 | Olympus | -- | |
| 组织包埋 | 最适切割温度(OCT)包埋剂 | -- | -- |
| 软件 | Photoshop | -- | -- |
| Fiji软件 | -- | -- | |
| 统计分析 | GraphPad Prism 8.3 | -- | -- |
| 抗体 | INHA抗体 | ABclonal | A1734 |
| INHA抗体 | BIOSS | Bs-1032R | |
| INHBA抗体 | R&D system | AF338 | |
| INHBE抗体 | BIOSS | Bs-16658R | |
| FST抗体 | R&D system | AF669 | |
| ACVR1抗体 | ABclonal | A19274 | |
| ACVR1抗体 | Proteintech | 67417-1-Ig | |
| ACVR1B抗体 | ABclonal | A21140 | |
| ACVR1B抗体 | BIOSS | Bs-6018R | |
| ACVR2B抗体 | BIOSS | Bs-12417R | |
| ACVR2B抗体 | Invitrogen | PA5-28231 | |
| ENTPD3抗体 | R&D system | AF4464 | |
| Tenascin C抗体 | R&D system | 3358-TC-050 | |
| ALPL抗体 | R&D system | AF2910 | |
| CD34抗体 | Abcam | ab8158 | |
| Krt5抗体 | Biolegend | 905,901 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | 小鼠品系(C57BL/6J)、年龄(12-16周)、性别(雄性/雌性)、饲养环境(12小时光照/黑暗周期、25°C、自由饮水饮食) 阅读提示:Materials and Methods, Animals |
| mRNA表达检测 | 每个样本RNA量(1 μg逆转录)、内参基因(SDHA)、相对定量方法(2−ΔΔCt)、引物序列、qPCR循环条件 阅读提示:Materials and Methods, Quantitative RT-PCR |
| 蛋白表达检测 | 蛋白上样量(50 μg/孔)、一抗稀释比(1:1000)、内参(β-actin)、二抗孵育时间 阅读提示:Materials and Methods, Western blot analysis |
| 组织来源 | 新鲜膀胱组织、固定液(4% PFA)、切片厚度(5 µM)、一抗稀释比(1:100) 阅读提示:Materials and Methods, Immunofluorescence analysis |
| 统计设计 | 组间比较(Student's t-test)、显著性水平(P<0.05)、数据表示(均值±SD) 阅读提示:Materials and Methods, Data analysis |