基因表达谱分析
比较RT-R-MDA-MB-231和MDA-MB-231细胞中ABC转运蛋白差异表达,识别关键ABCG8。
提取RNA,使用QuantiSeq 3' mRNA-Seq进行测序,分析数据。
ABCG8‑mediated sterol efflux increases cancer cell progression via the LRP6/Wnt/β‑catenin signaling pathway in radiotherapy‑resistant MDA‑MB‑231 triple‑negative breast cancer cells.
包含基因表达阵列、Western blot、siRNA敲低、胆固醇定量、细胞周期分析等多层级验证,并涉及功能验证(化疗敏感性)和机制验证(LRP6/Wnt/β-catenin通路)。
放疗抵抗性三阴性乳腺癌细胞系RT-R-MDA-MB-231 三阴性乳腺癌细胞系MDA-MB-231 正常乳腺上皮细胞系MCF10A 非三阴性乳腺癌细胞系MCF7
细胞系:RT-R-MDA-MB-231和MDA-MB-231 siRNA敲低:siABCG8和siLRP6转染浓度为100 nM,转染时间24小时 处理方法:地高辛400 nM处理24小时;胆固醇处理浓度0、10、20 μM处理24小时 细胞活力检测:CCK-8试剂盒,处理浓度0.01-1 μM的DOXO或PTX,处理24-72小时 基因表达谱分析:使用QuantiSeq 3' mRNA-Seq进行RNA测序
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
比较RT-R-MDA-MB-231和MDA-MB-231细胞中ABC转运蛋白差异表达,识别关键ABCG8。
提取RNA,使用QuantiSeq 3' mRNA-Seq进行测序,分析数据。
确认ABCG8及相关蛋白在细胞系中的表达水平。
裂解细胞,SDS-PAGE电泳,转膜,抗体孵育,检测蛋白条带。
敲低ABCG8或LRP6,研究其对胆固醇外排、细胞活力和信号通路的影响。
使用Lipofectamine 3000转染siRNA,随后进行相关检测。
检测细胞内和培养基中总胆固醇水平,评估ABCG8介导的胆固醇外排。
收集细胞和培养基,使用ELISA试剂盒定量总胆固醇。
评估ABCG8敲低对化疗药物敏感性的影响。
用DOXO或PTX处理细胞,CCK-8试剂盒检测活力。
检测ABCG8敲低对细胞周期分布的影响。
PI染色,流式细胞仪分析DNA含量。
验证ABCG8通过LRP6/Wnt/β-catenin通路影响下游蛋白。
Western blot检测β-catenin,PLK1,Cyclin B1,p-LRP6等表达。
检验HIF-1α是否调控SREBP1和FASN表达。
用HIF-1α抑制剂地高辛处理细胞,检测SREBP1和FASN表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM/F-12培养基 | Gibco; Thermo Fisher Scientific, Inc. | 11320-033 |
| 马血清 | Gibco; Thermo Fisher Scientific, Inc. | 16050122 | |
| RPMI 1640培养基 | Cytiva | SH30027.01 | |
| 胎牛血清 | Gibco; Thermo Fisher Scientific, Inc. | 160000-044 | |
| 青霉素和链霉素 | Cytiva | SV30010 | |
| 药物处理 | 胆固醇 | Sigma-Aldrich; Merck KGaA | C4951 |
| 多柔比星 | Sigma-Aldrich; Merck KGaA | D1515 | |
| 紫杉醇 | Sigma-Aldrich; Merck KGaA | T7402 | |
| 细胞活力测定 | D-Plus™ CCK细胞活力检测试剂盒 | Donginbiotech Co., Ltd. | CCK-3000 |
| 基因表达分析 | TRIzol®试剂 | Invitrogen; Thermo Fisher Scientific, Inc. | 15596-026 |
| 安捷伦2100生物分析仪系统 | Agilent Technologies, Inc. | -- | |
| Lexogen Quant-Seq 96 制备试剂盒 | Lexogen GmbH | 015.2X96 | |
| Qubit™ Flex荧光计 | Invitrogen; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- | |
| StepOnePlus™实时荧光定量PCR仪 | Applied Biosystems; Thermo Fisher Scientific, Inc. | -- | |
| Illumina NextSeq500系统 | Illumina, Inc. | 20024906 | |
| 基因沉默 | 阴性对照siRNA | Bioneer Corporation | SN-1003 |
| ABCG8 siRNA | Bioneer Corporation | 64241-1 | |
| LRP6 siRNA | Bioneer Corporation | 4040-1 | |
| 脂质体3000转染试剂 | Invitrogen; Thermo Fisher Scientific, Inc. | L3000015 | |
| 蛋白质印迹 | RIPA裂解缓冲液 | -- | -- |
| Hybond-P+聚偏二氟乙烯膜 | Amersham; Cytiva | -- | |
| 抗ABCA9抗体 | Invitrogen; Thermo Fisher Scientific, Inc. | PA5-75606 | |
| 抗ABCB4抗体 | Invitrogen; Thermo Fisher Scientific, Inc. | PA5-78692 | |
| 抗ABCG5抗体 | BIOSS | bs-5013R | |
| 抗ABCG8抗体 | Abcam | ab223056 | |
| 抗GAPDH抗体 | Invitrogen; Thermo Fisher Scientific, Inc. | MA5-15738 | |
| 抗细胞周期蛋白D1抗体 | Abcam | ab16663 | |
| 抗细胞周期蛋白B1抗体 | Abcam | ab32053 | |
| 抗OCT4抗体 | Abcam | ab18976 | |
| 抗β-catenin抗体 | Santa Cruz Biotechnology, Inc. | sc-7963 | |
| 抗AKT抗体 | Santa Cruz Biotechnology, Inc. | sc-8312 | |
| 抗GSK3β抗体 | Santa Cruz Biotechnology, Inc. | sc-9166 | |
| 抗磷酸化GSK3β抗体 | Santa Cruz Biotechnology, Inc. | sc-11358 | |
| 抗磷酸化AKT抗体 | Cell Signaling Technology, Inc. | 9271 | |
| 抗脂肪酸合酶(FASN)抗体 | Cell Signaling Technology, Inc. | 3180 | |
| 抗STAT3抗体 | Cell Signaling Technology, Inc. | 4904 | |
| 抗磷酸化STAT3抗体 | Cell Signaling Technology, Inc. | 9131 | |
| 抗N-钙粘蛋白抗体 | Cell Signaling Technology, Inc. | 4061 | |
| 抗HIF-1α抗体 | Abcam | ab179483 | |
| 抗LDL诱导降解物(IDOL)抗体 | Abcam | ab74562 | |
| 抗LDL受体抗体 | Abcam | ab52818 | |
| 抗LRP6抗体 | Cell Signaling Technology, Inc. | 3395 | |
| 抗磷酸化LRP6抗体 | Cell Signaling Technology, Inc. | 2568 | |
| 抗肝X受体α/β抗体 | Santa Cruz Biotechnology, Inc. | sc-377260 | |
| 抗Polo样激酶1(PLK1)抗体 | Cell Signaling Technology, Inc. | 4513 | |
| 抗固醇调节元件结合蛋白1(SREBP1)抗体 | Santa Cruz Biotechnology, Inc. | sc-13551 | |
| 抗兔IgG二抗 | Sigma-Aldrich; Merck KGaA | 12-348 | |
| 抗小鼠IgG二抗 | BETHYL; Fortis Life Sciences, LLC | A90-116P | |
| 蛋白质印迹ECL底物 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | 170-5061 | |
| 抗β-actin抗体 | Thermo Fisher Scientific, Inc. | MA5-15739 | |
| ChemiDoc™ XRS+成像系统 | Bio-Rad Laboratories, Inc. | -- | |
| 胆固醇定量 | 人总胆固醇ELISA试剂盒 | Abcam | ab287836 |
| 细胞周期分析 | 碘化丙啶溶液 | Sigma-Aldrich; Merck KGaA | 537059 |
| 核糖核酸酶A | Sigma-Aldrich; Merck KGaA | R6513 | |
| FACSverse流式细胞仪 | BD Biosciences | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源:MCF10A来自ATCC;MCF7、MDA-MB-231、MDA-MB-453来自Korean Cell Line Bank;RT-R细胞通过2 Gy X射线照射25次建立。 阅读提示:Materials and methods, Cell culture and treatment |
| 药物处理 | 地高辛浓度400 nM,处理24小时;胆固醇浓度0,10,20 μM,处理24小时。 阅读提示:Materials and methods, Cell culture and treatment |
| siRNA转染 | siRNA浓度100 nM,转染时间24小时,使用Lipofectamine 3000。 阅读提示:Materials and methods, Gene silencing with small interfering RNA |
| 胆固醇定量 | 细胞数量1×10^6,使用Human Total Cholesterol ELISA Kit。 阅读提示:Materials and methods, Total cholesterol quantification |
| 细胞周期分析 | PI染色浓度50 μg/ml,RNase A 0.7 μg/ml,室温孵育30分钟。 阅读提示:Materials and methods, Cell cycle analysis |