筛选与鉴定VP2互作宿主蛋白
鉴定MVC感染细胞中与VP2相互作用的宿主蛋白,以揭示病毒入侵机制。
用抗VP2抗体对MVC感染WRD细胞裂解液进行免疫沉淀(IP),SDS-PAGE分离后质谱分析,鉴定候选蛋白,并通过Co-IP验证VP2与ROCK1的相互作用。
The Minute Virus of Canines (MVC) Activates the RhoA/ROCK1/MLC2 Signal Transduction Pathway Resulting in the Dissociation of Tight Junctions and Facilitating Occludin-Mediated Viral Infection.
研究包含体外细胞模型(WRD、COS-1)的感染实验、蛋白相互作用验证(Co-IP、GST-pulldown、共定位)、通路激活验证(抑制剂、siRNA)、病毒滴度及膜通透性检测等多层级证据。
WRD细胞 COS-1细胞
MVC感染WRD细胞的MOI=1 RhoA抑制剂CCG-1423浓度4 μM ROCK1抑制剂Y27632浓度20 μM siROCK1转染浓度100 nM qRT-PCR检测病毒基因组拷贝数的时间点:6 h, 12 h, 18 h
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定MVC感染细胞中与VP2相互作用的宿主蛋白,以揭示病毒入侵机制。
用抗VP2抗体对MVC感染WRD细胞裂解液进行免疫沉淀(IP),SDS-PAGE分离后质谱分析,鉴定候选蛋白,并通过Co-IP验证VP2与ROCK1的相互作用。
确定VP2与ROCK1相互作用的具体结构域。
构建表达ROCK1各结构域(KD、RBD、PH-CRD)的HA标签质粒,与Flag-VP2共转染COS-1细胞,进行Co-IP;并表达纯化GST-KD融合蛋白进行GST-pulldown验证。
在细胞水平观察ROCK1与VP2的共定位及动态变化。
对MVC感染WRD细胞或共转染COS-1细胞进行免疫荧光染色,用共聚焦显微镜观察蛋白定位。
检测MVC感染早期是否激活RhoA/ROCK1/MLC2信号通路。
感染MVC的WRD细胞在不同时间点收获,Western blot检测RhoA、ROCK1、pMLC2/MLC2表达;使用RhoA抑制剂CCG-1423和ROCK1抑制剂Y27632预处理,以及siRNA敲低ROCK1,检测MLC2磷酸化水平。
检测VP2是否与紧密连接蛋白Occludin、Claudin、ZO-1相互作用。
在MVC感染WRD细胞中进行Co-IP,用抗VP2或抗Occludin抗体沉淀,Western blot检测;在COS-1细胞中共转染HA-Occludin和Flag-VP2进行反向Co-IP验证。
探究RhoA/ROCK1信号通路是否调节Occludin表达水平。
用抑制剂或siRNA处理WRD细胞后感染MVC,Western blot检测Occludin表达。
验证抑制RhoA/ROCK1信号通路是否影响MVC病毒基因组复制和蛋白表达。
预处理WRD细胞后感染MVC,在不同时间点收集细胞和上清,通过qRT-PCR检测病毒基因组拷贝数,Western blot检测VP2和NS1蛋白表达。
验证RhoA/ROCK1通路激活是否导致紧密连接破坏和Occludin内化,以及膜通透性增加。
抑制剂预处理后感染MVC,通过免疫荧光观察Occludin分布,并用Fluo-3 AM染色通过流式细胞术和共聚焦显微镜检测胞内钙离子水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 杜氏改良Eagle培养基 | TransGen | FI101-01 |
| 胎牛血清 | TransGen | FS201-02 | |
| 青霉素-链霉素 | Thermo Fisher Scientific | 15140122 | |
| 蛋白提取 | RIPA裂解缓冲液 | Thermo Fisher Scientific | 89900 |
| 免疫沉淀 | 蛋白A/G琼脂糖珠 | Proteintech | PR40025 |
| 蛋白表达纯化 | 异丙基β-D-1-硫代半乳糖苷 | Solarbio | I8070 |
| 蛋白定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | KeyGEN | KGP903 |
| 蛋白染色 | 考马斯亮蓝 | SEVEN Biotech | SW186 |
| GST-pulldown | GST琼脂糖珠 | TransGen | DP201 |
| SDS-PAGE | 5×上样缓冲液 | CoWin Biotech | CW 0027S |
| 药物处理 | CCG-1423 | APExBIO | B4897 |
| Y27632 | APExBIO | A3008 | |
| 二甲基亚砜 | Solarbio | D8370 | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | TransGen | FC101 |
| siRNA转染 | Opti-MEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | 31985070 |
| 转染试剂 | TransGen | FT201-01 | |
| Western blot | PVDF膜 | Millipore | 0000229835 |
| 增强化学发光底物 | SEVEN Biotech | SW181-01 | |
| Azure 300成像系统 | Azure | -- | |
| ImageJ软件 | -- | -- | |
| 免疫荧光 | 共聚焦培养皿 | BIOFIL | BDD011035 |
| 正常山羊血清 | Solarbio | SL038 | |
| Alexa Fluor 488 | Bioss | bs 0295G | |
| Alexa Fluor 647 | Bioss | bs-0296G | |
| DAPI | Thermo Fisher Scientific | 62248 | |
| LSM 800共聚焦显微镜 | Carl Zeiss | -- | |
| ZEN软件 | Carl Zeiss | -- | |
| qRT-PCR | RNeasy迷你试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 12183020 |
| PrimeScript逆转录试剂盒 | Takara | RR047Q | |
| SGExcel FastSYBR预混液 | Thermo Fisher Scientific | 4444556 | |
| NanoDrop ND-P1000分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| qTOWER3G荧光定量PCR仪 | Analytik Jena | -- | |
| 流式细胞术 | Fluo-3 AM钙离子荧光探针 | Beyotime | S1056 |
| FlowJo v10软件 | -- | -- | |
| 统计分析 | GraphPad Prism 5软件 | GraphPad | -- |
| Adobe Photoshop CC v2014软件 | Adobe | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | WRD细胞和COS-1细胞的培养条件:DMEM、10% FBS、1%青霉素-链霉素,37°C、5% CO2 阅读提示:Methods 2.1 |
| 病毒感染 | MVC感染WRD细胞的MOI=1,感染时间 阅读提示:Methods 2.1, figure legends |
| 蛋白互作验证 | Co-IP中使用的抗体(抗VP2、抗ROCK1等)及IgG对照 阅读提示:Methods 2.10, figure legends |
| 抑制剂处理 | RhoA抑制剂CCG-1423浓度4 μM,ROCK1抑制剂Y27632浓度20 μM,预处理1 h 阅读提示:Methods 2.6, Results 3.4 |
| siRNA敲低 | siROCK1转染浓度100 nM,转染时间24 h 阅读提示:Methods 2.7 |
| qRT-PCR检测 | 引物序列,扩增条件:95°C 3 min,40循环95°C 3s,60°C 20s,72°C 20s;标准曲线构建 阅读提示:Methods 2.12 |