转录组筛选差异表达基因
鉴定与SIC发病相关的潜在泛素化分子。
对LPS处理24小时的H9c2细胞进行RNA-seq,与未处理细胞比较,筛选差异表达基因并进行GO和KEGG富集分析。
E3 Ubiquitin Ligase FBXO32 Promotes LPS-Induced Cardiac Injury by Regulating ANXA1/PI3K/AKT Signaling.
包含体外H9c2细胞和体内大鼠模型两个独立证据层级,并进行了功能验证(凋亡、线粒体功能)和机制验证(CoIP、泛素化、挽救实验)。
H9c2细胞LPS诱导损伤模型 SD大鼠LPS诱导心脏损伤模型
LPS诱导浓度:10 μg/mL处理H9c2细胞24小时 LPS诱导剂量:10 mg/kg腹腔注射于大鼠 Fbxo32敲低方式:H9c2细胞使用慢病毒shRNA,大鼠使用心肌原位注射AAV9-shRNA Anxa1敲低方式:siRNA转染 关键读数:细胞活力、凋亡率、ROS水平、线粒体膜电位、心脏血流动力学和血清标志物
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
鉴定与SIC发病相关的潜在泛素化分子。
对LPS处理24小时的H9c2细胞进行RNA-seq,与未处理细胞比较,筛选差异表达基因并进行GO和KEGG富集分析。
确认FBXO32在LPS诱导的心脏损伤模型中表达上调。
使用qRT-PCR和western blot检测LPS处理的H9c2细胞和大鼠心肌组织中FBXO32的mRNA和蛋白表达。
探究FBXO32对LPS诱导的H9c2细胞凋亡和线粒体功能障碍的影响。
使用慢病毒shRNA稳定敲低Fbxo32,通过CCK-8、Annexin V-FITC/PI流式、western blot、DCFH-DA和JC-1染色评估细胞活力、凋亡、凋亡相关蛋白、ROS和线粒体膜电位。
验证FBXO32在动物模型中对心脏损伤和功能障碍的影响。
通过心肌原位注射AAV9-shRNA敲低大鼠心肌Fbxo32,采用TUNEL、western blot、TEM、血流动力学测量、血清标志物检测和HE染色评估心肌凋亡、线粒体形态、心脏功能和损伤。
研究FBXO32对PI3K/AKT信号通路的影响。
用western blot检测H9c2细胞和大鼠心肌组织中p-PI3K、PI3K、p-AKT、AKT的水平。
确定FBXO32的下游底物及其调控方式。
通过CoIP-MS筛选FBXO32相互作用蛋白,验证ANXA1;用qRT-PCR和western blot检测ANXA1表达;用MG132、NH4Cl和CHX处理分析降解途径;用CoIP检测FBXO32与ANXA1的结合及泛素化水平。
确认FBXO32通过ANXA1发挥其促凋亡作用。
在Fbxo32敲低的H9c2细胞中敲低Anxa1,检测细胞活力、凋亡率、凋亡蛋白、ROS、线粒体膜电位和PI3K/AKT通路蛋白。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | C11995500BT |
| 胎牛血清 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 双特异性抗体 | Solarbio | P1400 | |
| 胰蛋白酶溶液 | Beyotime | C0207 | |
| 药物处理 | 脂多糖 | Sigma | L2360 |
| RNA-seq | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596026 |
| NanoDrop 2000分光光度计 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| TruSeq链式mRNA LT样本制备试剂盒 | Illumina | -- | |
| Agilent 2100生物分析仪 | Agilent Technologies | -- | |
| Illumina HiSeq XTen平台 | Illumina | -- | |
| 细胞转染 | 嘌呤霉素 | -- | -- |
| GP-transfect-Mate试剂 | GenePharma | -- | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Biosharp | -- |
| 凋亡检测 | Annexin V-FITC/PI凋亡试剂盒 | MULTI SCIENCES | -- |
| ROS检测 | 活性氧检测试剂盒 | Beyotime | S0033S |
| 线粒体膜电位检测 | JC-1试剂盒 | Beyotime | C2006 |
| 免疫沉淀 | 免疫沉淀试剂盒 | Beyotime | P2179S |
| Western blot | FBXO32抗体 | Gene Tex | GTX47819 |
| ANXA1抗体 | Proteintech | 21990-1-AP | |
| 泛素化检测 | MG132 | Selleck | S2619 |
| N-乙基马来酰亚胺 | Selleck | S3692 | |
| 抗泛素抗体 | Santa Cruz | sc-8017 | |
| 动物实验 | 腺相关病毒9型 | Genechem | -- |
| 呼吸机(HX-100E) | TECHMAN | -- | |
| 组织学 | TUNEL凋亡检测试剂盒 | Beyotime | C1091 |
| 电镜 | 透射电子显微镜(JEM-1400FLASH) | JEOL | -- |
| 血流动力学 | 集成信号采集和处理系统(BL-420I) | TECHMAN | -- |
| 压力传感器(PT-102N) | TECHMAN | -- | |
| ELISA | IL-6 ELISA试剂盒 | NeoBioscience | ERC003.48 |
| TNF-α ELISA试剂盒 | NeoBioscience | ERC102a.48 | |
| CK-MB ELISA试剂盒 | Jiangsu Meibiao Biotechnology | MB-6930B | |
| cTnT ELISA试剂盒 | Jiangsu Meibiao Biotechnology | MB-7278B | |
| NT-proBNP ELISA试剂盒 | Jiangsu Meibiao Biotechnology | MB-1870B | |
| 酶标仪(Multiskan Spectrum 1500) | Thermo Scientific | -- | |
| qRT-PCR | 逆转录试剂盒 | Vazyme | R223 |
| ChamQ通用SYBR qRT-PCR预混液 | Vazyme | Q711 | |
| QuantStudio 5实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- | |
| Western blot | Western blot和IP细胞裂解液 | Beyotime | P0013 |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0012S | |
| SDS-PAGE凝胶 | Solarbio | P1200 | |
| Bcl-2抗体 | Abcam | Ab32124 | |
| Bax抗体 | Abcam | Ab32503 | |
| Cleaved Caspase-3抗体 | Affinity | AF7022 | |
| Caspase-3抗体 | Abcam | Ab32351 | |
| AKT抗体 | Immunoway | YT0177 | |
| p-AKT抗体 | Abcam | Ab81283 | |
| PI3K抗体 | Abcam | Ab151549 | |
| p-PI3K抗体 | BIOSS | bs-6417R | |
| GAPDH抗体 | Immunoway | YN5585 | |
| HRP标记的二抗 | Immunoway | RS0002 | |
| 超敏化学发光底物 | Biosharp | BL520B | |
| 化学发光成像系统(MiniChemi 610) | SINSAGE | -- | |
| ImageJ 1.52a | -- | -- | |
| 统计分析 | GraphPad Prism 9.0 | GraphPad Software | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与LPS处理 | H9c2细胞使用DMEM培养基+10%胎牛血清+1%双特异性抗体;LPS浓度为10 μg/mL,处理24小时。 阅读提示:Methods/细胞培养和分组 |
| 体外敲低 | 慢病毒shRNA序列(5’-GCAAAGTCACAGCTCACATCC-3’),嘌呤霉素筛选浓度2 μg/mL,筛选三代。 阅读提示:Methods/细胞转染 |
| 体内模型 | SD大鼠(7-8周龄,180-210 g),AAV9心肌原位注射25 μL(滴度1.92E+13 vg/mL),4周后腹腔注射LPS 10 mg/kg。 阅读提示:Methods/实验动物和分组,心肌注射腺相关病毒 |
| 线粒体功能检测 | ROS检测使用DCFH-DA 10 μmol/L,37°C孵育20分钟;JC-1染色使用工作液37°C孵育20分钟。 阅读提示:Methods/细胞内ROS检测,线粒体膜电位检测 |
| 泛素化分析 | MG132浓度20 μM处理6小时;N-ethylmaleimide终浓度10 μM。 阅读提示:Methods/泛素化水平分析,图6图例 |
| 挽救实验 | Anxa1 siRNA序列(5’-GCAGGAAUAUGUUCAAGCUTT-3’),使用GP-transfect-Mate试剂转染,培养48小时。 阅读提示:Methods/细胞转染,图7图例 |